پیش از این بارها گفته‌شده که محمدباقر قالیباف، رئیس مجلس یازدهم مانع مطرح شدن طرح‌های تحقیق و تفحص از نهادهای حکومتی می‌شود. قالیباف اما منکر آن است. هادی بیگی‌نژاد، نماینده ملایر در مجلس شورای اسلامی در این زمینه به روزنامه «اعتماد» گفته است: «مدت‌هاست که طرح تحقیق و تفحص از سازمان اوقاف به هیئت رئیسه مجلس ارائه شده اما تا به امروز و به فاصله ۹ ماه به پایان عمر مجلس یازدهم و انتخابات مجلس آینده زمینه طرح آن فراهم نشده است.» ولی‌الله بیاتی نماینده تفرش در مجلس هم گفته بود ۱۴۱ نماینده طرح تحقیق و تفحص از سازمان اوقاف را امضا کرده‌اند و لازم است این طرح با قید فوریت در دستورکار مجلس قرار گیرد. بیاتی همچنین از قالیباف خواست تا زمینه این کار را هرچه سریع‌تر فراهم سازد. بیگی‌نژاد گفته است قالیباف روز چهارشنبه در مجلس اعلام کرد «به دلیل اختلاف نظرهایی که از نظر حقوقی و فقهی وجود داشت»، طرح تحقیق و تفحص از سازمان اوقاف اعلام وصول نشده است. موضوع تحقیق و تفحص از سازمان اوقاف به سال ۱۳۹۱ و زمان مجلس نهم بازمی‌گردد. در آن زمان غلامعلی جعفرزاده ایمن‌آبادی نماینده رشت خبر از تلاش نمایندگان برای تحقیق و تفحص از سازمان اوقاف داده بود. ایمن‌آبادی گفته بود: «درآمدهای اوقاف جزو درآمدهای دولت نیست و دیوان محاسبات بر این درآمدها نظارتی ندارد و اوقاف و امور خیریه ترازنامه شفافی را تهیه و منتشر نمی‌کند.» از آن زمان تاکنون، یعنی بیش از یک دهه، تحقیق در این‌باره عملی نشده است.