شورای نگهبان تصمیمات مجلس درباره حق عضویت اقلیت‌های دینی در شوراهای شهر و روستا را با استناد به یک سخنرانی آیت‌الله روح‌الله خمینی، بنیانگذار جمهوری اسلامی، رد کرد. خمینی در این سخنرانی مورخ ۱۲ مهر ۱۳۵۸ گفته بود که اعضای شورای شهر باید «مُسْلِم» باشند.
عباسعلی کدخدایی، سخنگوی شورای نگهبان، متن بیانیه شورای نگهبان در مورد غیر شرعی و قانونی بودن تصمیمات مجلس درباره عضویت اقلیت‌های دینی در شوراهای شهر و روستا را روز ۲۷ آذر در کانال شخصی خود منتشر کرد. بیانیه که با امضای محمدرضا علیزاده، قائم‌مقام دبیر شورای نگهبان منتشر شده، نتیجه جلسه ۲۲ آذرماه شورای نگهبان را بیان می‌کند.
این بیانیه در واکنش به تصمیمات هفته گذشته مجلس شورای اسلامی برای الحاق یک طرح اصلاحی دو تبصره‌ای به ماده ۳۰ «قانون تشکیلات، وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور و انتخاب شهرداران» (مصوب ۱۳۷۵) است که اکنون مشخص شده شورای نگهبان هر دو تبصره را رد کرده است.
هردو دو تبصره به حقوق نامزد شدن اقلیت‌های مذهبی در انتخابات شوراهای شهر و روستا در ایران برمی‌گردد. مجلس در واکنش به ماجرای سپنتا نیکنام، عضو شورای شهر یزد است که به دلیل زرتشتی بودن عضویتش در شورای این شهر تعلیق شد، طرح اصلاح قانون انتخابات شوراها را تصویب کرد.
پیش از تصویب این طرح اصلاحی، دیوان عدالت اداری و شورای نگهبان با این استدلال که عضویت سپنتا نیکنام در شورای شهر یزد به معنی «سبیل کفار بر مسلمین» است، حق او را برای نمایندگی مردم یزد رد کرده بود.
روز ۲۱ آذر، در اصلاح قانون انتخابات شوراها، مجلس با ۱۵۶ رأی موافق، ۱۴ رأی مخالف و هفت رأی ممتنع تصمیم گرفت که دو تبصره را تصویب کند: یک – اقلیت‌های دینی شناخته‌شده در قانون اساسی می‌توانند نامزد انتخابات شوراهای اسلامی همان شهر و روستا شوند و دو – این اقلیت‌ها به‌جای اسلام، باید به اصول دین خود اعتقاد و التزام عملی داشته باشند.
پیش از این تلاش، مجلس برای بازگرداندن سپنتا نیکنام به شورای شهر یزد، در آبان سال جاری هم طرحی در مجلس با امضای بیش از ۲۰۰ نماینده مطرح شد که تاکید می‌کرد تبصره ماده ۲۶ قانون فعلی انتخابات شوراها (مصوب ۱۳۷۵) به پیروان ادیان الهی اجازه ثبت‌نام در انتخابات شوراهای شهر و روستا را داده است و نیازی به طرح مجدد این موضوع در مجلس نیست.
اما شورای نگهبان، که مسئول تفسیر قوانین در صورت اختلاف است با این نمایندگان و با دو تبصره اصلاحی تصویب‌شده در مجلس مخالفت کرد.
در متن بیانیه شورای نگهبان در مخالفت با تبصره یک آمده: «علاوه بر این عضویت افراد غیرمسلمان در شوراهای اسلامی و شهر روستا در مناطقی از کشور که اکثریت مردم آنها مسلمان و پیرو مذهب رسمی کشور هستند با توجه به اینکه تصمیمات این شوراها در خصوص مسلمین بدون لزوم رسیدگی به آن در شورای نگهبان لازم الاتباع خواهد بود، و با عنایت به نص فرمایشات بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران حضرت امام خمینی علیه الرحمه در تاریخ ۱۲ مهرماه سال ۱۳۵۸ مذکور در صحیفه نور (جلد ۶، چاپ ۱۳۷۱، صفحه ۳۱) خلاف موازین شرع شناخته شد.»
خمینی در تاریخ ۱۲ مهر ۱۳۵۸ در مورد «ویژگی‌های اعضای شورای شهر» گفته بود: «لکن، همه باید در این معنا شرکت داشته باشند که مُسْلِم [باشند]. و البته آنهایی که غیر مسلم هستند برای خودشان شوراهایی ممکن است تعیین کنند، لکن مسلم و متعهد به اسلام متعهد به این نهضت؛ معتقد به این نهضت؛ مخالف با طاغوت، انحراف چپ و راستی نداشته باشد.»
به این ترتیب یک سخنرانی بنیانگذار جمهوری اسلامی به‌صورت رسمی به عنوان «نص» مورد قبول در تفسیر شرعی مورد استفاده قرار گرفت و بر مبنای آن حق عضویت اقلیت‌های دینی در شوراهای شهر و روستا را به‌طور کامل «خلاف موازین شرع» شناخته شد.
زمینه تاریخی این سخنرانی مربوط به اختلاف‌های سیاسی خمینی و مهدی بازرگان بر سر نظریه ولایت فقیه و نقش اسلام و مردم‌سالاری در قانون اساسی جمهوری اسلامی و نظام انتخاباتی کشور است.
در رد تبصره دو تصویب‌شده در مجلس هم که به اقلیت‌ها حق التزام به باورهای خود را می‌دهد، شورای نگهبان صرفاً گفته است که: «در تبصره ۲ ماده ۱، اعتقاد و التزام عملی داشتن به اصول دین خود از سوی اقلیت‌های دینی، خلاف موازین شرع شناخته شد.»
شورای نگهبان برای این حکم رد تبصره دوم دلیلی نیاورده است. این در حالی است که حق التزام به باورهای خویش را هم قانون اساسی و هم قانون «تشکیلات، وظایف و انتخابات شوراهای اسلامی کشور و انتخاب شهرداران »(مصوب ۱۳۷۵) برای اقلیت‌های دینی قائل است (تنها دین‌های الهی شامل ادیان ابراهیمی و زرتشتی‌ها).
پیش‌تر در تاریخ ۲ آبان ۱۳۹۶ آیت‌الله محمد یزدی از فقهای عضو شورای نگهبان هم در گفت‌وگو با «تسنیم» گفته بود که این شورا معتقد است انتخاب سپنتا نیکنام به شورای شهر یزد «اشکال شرعی» دارد. او هم در استدلالش به سخنرانی خمینی در این باره استناد کرده بود.
اما اولین کسی که از سخنرانی خمینی برای رد حق عضویت اقلیت‌های دینی در شورای شهر و روستا استفاده کرد، احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان بود. او در فروردین سال ۹۶ با استناد به سخنان خمینی گفت که نامزدی غیرمسلمانان در مناطقی که در اقلیت هستند خلاف شرع است. دیوان عدالت اداری هم بعد از شکایت علی اصغر باقری، رقیب سپنتا نیکنام که در انتخابات شورای شهر یزد شکست خورده بود، با استناد به حکم جنتی، عضویت نیکنام را به تعلیق درآورد.