نیکول پاشینیان، نخست وزیر ارمنستان روز یکشنبه ۲۴ سپتامبر/دوم مهر گفت ترس از «پاکسازی قومی» پس از شکست هفته گذشته از نیروهای آذربایجان، می‌رود تا به مهاجرت دسته‌جمعی منجر شود. او تأکید کرد:
حدود ۱۲۰ هزار غیرنظامی در منطقه قفقاز جنوبی به ارمنستان می روند زیرا نمی‌خواهند در بخشی از آذربایجان زندگی کنند و از «”خطر نسل‌کشی قومی» می‌ترسند. این احتمال که ارامنه قره‌باغ کوهستانی اخراج از سرزمینشان را تنها راه نجات جانشان ببینند، بیشتر و بیشتر می‌شود.
ارمنستان اعلام کرده که آماده پذیرش پناهجویان است. خبرگزاری تاس روسیه به نقل از پاشینیان نوشت: «ارمنستان با محبت از برادران و خواهران ما که از قره‌باغ کوهستانی می‌آیند استقبال خواهد کرد».
طبق اعلام این کشور در «عملیات نظامی آذربایجان» در هفته گذشته بیش از ۲۰۰ نفر کشته و ۴۰۰ نفر زخمی شده اند. آذربایجان روز سه‌شنبه به قره‌باغ کوهستانی حمله کرد. روز چهارشنبه اعلام آتش‌بس شد و یک روز بعد الهام علی‌اف، رئيس جمهوری آذربایجان اعلام پیروزی کرد و گفت منطقه به‌طور کامل تحت کنترل باکوست و یک قره‌باغ کوهستانی مستقل به تاریخ پیوسته است.
او قول داد ضمن ادغام قره‌باغ امنیت و حقوق ارامنه ساکن را تأمین کند اما سال‌ها تبادل نفرت و خشونت زخم‌های عمیقی برجا گذاشته است. آذربایجان با جمعیت عمدتاً مسلمان اعلام کرده که ارمنی‌ها در صورت تمایل می‌توانند آن‌جا را ترک کنند.
شبکه الجزیره به نقل از دیوید بابایان، مشاور رهبری خودخوانده قره‌باغ گفت: «مردم ما نمی خواهند به عنوان بخشی از آذربایجان زندگی کنند. ۹۹,۹ درصد ترجیح می‌دهند سرزمین تاریخی‌شان را ترک کنند.»
حکمت حاجی اف، مشاور سیاست خارجی رئیس جمهور آذربایجان هم به الجزیره گفت که از غیرنظامیان در منطقه خواسته شده است تا درباره آینده خود، «از جمله ادغام سیاسی [و] مسائل اقتصادی-اجتماعی «گفتگوی مستقیم» داشته باشند.
با این‌حال تحلیل‌گران می‌گویند جان ساکنان ارمنی قره‌باغ در خطر است.
شیلا پایلان، یک وکیل بین المللی حقوق بشر در این‌رابطه گفت که او معتقد نیست که با ارامنه قومی تحت حاکمیت آذربایجان منصفانه رفتار شود.
یک سیاست دیرینه نفرت نسبت به ارامنه وجود دارد که به دهه‌ها قبل بازمی‌گردد. این سیاست و نفرت یک‌شبه متوقف نمی‌شود. هیچ مبنای معقولی برای اطمینان وجود ندارد که از امنیت یا حقوق ارامنه قره باغ محافظت می‌شود. آن‌ها در حال حاضر بسیار در خطرند.
ارمنستان خواستار استقرار فوری یک هیئت سازمان ملل برای نظارت بر حقوق بشر و امنیت در قره‌باغ کوهستانی شده است.
اولین گروه از پناهجویان روز یکشنبه وارد ارمنستان شدند. ده‌ها نفر بعد از گذشتن از مرز آذربایجان به روستای ارمنی کورنیدزور رسیدند و خود را به نمایندگان وزارت خارجه ارمنستان معرفی کردند. یکی از آن‌ها به شبکه الجزیره گفت:
خانواده‌های ما در پناهگاه بودند. دیروز مجبور شدیم تفنگ‌هایمان را زمین بگذاریم و آن‌جا را ترک کنیم.
قره‌باغ تا پیش از حمله آذربایجان هم در آستانه یک فاجعه انسانی قرار داشت. نیروهای آذربایجان در نزدیک به نه ماه گذشته با محاصره قره‌باغ کوهستانی مانع رسیدن غذا و سوخت به ساکنان این منطقه شده بودند. در شرایط کنونی طبق اعلام مقام‌های ارمنستان محموله ۱۵۰ تنی کمک‌های بشر دوستانه از روسیه و یک محموله ۶۵ تنی آرد ارسالی صلیب سرخ جهانی به قره‌باغ رسیده است. کمیته بین‌المللی صلیب سرخ روز یکشنبه ۲۴ سپتامبر در بیانیه‌ای اعلام کرد شمار کارکنان خود را به خاطر «گستردگی نیازهای بشردوستانه» در قره‌باغ افزایش می‌دهد.