تالاب انزلی در وضعیت نامناسبی قرار دارد. بخش جنوبی تالاب خشکیده، عمق و مساحت آن کاهش یافته، و پسماندها و زباله‌ها بخشهایی از آن را در کام خود فرو برده‌اند. مدیرکل حفاظت محیط زیست استان گیلان اصلی‌ترین عامل مشکلات زیست‌محیطی تالاب انزلی را کاهش قابل توجه تراز آبی دریاچه خزر اعلام کرده است که خود دلیل جدی‌تری برای نگرانی دوستداران محیط زیست است. تصرف بخش‌های خشک‌شده تالاب انزلی و سواحل پسرفته خزر به دست عده‌ای نیز بر مشکلات افزوده است.
قربانعلی محمدپور پنج‌شنبه ۹ اسفند اعلام کرد که تراز آبی دریاچه خزر طی سال‌های اخیر ۱,۵ متر کاهش یافته است. به گفته او، کاهش سطح آب خزر به خشک‌شدن بخش جنوبی تالاب انزلی انجامیده و علت «بخش عمده‌ای از مشکلات زیست‌محیطی» این تالاب است.
محمدپور ریختن پسماند‌های خانگی و صنعتی و بیمارستانی، تالاب‌خواری، صنوبرکاری و انباشت رسوبات بالادستی را دیگر مشکلات تالاب انزلی معرفی کرد. بر اساس آخرین پژوهش‌های دانشگاه تهران، عمق تالاب انزلی سالانه یک سانتیمتر کاهش می‌یابد. پهنه تالاب انزلی نیز از ۱۹ هزار هکتار به ۱۶ هزار هکتار رسیده.
همچنین بخشهایی از تالاب «تصرف» شده که به گفته محمدپور ۱۰۰ هکتار از آن «رفع تصرف» شده و سازمان حفاظت محیط زیست به دنبال راهکارهایی برای پیشگیری از تصرف دوباره تالاب است.
جایکا (آژانس همکاری‌های بین‌المللی ژاپن) پروژه مدیریت تالاب انزلی را در دست گرفته است. به گفته محمدپور، فاز دوم فعالیت‌های جایکا در این زمینه تا اردیبهشت آینده به پایان خواهد رسید.
خبر کاهش ۱,۵ متری تراز آبی خزر در حالی منتشر می‌شود که دولت روحانی به دنبال اجرایی‌کردن طرح انتقال آب این دریاچه بزرگ به استان‌های مرکزی است. کارشناسان محیط زیست هشدار داده‌اند که اجرای چنین طرحی می‌تواند خزر، تالاب انزلی و زیست‌بوم‌های مرتبط با این دو را به شدت تحت تأثیر قرار دهد.
با این حال محمدپور اعلام نکرده است که بر اساس چه پژوهش‌هایی و در کدام بازه زمانی ۱,۵ متر از تراز آبی خزر کاهش یافته و علت آن چیست ــ علتی که می‌تواند ترکیبی از گرمایش زمین و افزایش تبخیر سطحی و کاهش ورود آب به دریاچه به دلیل سدسازی یا خشکسالی باشد.
خزر دریاچه‌ای به مساحت ۳۷۰ هزار تا ۴۲۰ هزار کیلومتر مربع (متغیر با توجه به شرایط فصلی) است. کاهش تراز یک و نیم متری می‌تواند باعث افزایش قابل ملاحظه شوری آب، تخریب سفره‌های آب زیرزمینی در حاشیه خزر، بسته‌شدن دهانه رودخانه‌های آب‌ریز به آن، تغییر زیست‌بوم و … شود. مشخص نیست آیا چنین تغییراتی رخ داده‌اند یا خیر.
تصرف زمین‌ها در حاشیه خزر
شاید یکی از اثرات کاهش تراز آب خزر همین حالا در سواحل این دریاچه مشخص شده باشد: عقب‌نشینی خط ساحلی.
درحالی‌که محمدپور از تصرف زمین‌های مربوط به تالاب انزلی خبر داده، کارزار مخالفان انتقال آب خزر به کویر نیز جمعه ۱۰ اسفند در گزارشی غیررسمی درباره تصرف سواحل خزر چنین می‌نویسد:
«تعدادی از کسانی‌که در قدرت هم دستی دارند سواحل پسرفته در شمال را تصاحب می کنند و به علاوه در همان محدوده ساحلی هزاران متر از سطح آب را نیز به نام خود سند می‌زنند تا وقتی انتقال آب صورت گرفت و دریا شروع به پسروی بیشتر کرد آن بخشهایی که الان زیر آب است و بعدا خارج می‌شود را با قیمت گزاف بفروشند. این گزارش گفته است که اسناد آن در اداره ثبت و اسناد موجود است. این گزارش کاملا غیر رسمی است. اما حافظان امنیت ملی می‌توانند این مورد را بررسی کنند و چنانچه این مساله وجود دارد دست مافیا را کوتاه کنند و اگر گزارش درست نیست آن را تکذیب کنند.»
به گفته این کارزار، نمایندگان مازندران و گیلان خواستار کنار گذاشتن تبصره‌هایی در لایحه بودجه بوده‌اند که به انتقال آب دریای مازندران به فلات مرکزی ایران ربط داشته است. این اقدام اما ظاهراً به دلیل دخالت آنچه خدیجه گلین‌مقدم مدیر کارزار یادشده «مافیا» می‌خواند، به نتیجه نرسیده است.