روح‌الله نجابت، عضو کمیسیون امور داخلی مجلس شورای اسلامی اعلام کرد که مجمع تشخیص همه دستگاه‌ها را ملزم به شفافیت کرد به جز خودش. نجابت صبح جمعه ۱۱ خرداد در توییتر نوشت: «طرح مجلس شورای اسلامی درخصوص شفافیت در جلسه دیروز مجمع تشخیص مصلحت نظام تعیین تکلیف شد. بنابر مصوبه دیروز، متأسفانه مجمع به شفافیت خود و هیأت عالی نظارت رأی نداد!» عضو کمیسیون امور داخلی مجلس شورای اسلامی در ادامه این نوشته در توییتر افزود: «بر اساس طرح مجلس قرار بود مجمع تشخیص، هیأت عالی نظارت، مجلس، هیأت وزیران، شوراها و قوه قضائیه شفاف بشود اما با مصوبه دیروز مجمع، همه دستگاه‌ها به غیر از مجمع تشخیص مصلحت نظام و هیأت عالی نظارت که زیرمجموعه آن قرار دارد، شفاف شدند. با این اوصاف پس از مکاتبه مجمع با مجلس و اعلام حذف این بخش ماده، سایر مفاد قانون از ماه آینده برای سایر قوا و دستگاه‌ها از جمله مجلس، هیأت وزیران و قوه قضائیه در خصوص شفافیت آرا و مشروح مذاکرات آن‌ها لازم‌الاجرا خواهد بود.» پیش از این در سال ۹۷ با توجه ویژه به عملکرد بنیاد مستضعفان، از زیرمجموعه‌های بیت رهبر جمهوری اسلامی، طرحی برای شفافیت در عملکرد دفتر رهبری به خامنه‌ای ارائه شد که از آن استقبال نشد. وقتی سوءاستفاده برخی مسئولان از بنیاد مستضعفان در رسانه‌ها مطرح شد، احمد توکلی، عضو مجمع تشخیص مصلحت در مصاحبه با روزنامه اعتماد گفته بود به خامنه‌ای توصیه کرده است: «برای شفافیت از دفتر خودتان شروع کنید، آن‌وقت سازمان و نهادهای مثل بنیاد مستضعفان هم دیگر نمی‌توانند از این مسئله پیروی نکنند.» توکلی طرحی آماده کرده بود که مسئولان دفتر خامنه‌ای به بهانه فقدان «جامعیت و وجوه اجرایی» با آن مخالفت کرده بودند. دفتر خامنه‌ای مجموعه‌ای عریض و طویل است با دست‌کم هشت معاونت، تعدادی دفتر ویژه و چند مؤسسه رسانه‌ای و انتشاراتی که نظارت بر عملکرد مالی، فرهنگی و اجتماعی نهادهای تخت نظر رهبری را برعهده دارند اما تاکنون گزارشی از این نظارت‌ها ارائه نکرده‌اند.