با نامه علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی در روز ۳۱ اردیبهشت ۱۴۰۳، محمد مخبر به عنوان رئیس‌موقت دولت جمهوری اسلامی منصوب شد. این انتصاب بر اساس اصل ۱۳۱ قانون اساسی جمهوری اسلامی انجام شد که می‌گوید معاون اول رئیس‌جمهوری در صورت مرگ، بیماری، عزل و یا ناتوانی او می‌تواند در صورت تأیید رهبر جمهوری اسلامی ریاست موقت دولت را بر عهده بگیرد.
اما خامنه‌ای که روز گذشته در یک سخنرانی گفته بود که در صورت مرگ رئیسی خللی در کار کشور ایجاد نمی‌کند، صبح امروز با چند ساعت تأخیر پیامی برای کشته شدن ابراهیم رئیسی، حسین امیرعبداللهیان و هیئت همراه صادر کرد.
خامنه‌ای بر خلاف روایت رسمی صدا و سیما که مرگ رئیسی را «شهادت» خوانده‌اند، این رویداد را «درگذشت» و چگونگی آن را «شهادت‌گونه» خواند و از لفظ شهید و شهادت دست‌کم به صورت مستقیم استفاده نکرد.
خامنه‌ای در پیامش نوشت که ابراهیم رئیسی، عضو هیئت مرگ کشتار زندانیان سیاسی در سال ۶۷ در همه دوران خدمتش به جمهوری اسلامی «یکسره به تلاش بی‌وقفه در خدمت به مردم و به کشور و به اسلام سپری شد».
خامنه‌ای در ادامه پنج روز عزای عمومی اعلام کرد و مخبر را هم به ریاست موقت دولت گمارد:
اینجانب پنج روز عزای عمومی اعلام می‌کنم و به ملت عزیز ایران تسلیت می‌گویم. جناب آقای مخبر طبق اصل ۱۳۱ قانون اساسی در مقام مدیریت قوه‌ی مجریه قرار می‌گیرد و موظف است به همراهی رؤسای قوای مقنّنه و قضائیه ترتیبی دهند که ظرف حداکثر پنجاه روز رئیس جمهور جدید انتخاب شود.
باقری کنی دیپلمات ارشد شد
علی باقری کنی، معاون سیاسی وزارت خارجه و رئیس تیم مذاکره‌کنندگان هسته‌ای ایران پس از مرگ حسین امیرعبداللهیان و با حکم محمد مخبر به سرپرستی وزارت خارجه رسید. او حالا دست‌کم در ۵۰ روز آینده سکان وزارت خارجه را در دست دارد و اگر دولتی شبیه به دولت کنونی بر سر کار بیاید جای او در مقام وزیر خارجه محفوظ خواهد بود.
علی بهادری جهرمی، سخنگوی دولت سیزدهم در مصاحبه با صدا و سیما ترتیبات اداره دولت موقت را چنین توصیف کرد:
از روز گذشته معاون اول رئیس جمهوری شش کمیته اجرایی را برای مدیریت امور این ایام ایجاد کردند. کمیته‌های اجرایی و تشریفات برای برگزاری مراسم‌های مربوطه، کمیته حقوقی، کمیته اقتصادی برای مدیریت متمرکز تر بازار، کمیته رسانه، کمیته بین الملل از جمله کمیته‌های تشکیل شده هستند.
او زمان انتصاب علی باقری کنی و ترکیب دیگر کمیته‌ها را شب گذشته اعلام کرد. زمانی که هنوز خبر مرگ رئیسی به صورت رسمی تأیید نشده بود:
همان دیشب جلسه‌ها برگزار شده و هماهنگی‌ها صورت گرفته است. در زمینه سیاست خارجی آقای دکتر باقری مسئول کمیته خارجی و بین‌الملل شدند و با توجه به شهادت دکتر امیرعبداللهیان مسئولیت امور را در دست گرفتند.
علی باقری کنی رئیس ستاد انتخاباتی سعید جلیلی در دوران انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۲ و معاون جلیلی در زمان ریاست‌اش بر شورای عالی امنیت ملی بود. او فرزند محمدباقر باقری کنی، عضو سابق مجلس خبرگان رهبری است که در انتخابات ۱۳۹۴ از راهیابی دوباره به آن بازماند. محمدباقر باقری کنی خود برادر کوچکتر محمدرضا مهدوی کنی، رئیس سابق مجلس خبرگان رهبری بود. خانواده پرنفوذ کنی مدت‌ها بر دانشگاه امام صادق سلطه داشتند. علی باقری کنی نیز مدتی استاد این دانشگاه بود. علی باقری کنی همچنین مدتی رئیس ستاد حقوق بشر قوه قضائیه بود. او همچنین برادر مصباح الهدی باقری کنی، داماد علی خامنه‌ای است.
او از شهریور ۱۴۰۰ معاون سیاسی وزارت خارجه بوده است.