رئیس مرکز امور بین‌الملل و مدارس خارج از کشور وزارت آموزش و پرورش گفته آمار‌های غیر رسمی از حضور دو میلیون تبعه غیر مجاز در کشور حکایت دارد که از این میان تنها یک میلیون نفر ثبت رسمی شده‌اند و فرزندان این گروه مجوز تحصیل در مدارس را کسب کرده‌اند.
غلامرضا کریمی با «غیرمجاز» خواندن کودکان افغان در ایران به ایسنا گفته:
«ما مسئولیتی در قبال شناسایی نداریم اما دانش‌آموزان غیرمجاز را هم ثبت‌نام می‌کنیم.»
کریمی با اشاره به چالش‌های تحقق عدالت آموزشی و وضعیت تحصیل اتباع خارجی در ایران گفته:
«سال‌های گذشته حدود ۲۸۰ هزار دانش‌آموز اتباع خارجی داشتیم اما بعد از دستور رهبری و مصوبه دولت، ۱۲۳ هزار دانش آموز غیرقانونی غیرمجاز وارد مدارس شدند که با مجوز خاص وزارت کشور می‌توانند تحصیل کنند.»
منابع خبری در ایران در اردیبهشت سال ۹۴ از علنی شدن دستور رهبر جمهوری اسلامی مبنی بر حق تحصیل تمامی دانش‌آموزان افغانستانی اعم از قانونی و غیرقانونی خبر دادند.
بر اساس این خبر، آیت‌الله علی خامنه‌ای گفته بود:
«هیچ کودک افغانستانی حتی مهاجرینی که به صورت غیرقانونی و بی‌مدرک در ایران حضور دارند، نباید از تحصیل بازبمانند و همه آنها باید در مدارس ایرانی ثبت‌نام شوند.»
رئیس مرکز امور بین‌الملل و مدارس خارج از کشور وزارت آموزش و پرورش اما با اشاره به کمک‌های بین‌المللی به ایران در زمینه آموزش اتباع خارجی گفت:
«طبق نرم جهانی باید ۵۰ درصد هزینه‌ها را کمیساریای عالی پناهندگان و سایر تشکل‌های بین‌المللی تامین کنند. ما به وظیفه خود عمل کردیم ولی آنها به وظیفه خود عمل نمی‌کنند و ما مرتب در حال انعکاس موضوع به مجامع بین‌المللی هستیم.»
این اظهارات قائم مقام وزیر آموزش و پرورش در امور بین‌الملل در حالی‌ست که کودکان افغانستانی برای تحصیل در مدارس مجبور به پرداخت شهریه هستند.
این شهریه علاوه بر مبالغی است که تحت عنوان کمک به مدرسه همه دانش‌آموزان ملزم به پرداخت آن هستند. در شرایطی که خانواده‌های افغانستانی وضعیت مالی مناسبی ندارند، پرداخت این هزینه‌ها باری است بر دوش اقتصاد خانوار و بسیاری از خانواده‌ها را مجبور می‌کند تا از تحصیل فرزندان خود چشم‌پوشی کنند.
بر اساس ماده ۲ بند ج شیوه‌نامه مرکز امور بین‌الملل و مدارس خارج از کشور آموزش‌وپرورش، ثبت‌نام دانش‌آموزان اتباع خارجی در هنرستان‌های فنی و حرفه‌ای و کارو دانش با رعایت سهمیه پنج تا ۲۰ درصدی و آن‌هم فقط در “رشته‌های خاص”مجاز دانسته شده است. توجیه اصلی چنین تصمیمی، بر اساس گفته‌های معاونت پیشین این مرکز، حفظ موقعیت شغلی برای ایرانیان از طریق کنترل بازار کار تحصیل‌کرده‌های ایرانی بوده است.
با توجه به اظهارات مسئولین آموزش و پرورش و نیز با در نظر گرفتن قوانین مصوب و به اجرا درآمده در این زمینه، در حال حاضر فرصت‌های تحصیلی برابر از کودکان افغان در ایران سلب شده است.
پیش‌تر شهرام جمالی عضو کانون صنفی معلمان ایران در گفت‌وگو با رسانه‌ها اعلام کرده بود: «عواملی نیز هستند که سبب می‌شوند کودکان افغان اولین گروهی باشند که مدیران مدارس، به‌راحتی و به بهانه‌های مختلفی مثل کمبود جا و … به درخواست ثبت‌نام آنها “نه”می‌گویند؛ یکی از این عوامل، ذهنیت منفی به‌جامانده از سال‌های پیشین است که حضور مهاجران و خصوصاً افغان‌ها در کشور را در تضاد با مقوله امنیت اجتماعی ارزیابی می‌کند.»