پژوهشی که به تازگی توسط دانشمندان مؤسسه ژنتیک دانشگاه یونیورسیتی کالج لندن منتشر شده، پاسخ‌هایی را در رابطه با منشأ اولیه ویروس جدید کرونا و جهش‌های این ویروس ارائه می‌دهد.
پژوهشی که در ژورنال «عفونت، ژنتیک و فرگشت» در روز پنجم ماه مه منتشر شد نشان می‌دهد که ویروس جدید کرونا یک یا دو ماه قبل از سال جدید میلادی ۲۰۲۰ از میزبان حیوان وارد بدن میزبان انسانی شده و سپس به سرعت در سرتاسر جهان منتشر شده است. همین پژوهش، ۱۹۸ جهش ژنتیکی مکرر را در ژنوم ویروس کرونای جدید یافته که نشان می‌دهد ویروس در حال تغییر است – خوب و بد این تغییر برای میزبان انسانی مشخص نیست.
در حالی که سازمان‌های امنیتی پرونده‌های ویژه خود را در مورد منشأ ویروس جدید کرونا منتشر می‌کنند، اینکه این ویروس از کجا اولین میزبان انسان را آلوده کرده، همچنان در هاله‌ای از ابهام باقی مانده است. اما پژوهش‌های تبارشناسی ژنتیکی حداقل می‌توانند تخمین بزنند که در چه بازه زمانی‌ای ویروس از میزبان حیوانی به میزبان انسانی پریده و این همه‌گیری را رقم زده است.
پژوهشگران دانشگاه یونیورسیتی کالج، ژنوم یا کلیه داده‌های ژنتیکی ویروس جدید کرونا را از نمونه‌های گرفته‌شده از بدن هفت هزار و پانصد فرد آلوده به بیماری کوید-۱۹، تجزیه و تحلیل کرده‌اند. این پژوهشگران با توجه به زمان ابتلای هر نمونه انسانی و تکنیک‌های علم فیلوژنتیک یا تبارشناسی ژنتیکی، تخمین زده‌اند که ویروس جدید کرونا زمانی بین ۶ اکتبر ۲۰۱۹ تا ۱۱ دسامبر ۲۰۱۹ از میزبانی حیوانی به میزبانی انسانی پرش یافته است. پس از این پرش، ویروس جدید کرونا به سرعت در جغرافیاهای مختلف شیوع پیدا کرده است.
فرانسوا بالو (Francois Balloux) که تیم دانشگاه یونیورسیتی کالج را هدایت می‌کند به سی‌ان‌ان می‌گوید که پژوهش‌های فیلوژنتیک تیم او نشان می‌دهد که از زمان آغاز شیوع بیماری کوید-۱۹ در چین تاکنون، ویروس SARS-CoV-2 حدود ۱۹۸ جهش کرده اما این به معنا نیست که در میزبان کشنده‌تر شده است.
یافته‌های پژوهش پنجم ماه مه پژوهشگران دانشگاه یونیورسیتی کالج لندن در تقابل با مقاله‌ای دیگر است که از آزمایشگاه ملی لس آلاموس بیرون آمده و ادعا می‌کند که ویروس جدید کرونا، زمانی در فوریه ۲۰۲۰ در اروپا جهش یافته و مسری‌تر شده است. منتقدان پژوهش آزمایشگاه ملی لس آلاموس، معتقدند که این مرکز پژوهشی دولتی، در نتیجه‌گیری از داده‌ها دقیق عمل نکرده است. آنها می‌گویند که این آزمایشگاه در حالی در مورد «جهش‌های خطرناک» در ویروس جدید کرونا صحبت می‌کند که هیچ دلیل مشخصی مبنی بر فرگشت ویروس جدید کرونا به گونه‌ای مسری‌تر و خطرناک‌تر وجود ندارد.
پژوهش آزمایشگاه ملی لس آلاموس، ۳۰ آوریل منتشر شده است. این پژوهش با روش ردیابی جهش‌های ویروسی در ماتریس زمان و جغرافیا، در مورد جهش ویروس کرونا به ویروسی «قابل‌انتقال‌تر و مسری‌تر» حرف می‌زند. این «جهش خطرناک» به نظر این تیم بر اساس تغییرات یک ژن در پروتئین سنبله‌های تاج ویروس است که ویروس برای وارد شدن به بدن میزبان از آنها استفاده می‌کند.
