به‌گزارش برخی از رسانه‌های داخل کشور، سازمان بازرسی کل کشور در نامه‌ای خطاب به مهدی چمران، رئیس شورای شهر تهران گفته است که ضوابط و مقررات مربوط به انتخاب شهرداران از جمله آیین‌نامه اجرایی شرایط احراز سمت شهردار مصوب ۴ دی ماه سال ۱۳۹۷ از نظر ارتباط مدرک تحصیلی و سابقه مدیریتی باید مدنظر قرار گیرد.
بنا به این گزارش در این نامه همچنین تأکید شده است که «شورای شهر باید از هرگونه تصمیم‌گیری بر اساس فشار‌های سیاسی، امور حزبی و جناح‌بندی گروهی برخلاف منافع عمومی و مصالح شهروندان اجتناب کند».
پس از انتشار این خبر، ایمان شمسایی، مشاور رسانه‌ای سازمان بازرسی کل کشور شامگاه دوشنبه ۱۸ مرداد به خبرگزاری صدا و سیمای جمهوری اسلامی درباره این نامه و مخالفت احتمالی سازمان بازرسی کل کشور با انتخاب علیرضا زاکانی به‌عنوان شهردار تهران گفت:
«معاونت نظارت و بازرسی امور سیاسی و قضایی سازمان بازرسی کل کشور نامه‌ای خطاب به وزیر کشور با رونوشت دبیر شورای عالی استان‌ها مرقوم کرده بود که شهرداران بر اساس قانون انتخاب شوند. پیرو این نامه بازرس کل سازمان بازرسی استان تهران هم به ۴۴ رئیس شورای شهر استان تهران و از جمله آقای چمران رئیس شورای شهر تهران نامه‌ای مرقوم کرده بود که در انتخاب شهردار مقررات قانونی رعایت شود. در این نامه‌ها هیچ اشاره‌ای به هیچ شخصی نشده است.»
در حالی‌که خبرگزاری امنیتی فارس پنج‌شنبه ۱۴ مرداد خبر انتخاب علیرضا زاکانی به‌عنوان شهردار تهران را منتشر کرد و و اکنش‌های گسترده‌ای در پی داشت، شورای شهر تهران سه روز بعد در یکشنبه ۱۷ مرداد با ۱۸ رأی به‌طور رسمی زاکانی را به‌عنوان شهردار پایتخت انتخاب کرد.
مهدی چمران در واکنش به انتشار خبر خبرگزاری فارس و انتقادهای پس از آن گفته بود که رأی‌گیری روز پنج‌شنبه رسمی نبود. با این حال مکالمه او با نرجس سلیمانی، دختر قاسم سلیمانی و عضو شورای شهر تهران که مخالف مخفیانه بودن رأی‌گیری برای شهردار بود، منتشر شد که در آن گفته بود:
«نمی‌شود. یک عده فشار می‌آورند. البته قانون نوشته انتخاب شهردار باید با رأی مخفی باشد آن هم دلایلی دارد چون یک عده‌ای را می‌ترسانند و تهدید می‌کنند. حتی همین حالا با این‌که رأی مخفی بوده گفته‌اند اگر رای ندهید چنین می‌کنیم و چنان می‌کنیم.»
این سخنان انتقادهای زیادی از سیاسی بودن روند انتخاب شهردار را در پی داشت.
اکنون با انتخاب رسمی زاکانی به‌عنوان شهردار تهران گفته می‌شود که بر اساس تصویب نامه هیأت دولت که سال ۱۳۹۷ ابلاغ شده، برای احراز صلاحیت شهردار، آن فرد باید ۹ سال سابقه اجرایی داشته باشد. زاکانی تاکنون سابقه اجرایی در کارنامه خود ندارد. او پیش‌تر نماینده مجلس و فعال سیاسی بوده است. از سوی دیگر مدرک تحصیلی زاکانی نیز ارتباطی با مدیریت شهری ندارد.
در همین حال حمید رسایی، فعال سیاسی اصول‌گرا و نماینده پیشین مجلس در توئیتی از انتخاب زاکانی به‌عنوان شهردار انتقاد کرد و نوشت:
«داستان از این قرار است: اگر عضو یک سامانه و حلقه خاص باشی، قانون نادیده گرفته می‌شود حتی اصلاح می‌شود تا بی‌ربط، ربط پیدا کند؛ بالاتر از آن، نهی علنی و صریح رهبر انقلاب به بایگانی می‌رود و تعریف و تمجید‌های غیرمستند و غیرعلنی جای آن را می‌گیرد. فساد سیاسی به همین راحتی شکل می‌گیرد.»
صادق زیباکلام، فعال سیاسی اصلاح‌طلب نیز به انتخاب زاکانی به عنوان شهردار تهران واکنش نشان داد و در توئیتر نوشت:
«انتظار میرفت که با آمدن تندروها به عقب برویم. اما انتخاب (اگر نگفته باشیم انتصاب) جناب دکتر علیرضا زاکانی به سمت شهردار پایتخت حتی اصولگرایان میانه‌رو را هم مات و مبهوت کرد.»
زاکانی روز گذشته (یکشنبه) در رشته توییتی نوشت:
«چون ایجاد تحول در تهران بدون کمک سران قوا میسر نیست، به دیدارشان رفتم تا پیشنهاد دوستان را مطرح کرده و از آنها مشورت و یاری بگیرم. در دیدار آقای قالیباف (رئیس مجلس)، ایشان گفت وزارت رفاه، وزارت بهداشت و دفتر رئیس‌جمهور برای شما مطرح است، بنده گفتم برای آنها افراد بهتری وجود دارد و تحول شهرداری ارجح است. به دیدار آقای رئیسی رفتم. ایشان گفت تا سه روز قبل تصمیم داشتم از شما در چند جای دولت استفاده کنم و با رهبری هم صحبت کردم و تعاریفی نقل کردند [که لایقش نیستم] بعد ایشان گفتند از وقتی شنیدم در شورای شهر برای شهرداری مطرح هستید به نظرم مهم آمد و کار بزرگی است. آقای رئیسی گفتند اگر رفتید حتماً کمک می‌کنم و در جلسات دولت هم می‌آیید.»
زاکانی به عنوان نماینده پوششی ابراهیم رئیسی (عضو هیئت مرگ) در انتخابات ریاست جمهوری حضور داشت؛ هرچند در دوره پیشین انتخابات ریاست جمهوری رد صلاحیت شده بود. این نواصول‌گرای تندرو مسئول پیشین سازمان بسیج دانشجویی بود و صاحب وب‌سایت امنیتی جهان‌نیوز و هفته‌نامه امنیتی پنجره است.
زاکانی پیش از آن که نامش به عنوان شهردار تهران مطرح شود رئیس مرکز پژوهش‌های مجلس اسلامی بود.
انتخاب زاکانی به عنوان شهردار پیش از این با مخالفت اصولگرایان قم مواجه شده بود. شورای هماهنگی اصولگرایان استان قم ۱۲ مرداد با انتشار نامه شدیدالحنی از زاکانی خواست تا با پس گرفتن برنامه‌هایش برای شهرداری تهران همچنان به عنوان نماینده قم خدمت کند. محمد مهاجری، فعال سیاسی اصول‌گرا و عضو شورای سردبیری خبرآنلاین و عضو سابق شورای سردبیری کیهان نیز گفته بود با شهردار شدن زاکانی، شهرداری «توسط ما اصول‌گراها» ضایع و جناحی می‌شود».