یک هفته قبل بود که حجت نظری، عضو شورای شهر تهران فاش کرد رفتگران افغانستانی شهرداری «به دلیل نداشتن کد ملی» واکسینه نشده‌اند. پس از آن معاون بهداشت و درمان دانشگاه علوم پزشکی مشهد گفت که هنوز دستورالعملی در باره واکسیناسیون مهاجران افغانستانی بالای ۸۰ سال صادر نشده و این موضوع «در دست بررسی است». سپس نوبت به علیرضا رئیسی، سخنگوی ستاد کرونا رسید تا اعلام کند: مهاجران در صورت تحویل واکسن از سوی کشورشان واکسینه خواهند شد.
در تازه‌ترین اظهارنظر در این باره کریم همتی، رئیس جمعیت هلال احمر واکسیناسیون مهاجران افغانستانی را به تامین دو میلیون دُز واکسن درخواستی از سازمان صلیب‌سرخ مشروط کرد و گفت:
تا این لحظه تامین این دو میلیون دُز برای این افراد محقق نشده است. ما در حال پیگیری هستیم و هنوز برای این گروه خاص واکسنی در اختیار ما قرار داده نشده است.
او مدعی شد مهاجران چنانچه در گروه‌های اولویت باشند، مانند شهروندان ایران واکسن دریافت می‌کنند:
به طور مثال اگر یک تبعه افغانستانی در بیمارستان جزیی از کادر درمان است برای این افراد تزریق واکسن انجام می‌شود.
این اظهارات در حالی بیان می‌شود که تا به حال حداقل در شهرداری تهران رفتگران افغانستانی از دریافت واکسن کرونا محروم مانده‌اند.
بر اساس اعلام همتی جمعیت مهاجران افغانستانی در ایران ۲ تا ۳ میلیون نفر است. او گفت: برخی از این افراد مشکل شناسنامه دارند یا کد شناسایی ندارند.
همتی مدعی شد که وزارت کشور در تلاش است برای این افراد کد شناسایی در نظر گرفته شود تا هلال احمر بتواند واکسیناسیون این گروه را انجام دهد.
آمار دقیقی از مهاجران افغانستانی که در ایران اقامت دارند، منتشر نمی‌شود. مقام‌های وزارت کشور جمعیت مهاجران افغانستانی که دارای کارت اقامت هستند را یک میلیون و ۶۰۰ هزار نفر و مهاجرانی که به گفته آنها به صورت «غیرقانونی» در ایران حضور دارند را یک میلیون و ۵۰۰ هزار نفر اعلام کرده‌اند.
براساس اعلام مقام‌های حکومتی در افغانستان از آغاز همه‌گیری کرونا در ایران شمار زیادی از مهاجران به صورت داوطلبانه یا به اجبار ایران را ترک کردند.
ایران در آغاز همه‌گیری کرونا از ارائه خدمات درمانی به مهاجران افغانستانی امتناع می‌کرد. این مسئله پس از دیدار نمایندگان دو کشور به ظاهر برطرف شد اما مهاجران افغانستانی مشمول دریافت هیچ یک از کمک‌های مالی و معیشتی دولتی نشدند.
رسانه‌های افغانستان سال گذشته گزارش کردند در ۱۰ ماه نخست سال ۱۳۹۹، ۱۵۰ هزار مهاجر افغانستانی از ایران اخراج شدند و ۳۵۰ هزار تن نیز «به نوعی داوطلبانه» به کشورشان بازگشتند.
ایران در سال‌های اخیر سخت‌گیری بر مهاجران افغانستانی را بیشتر و اقامت آنان در مراکز استان‌ها و بسیاری از شهرهای بزرگ را ممنوع کرده است.