شورای عالی اصلاح‌طلبان در پیامی پیروزی حسن روحانی در انتخابات ریاست جمهوری را به او تبریک گفت و اظهار امیدواری کرد که او بتواند در دوره دوم ریاست جمهوری خود به خواست‌های رأی دهندگان از جمله ایجاد اشتغال برای جوانان، استفاده از زنان و جوانان در دولت پاسخ دهد، «تمامی آثار و پیامدهای ناگوار حوادث ٨٨» را برطرف کند و در رفع حصر موسوی و کروبی بکوشد.
این شورا نوشته است به‌سبب مشارکت بالای مردم در انتخابات باید از «رهبری معظم انقلاب» قدردانی کرد که با رهنمودهای خود موجبات برگزاری آرام انتخابات را فراهم نموده و جا دارد به خواست‌های مردم نیز پاسخ داده شود.
شورای عالی اصلاح‌طلبان ضمن تائید اقدامات دولت یازدهم اظهار امیدواری کرده که دولت دوازدهم بتواند آن سیاست‌ها را ادامه دهد و همچنین «نسبت به تسریع در امر رونق اقتصادی و اهتمام بیشتر به اشتغال جوانان و معیشت مردم، استفاده از جوانان و زنان در ساختار دولت، پیگیری لغو تحریم‌های ظالمانه غیر هسته‌ای از طریق توسعه و تقویت دیپلماسی گفتگو با دنیا» اقدام کند.
«برطرف کردن تمامی آثار و پیامدهای ناگوار حوادث ٨٨ به‌ویژه رفع حصر محصوران» یکی دیگر از نکات مورد اشاره در پیام شورای عالی اصلاح‌طلبان است. شورا از روحانی خواسته تا از اختیارات قانونی خود برای رفع حصر استفاده کند.
به دنبال اعتراض به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ٨٨ موسوی و کروبی دو تن از نامزدان انتخابات و همچنین زهرا رهنورد در حبس خانگی قرار گرفتند. در میتینگ‌های انتخاباتی روحانی بارها شرکت کنندگان خواستار ازادی این سه تن شدند.