در پی انتقاد علی مطهری، نایب رئیس مجلس به نگهداری طولانی‌مدت زندانیان سیاسی پس از بازداشت آن‌ها، محمدجعفر منتظری، دادستان کل کشور می‌گوید مطهری فقط از افراد «مسئله‌دار» حمایت می‌کند و علیه قوه قضائیه «دروغ» می‌گوید.
محمدجعفر منتظری چهارشنبه ۱۹ مهر بدون آن‌که از علی مطهری نامی ببرد او را نماینده‌ای خواند که از «رانت وابستگی به بزرگان» استفاده می‌کند و به‌دنبال آن است که علیه قوه قضائیه مقاله بنویسد و سخنرانی کند.
منتظری در پاسخ به مقاله اخیر مطهری در روزنامه اعتماد، با بیان این‌که «این آقایان حق ورود به مسایل قضائی را ندارند» خطاب به او گفت: «چه‌طور است که از هر چه حمایت می‌کنی افراد مسئله‌دار و کسانی هستند که وابسته به ضدانقلاب و اپوزیسیون هستند. یک بار شده که بیایی و از پرونده افراد عادی حمایت کنی.»
مطهری سه‌شنبه ۱۸ مهر در یادداشتی در روزنامه اعتماد از شرایط پس از بازداشت افراد در دستگاه قضائی انتقاد کرده و نوشته بود: «وقتی مثلاً خبرنگاری توسط دادسرای رسانه به نحو نامناسبی بازداشت می‌شود، بعد از آن تا مدتی حتی خانواده او از محل نگهداری او اطلاع ندارند و در حالی که طبق قانون اساسی باید ظرف ۲۴ ساعت تفهیم اتهام شود.»
علی مطهری در نوشته خود به بازداشت ساسان آقایی و هنگامه شهیدی، دو روزنامه‌نگار پرداخت و با اشاره به وضعیت آن‌ها در زندان نوشت آقایی «بیش از یک ماه است در بازداشت به‌سر می‌برد» و شهیدی هم «سرانجام با زور اعتصاب غذا از زندان آزاد شد بدون آن‌که کوچک‌ترین سند یا دلیلی در اثبات اتهام او به وی ارائه کنند».
دادستان کل کشور به مطهری گفته که از محتویات پرونده‌ها اطلاعی ندارد و نباید اظهارنظر کند. او افزوده است: «اگر شما مدعی آزادی هستی چرا برای همه این سنگ را به سینه نمی‌زنی؟ چرا دروغ می‌گویی؟ (…) اگر می‌خواهید قوه را نقد کنید، نقدتان باید علمی یا حقوقی باشد؛ اما از اشخاص خاص و محکومین مشخصی همیشه حمایت کردن نشان می‌دهد که صداقت ندارید و شما به دنبال اجرای عدالت نیستید.»
جعفری از دستگاه قضائی دفاع کرده و گفته است: «کسانی که دنبال براندازی نظام هستند، قوه قضائیه را هدف قرار داده‌اند.»
در روزهای اخیر موضوع عملکرد قوه قضائیه بار دیگر تنش‌هایی بین مقامات حکومتی ایران ایجاد کرده است.
حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران ۱۵ مهرماه گفته بود که «ممکن است برخی از دستگاه‌ها بیکار باشند و برای ایجاد شغل برای خود عده‌ای را احضار کنند». صادق لاریجانی، رئیس قوه قضائیه در پاسخ گفته بود: «این سخنان بسیار کم‌لطفی است. قوه قضائیه از سر بیکاری افراد را احضار نمی‌کند. اگر بیکاری وجود دارد این شما هستید که چهار سال کشور را رها کردید و دور برجام سینه زدید، گویی کشور کار و مشکل دیگری ندارد.»