معرفی جعفر میلی‌منفرد به عنوان کاندیدای وزارت علوم در دولت حسن روحانی موجب واکنش‌های مثبت و منفی از سوی جریان‌های دانشجویی و سیاسی کشور شده است.
فعالان دانشجویی و جامعه دانشگاهی ایران که در هشت سال گذشته و خصوصا در دوران وزارت کامران دانشجو آسیب‌های بسیاری را متحمل شده‌اند، پس از روی کار آمدن حسن روحانی با نگاشتن نامه‌ها و بیانیه‌هایی مطالبات خود را از دولت جدید و وزارت علوم جعفر میلی‌منفرد مطرح کرده‌اند. آن‌ها امیدوارند تا دولت تدبیر و امید دست کم به شعارهای انتخاباتی خود پایبند بوده، نشاط سیاسی را به دانشگاه‌ها بازگرداند.
واکنش‌ها و انتقادات محافظه‌کاران اما در هفته‌های اخیر علیه جعفر میلی‌منفرد نامزد پست وزارت علوم شدت گرفته است. روزنامه کیهان در این باره نوشته است که «محافل دانشگاهی و سیاسی از گزینه وزارت علوم به عنوان یکی از همکاران سازمان فتنه و آشوب یاد می‌کنند». این اظهار نظر در کنار دیگر مواضعی که به جریان‌های محافظه‌کار و بسیج‌های دانشجویی ابراز داشته‌اند، موجب افزایش نگرانی از عدم رای اعتماد مجلس به وزیر علوم پیشنهادی شده است. تا آنجا که در یکی از آخرین موارد ۲۴۰۰ نفر از استادان دانشگاه‌های سراسر کشور با امضای طوماری خواهان رای اعتماد مجلس شورای اسلامی به جعفر میلی‌منفرد شده‌اند.
از امروز مجلس بررسی وزرای پیشنهادی را آغاز کرده است و طی چند روز آینده، کار رای اعتماد به کاندیداها به پایان می‌رسد.
در ارتباط با معرفی میلی‌منفرد به عنوان وزیر علوم، فرشاد محمدی با علی افشاری، تحلیلگر سیاسی گفت‌وگو کرده است.
[podcast]http://www.zamahang.com/podcast/2010/20130812_AliAfshari_MeiliMonfared_FarshadMohammadi.mp3[/podcast]