لیزا گرالینسکی – ویروس‌شناس متخصص ویروس‌های کرونا و پژوهشگر دانشگاه کارولینای شمالی – منتقدانه به یافته‌های آزمایشگاه ملی لس آلاموس نگاه کرده است. او به وب‌سایت آمریکایی آتلانتیک گفته است که نتیجه‌گیری‌های این پژوهش مشکل‌داراست. به نظر گرالینسکی با ردیابی جهش‌های ویروسی نمی‌توان ادعا کرد که یک شکل عفونی‌تر از ویروس ظهوریافته است. برای بیان چنین ادعایی ابتدا باید ویروس جهش‌یافته را به آزمایش بگذارند و نشان دهند که این جهش به این انجامیده که ویروس مسری‌تر شده یا انتقالش به میزبان سهل‌تر شده است.
فرانسوا بالو به نیویورک تایمز گفته است که بر اساس تجزیه و تحلیل‌های تبارشناسانه ژنتیکی تیم آنها، ویروس کرونای جدید در حال جهش است. اما این چنین نیست که در جغرافیاهای خاصی جهش‌های خطرناک‌تری ظاهر شده‌اند. یافته‌های تیم بالو نشان می‌دهد که تنوع ژنتیکی ویروس کرونای جدید در همه کشورهایی که همه‌گیری در آنها شدید بوده دیده شده است.
بالو به نیویورک تایمز توضیح می‌دهد که همه ویروس‌ها به طور طبیعی جهش می‌یابند. جهش‌ها به خودی خود چیز بد یا خوبی نیستند:
«هیچ مدرکی دال بر اینکه ویروس کرونای جدید سریع‌تر یا کندتر از حد انتظار جهش یافته، وجود ندارد. تا کنون ما نمی‌توانیم بگوییم که ویروس جدید کرونا کشنده‌تر یا مسری‌تر شده است.»
او در گفت‌وگو با سی‌ان‌ان هم در مورد پژوهش‌هایی که معتقند ویروس مسری‌تر شده هشدار می‌دهد و تاکید می‌کند:
«ویروس در حال تغییر است، اما این به خودی خود به معنای بدتر شدن آن نیست.»
تیم فرانسوا بالو ژنوم ویروس کرونای جدیدی را با استفاده از توالی‌های منتشر شده از نمونه‌های به دست آمده از بیش از هفت هزار و پانصد فرد مبتلا به به بیماری کوید-۱۹ در ماتریس زمان و جغرافیا مورد تجزیه و تحلیل قرار داده‌اند. یعنی آنها توالی‌های ژنوم ویروس را از فرد اول که در یک زمان خاص و در مکان خاص دچار بیماری کوید-۱۹ شده با توالی‌های ژنتیکی ۷۴۹۹ نمونه دیگر به دست آمده از انسان‌ها در زمان‌های دیگر و مکان‌های جغرافیایی دیگر مقایسه کرده‌اند و جهش‌ها را در یک ماتریس زمان و جغرافیا ردیابی کرده‌اند.
تیم یونورسیتی کالج لندن بر جهش‌هایی که چندین بار به طور مستقل در داده‌ها ظاهر شده‌اند تمرکز کرده‌اند و بر این اساس ۱۹۸ جهش به ثبت رسانده‌اند. این تیم جهش پروتئین‌های سنبله تاج ویروس را در سه سنبله ثبت کرده‌اند اما نتیجه‌گیری آنها از پژوهش آزمایشگاه ملی لس آلاموس، متفاوت است. تیم بالو معتقدند هنوز زود است که نتیجه این جهش‌ها برای میزبان مشخص شود. به نظر این تیم این جهش‌ها می‌تواند نشانه‌ای از فرگشت هم‌گرای ویروس با میزبان باشد. اما برای نشان دادن این موضوع باید آزمایش‌های بیشتری شود.
پژوهش تیم فرانسوا بالو برای یافتن الگوهای ژنتیکی جهش‌ها در ویروس مهم است – اطلاعاتی که هرکس که بخواهد برای این ویروس واکسن بسازد لازم خواهد داشت.
تجزیه و تحلیل داده‌های مربوط به توالی‌های ژنتیکی ویروس جدید کرونا به کار بازسازی مسیرهای انتقال و همچنین به کار طراحی دارو و واکسن خواهد آمد. در واقع، از داده‌های ژنومی می‌توان برای شناسایی تعامل ژن‌های پاتوژن با میزبان استفاده کرد. بررسی جهش‌های ژنتیکی هم به کار طراحی داروها و واکسن‌هایی خواهد آمد که می‌خواهند بخش‌های مدام جهش‌یافته را دور بزنند و برای بخش‌های ثابت‌تر پاتوژن برنامه‌ریزی کنند.