سازمان عفو بین‌الملل در گزارشی درباره حبیب و وحید افکاری، برادران نوید افکاری که پس از اعدام او در انفرادی نگهداری و شکنجه شده‌اند، خبر داده است که مأموران امنیتی در یکی از موارد شکنجه، برای چندین روز سر و صورت حبیب افکاری را با کیسه پلاستیکی پوشانده‌اند، به نحوی که او دچار احساس خفگی شود.
عفو بین‌الملل همچنین خبر داده است که بر اساس یک گزارش رسمی به تاریخ هشتم آبان ۱۳۹۸، کتف چپ حبیب افکاری از جا در رفته و آثار شکستگی در مچ دست چپ و یکی از انگشتان پای او مشهود است.
پیش از این یک منبع نزدیک به خانواده افکاری درباره وضعیت حبیب و وحید به زمانه گفته بود این دو برادر برای اعمال فشار بر خانواده به منظور افشا نکردن جزییات بیشتر درباره پرونده خود و برادرشان نوید افکاری، گروگان گرفته شده‌اند.
حسین افکاری و بهیه نامجو، پدر و مادر نوید، وحید و حبیب افکاری، اواخر مهر ماه ۹۹ با انتشار نامه‌ای خطاب به قاضی ناظر زندان عادل‌آباد شیراز ضمن اعتراض به ادامه حبس دو فرزندشان در سلول انفرادی، خواستار پاسخگویی مقام‌های قضایی درباره ضرب و شتم، شکنجه و ممنوع‌الملاقات بودن فرزندانشان شده بودند.
عفو بین‌الملل اما گزارش کرده است که مسئولان زندان، وحید و حبیب افکاری را مکررا شکنجه‌کرده‌اند تا از آنها «اعتراف» بگیرند:
«برداران افکاری را در حبس انفرادی طولانی‌مدت نگاه داشته‌اند، مورد ضربات مشت، لگد و کابل قرار داده‌اند و از طریق تهدید زندانی کردن، کشتن، تعرض جنسی یا انحای دیگر آسیب به اعضای خانواده‌شان، شکنجه روانی داده‌اند.»
بر اساس این گزارش دادگاه کیفری یک استان فارس به جای انجام تحقیق درباره شکایت‌های وحید و نوید افکاری و کنار گذاشتن «اعترافات» اجباری، در «رأی ناعادلانه»اش نوشت آنها موضوع شکنجه را «تحت تأثیر آموزش‌های زندان و با این تصور که ممکن است با انکار واقعیت، موجبات رهایی خود را فراهم کنند» مطرح کرده‌اند.
عفو بین‌الملل خواستار انجام تحقیقات فوری و مستقل درباره شکایت‌های مربوط به شکنجه برادران افکاری شده و تأکید کرده است که کلیه افراد مظنون به داشتن مسئولیت کیفری در این رابطه، باید در دادرسی‌های منصفانه و بدون توسل به مجازات اعدام، به دست عدالت سپرده شوند:
«مقامات ایرانی در حال شکنجه و اعمال سایر رفتار‌های بی‌رحمانه، ضدانسانی و ترذیلی علیه برادران، وحید افکاری و حبیب افکاری در زندان عادل‌آباد شیراز هستند.
وحید و حبیب افکاری از شهریور ماه ۱۳۹۹ در سلول‌های انفرادی بدون پنجره محبوس بوده و از دسترسی به مراقبت‌های پزشکی مناسب، هوای آزاد، تماس‌های تلفنی و ملاقات‌های حضوری با خانواده‌شان محروم شده‌اند.»
از سوی دیگر یک منبع مطلع از وضعیت خانواده افکاری پیش از این به زمانه گفته‌اند که این خانواده در طول ماه‌های گذشته به ویژه پس از اعدام نوید افکاری، بارها از سوی نهادهای امنیتی، نیروهای لباس شخصی، مأموران انتظامی و حتی قضات دادگاه تهدید شده‌اند:
«در خلال این تهدیدها گفته شده آبروی نظام رفته و به همین دلیل خانواده افکاری را تهدید به قتل کرده‌اند. همچنین گفته شده برای نظام هیچ هزینه‌ای ندارد. مثل افرادی که در آبان کشته شدند و آب هم از آب تکان نخورد، شما را هم که یک خانواده کوچک هستید، می‌کُشیم.»
نوید و وحید افکاری، شهریور ماه سال ۱۳۹۷ و چند روز پس از اعتراضات سراسری مرداد ماه همان سال در شیراز بازداشت شدند.
مأموران امنیتی سه ماه بعد حبیب افکاری، سومین برادر این خانواده را هم بازداشت کردند.
پس از انتشار خبر صدور حکم اعدام برای نوید افکاری و احتمال اجرای قریب‌الوقوع آن، پرونده این سه برادر مورد توجه افکار عمومی قرار گرفت و میلیون‌ها نفر از کاربران شبکه‌های اجتماعی در سراسر دنیا خواهان آزادی فوری آنها شدند اما قوه قضاییه جمهوری اسلامی بی‌اعتنا به این درخواست‌ها، نوید افکاری را اعدام کرد.
وحید افکاری، برادر بزرگ‌تر نوید هم بابت اتهام معاونت در محاربه، به ۲۵ سال زندان و ۷۴ ضربه شلاق محکوم شده است.
حبیب افکاری، برادر بزرگ‌تر این برادران هم به ۲۷ سال و سه ماه حبس و تحمل ۷۴ ضربه شلاق محکوم شده است.