مجمع عمومی جامعه مدرسین، با صدور بیانیه‌ای خواستار اجرای اعدام برای کسانی شده که آنها را «محاربین و مفسدین باغی» خوانده است.
در این بیانیه با اشاره به اینکه که قاضی معیار تشخیص است، آمده که «پس‌ازآنکه موضوع جرم محاربه و فساد با ادله قانونی و عقلایی اثبات شد، قاضی با لحاظ شرایط عبرت‌آموزی و تأثیر هر چه بیشتر بازدارندگی در جامعه (که موردپذیرش عقلا است)، مراتب مجازات از پایین‌ترین تا بالاترین را تعیین می‌کند.»
همزمان با اعتراضات بین‌المللی به قتل حکومتی دو جوان معترض ایرانی و خطر اجرای حکم اعدام برای تعداد دیگری از معترضان یا افراد بازداشت‌شده، مخالفت‌ها با اجرای حکم اعدام به دنبال اعتراضات ۱۴۰۱ در میان فقها و چهره‌های اسلامی نیز پررنگ‌تر و ادامه‌دار شده است.
در مقابل این مخالفت‌ها، جامعه مدرسین پیشنهاد کرده که اگر ترساندن و ایجاد رعب و وحشت در گوشه‌ای از جامعه و بدون دخالت رسانه و نیز بدون ترویج ترس و وحشت صورت پذیرد، مجازات پایین‌تر مثل قطع انگشتان یک دست و پای مخالف، به کار گرفته شود ولی مجازات تبعید در شرایط کنونی «بی‌خاصیت» است. زیرا به گفته جامعه مدرسین، «نه‌تنها در تعبید هزینه سنگین و عبرت‌آموز برای پیشگیری از ارتکاب جرم نیست؛ بلکه تبعید به خارج موجب پشتیبانی (مالی و غیرمالی) معاندین و دشمنان از مجرم و سوءاستفاده رسانه‌ای از وی می‌شود.»
در این بیانیه آمده که «اگر محاربه گاهی باهدف ایجاد ترس و ایجاد احساس ناامنی در جامعه و علم به انعکاسش در داخل و خارج کشور صورت پذیرد و فیلم گرفته شود و در فضای مجازی منتشر شود و به رسانه‌های بیگانه و معاند ارسال شود، باید درس عبرتش سنگین باشد و در این حالت هرچند بدون قتل و جرح باشد، مجازات تبعید نه‌تنها بازدارنده نخواهد بود بلکه عامل تشویق کسانی است که مستعد ارتکاب جرم هستند نیز باشد.»
این بیانیه گروهی از فقها را که با اعدام‌های انجام شده ابراز مخالفت کرده‌اند «اقلیتی از حوزویان ورشکسته سیاسی، اعتقادی و اخلاقی» خوانده که «گویا موضع‌گیری‌ها در اتاق فکر آمریکا، انگلیس و رژیم غاصب صهیونیسم باهدف اسلام و ایران هراسی و شیعه ستیزی تنظیم‌شده است.»
به نوشته جامعه مدرسین، این اظهارنظرها «تحریف روح آیات و احادیث و نیز تطبیق وارونه احکام اسلام بر موارد و مصادیق، باهدف انحراف افکار عمومی و نیز شکستن تمرکز دولت و سایر دستگاه‌ها بر رفع مشکلات اقتصادی و معیشتی (البته با پوشش فریبکارانه دفاع از حقوق ملت) است.»
آنها در این بیانیه با قدرشناسی و سپاس از قوه قضائیه در محاکمه درباره صدور حکم و اعدام از مسئولین این قوه خواسته‌اند که «با قاطعیتی به‌مراتب بیشتر و راسخ‌تر، با اعدام عبرت‌آموز محاربین، حقوق عموم مردم و پاسداری از وحدت ملی را استیفا کنند و صدای اقلیت معلوم‌الحال در داخل کشور که از بلندگوهای غرب پخش می‌شود را صدای اکثریت طالب امنیت نشنوند.»
