وضعیت ده‌ها هزار جلد کتاب و سند ارزشمند کاوش‌های باستان‌شناسی ایران در پرده ابهام است. کارکنان مرکز اسناد سازمان میراث فرهنگی ایران از مفقود شدن بخشی از هزاران نقشه بناهای تاریخی و همچنین فروش غیرقانونی کتاب‌ها و عکس‌های قدیمی این مرکز پرده برداشته‌اند. در صورت تایید این گزارش‌ها، سازمان میراث فرهنگی ایران با یکی از بزرگ‌ترین چالش‌های خود در سال‌های اخیر رو به رو خواهد شد. گزارش‌ها در این زمینه حاکی از آن است که بخش‌هایی از حدود ۴۷ هزار جلد کتاب، به همراه نقشه‌های اوزالیدی از بناهای تاریخی و همچنین گزارش‌های چندین دهه کاوش باستان‌شناسی در نقاط مختلف ایران در جریان نقل و انتقال این مرکز به شیراز مفقود شده و یا سر از بازار سیاه در آورده است.
انتقال پژوهشگاه و مرکز اسناد سازمان میراث فرهنگی به شیراز در زمان دولت احمدی نژاد و با مخالفت بسیاری از کارشناسان همراه شد. گزارش‌ها نشان می‌هد به هنگام انتقال اسناد به شیراز فهرست برداری دقیق صورت نگرفته و هم‌اکنون مشخص نیست چه بخشی از آثار به تهران بازگشته‌‌اند. رییس پیشین مرکز اسناد سازمان میراث فرهنگی که در اعتراض به این اقدامات از مقام خود کناره گیری کرده بود این اقدام را خیانت و جنایت خوانده است. برای برخی از این اسناد، نقشه‌ها و عکس‌های تاریخی هیچ جایگزینی وجود ندارد.
[podcast]http://www.zamahang.com/podcast/2010/20130915_Heritage_Documents_Rouhani.mp3[/podcast]