آنها آنچه را که «مماشات بیش‌ازحد دولت، قوه قضائیه و مسئولین،» خوانده‌اند، موجب کاهش تمرکز مسئولین از حل مشکلات عادی مردم و کشور و افزایش حاشیه‌ها دانسته‌اند که مسئولین را از مسائل اصلی، منحرف می‌کند.
پیش تر برخی از فقها مخالفت خود را با اجرای حکم اعدام در مورد معترضات با اتهام محاربه اعلام کرده بودند، از جمله مرتضی مقتدایی، عضو جامعه مدرسین حوزه علمیه قم گفته بود: «در مواردی که یک نفر با یک گروه درگیر نمی‌شود و فقط با یک نفر درگیر می‌شود، به آن فرد محارب نمی‌گویند.»
مقتدایی گفته بود: «اگر محارب کسی را بکشد، حکم اعدام دارد اما اگر فقط تهدید کند و بترساند، حکم اعدام ندارد.»
محمدعلی ایازی، عضو مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم، هم گفته بود: «این‌گونه نیست که اگر کسی حق اعتراض به وضعیت موجود دارد، ماموران مانع از اعتراض او شوند و وقتی او می‌خواهد از حق خود دفاع کند، اسمش را محاربه بگذاریم.»
محمدرضا رحمت، عضو دفتر استفتائات روح‌الله خمینی، هم اعلام کرده است که حکم جرم‌هایی مانند ترساندن مردم، بستن خیابان و زخمی کردن شخص مقابل «اعدام» نیست.
محسن کدیور نیز علی خامنه‌ای را مسئول اصلی صدور و اجرای احکام اعدام معرفی کرده و نوشته است «مقام رهبری قوه قضاییه را برای صدور حکم اعدام معترضان تحت فشار قرار داده است».
تازه‌ترین تأکید حاکمیت بر اجرای احکام مورد نظر رهبر جمهوری اسلامی که در مقابل معترضان هرگز کوتاه نیامده، این است که غلامحسین محسنی اژه‌ای، رئیس قوه قضاییه، در ۱۵ دستور مهم به روسای کل دادگستری‌ها به تاریخ ۲۸ آذر ماه، از جمله گفته است:
«نباید یک حکم قطعی، بدون وجه و بدون اطلاع در «اجرای احکام»ها بماند. دادستان‌ها توجه داشته باشند تا در اجرای احکامی که صادر و قطعی شده، بدون وجه، تأخیر ایجاد نشود و با رعایت تشریفات قانونی و لحاظ سرعت، نسبت به اجرای حکم صادره و قطعیت‌یافته در هر زمینه‌ای اعم از پرونده‌های اغتشاشات و غیره ، اهتمام صورت گیرد؛ چنانچه حکمی قطعی نیز به دلایل خاصی ، قابلیت اجرا ندارد، موضوع حتما اطلاع داده شود.»
علی سیستانی، از مراجع تقلید شیعه در عراق، هم درباره حوادث اخیر ایران ابراز نگرانی کرد و با انتقاد از شیوه حکمرانی روحانیون شیعه در ایران گفت: «من در مناسبت‌هایی [به آنها] پیام دادم، اما متاسفانه گوش شنوایی نیافتم.»
مصطفی محقق داماد، استاد فقه و حقوق نیز نامه سرگشاده‌ای به جامعه قضات نوشته و در آن نسبت به عواقب «خطا و تساهل در خون و مجازات غیرمشروع نسبت به افراد» هشدار داده و گفته حافظه تاریخ چنین چیزی را فراموش نخواهد کرد.
مجمع محققین و مدرسین حوزه علمیه قم، نیز در بیانیه‌ای درباره اعدام معترضان ابراز نگرانی کرد و از مقام‌‌های قضایی خواست در برخورد با معترضان «نهایت احتیاط و ملاطفت» را در پیش بگیرند.
در این بیانیه آمده: «اعدام راهکاری درست برای تامین امنیت و کاستن از التهاب نیست؛ زیرا این کار به خشم و کینه جامعه می‌افزاید.» این بیانیه اعدام به اتهام محاربه را «مایه خشم بیشتر مردم و بی‌‌احترامی به دین و ارزش‌های دینی» دانسته است.