سهیلا جلودارزاده درباره تلاش وزارت بهداشت برای دستیابی به منابع بخش درمان تامین اجتماعی گفته: «این اموال عمومی است و نباید وزارت بهداشت کمبود منابع خود را با دست‌اندازی به اندوخته کارگران جبران کند.»
او با اشاره به اینکه آزمایشگاه‌های طرف قرارداد به سازمان تامین اجتماعی اعلام کرده‌اند که در صورت عدم پرداخت معوقات این سازمان دیگر دفترچه‌های تامین اجتماعی را نخواهیم پذیرفت، گفته: «این رویکرد مناسب نیست و نباید در دولت ایجاد شود، بلکه باید دو وزارتخانه کار و بهداشت با هم هماهنگ بوده و به نحوی عمل کنند که در انجام وظایف قانونی هیچ‌یک خللی ایجاد نشود.»
جلودارزاده با اشاره به افزایش تعرفه‌های درمانی گفته: «هزینه درمان یک کارگر در بخش دولتی نباید بیش از هزینه درمان او در مراکز ملکی تامین اجتماعی باشد و اگر چنین حالتی ایجاد شود از عدالت به دور است. به دو وزارتخانه پیشنهاد می‌دهم که مشکلاتشان را در حضور رئیس‌جمهور حل کرده و در این خصوص برنامه‌ریزی‌های لازم را انجام دهند.»
جلودارزاده گفته منابع سازمان تامین اجتماعی بخشی از دارایی های کارگران است و در حال حاضر بدهی‌های دولت به این سازمان رو به افزایش است. او می‌گوید برای اینکه سازمان تامین اجتماعی بتواند به عنوان حافظ منافع کارگران سرمایه‌گذاری‌های لازم را انجام داده و حقوق بازنشستگان را پرداخت کند، بهتر است مطالبات این سازمان هر چه سریع‌تر پرداخت شود.
او می‌گوید این بدهی‌ها سال‌هاست که وجود دارند و واگذاری مراکز اقتصادی از طرف دولت به سازمان تامین اجتماعی به عنوان بدهی بعضا زیان‌ده بوده و نه تنها به منابع این سازمان اضافه نمی‌کند، بلکه ضررهای آن بخش‌ها را به تامین اجتماعی منتقل می‌کند. پس بهتر است به جای این واگذاری‌ها، مطالبات را به حساب سازمان واریز کنند و به این شکل تسویه حساب انجام شود.
نزدیک به ۳ سال است که براساس بیمه سلامت افرادی که تحت پوشش هیچ یک از بیمه‌های پایه سلامت یا درمان نبودند، بدون پرداخت حق بیمه تحت پوشش بیمه قرار گرفته‌اند تا از خدمات بیمارستانی و سلامت با قیمت ارزان‌تر بهره مند شوند. اما این طرح پس از گذشت یک سال دچار بی‌پولی شد و وزارت بهداشت و وزارت رفاه، به عنوان دو ضلع اصلی برنامه‌های تحول نظام سلامت کشور بیش از پیش دچار کمبود منابع مالی شدند.
طرح تحول سلامت برای اجرای اهداف مورد نظر خود نظیر افزایش حضور پزشکان در بیمارستان‌های دولتی، ارتقای هتلینگ بیمارستان‌ها، ماندگاری پزشکان در مناطق محروم، ترویج زایمان طبیعی، ارتقای خدمات اورژانس، ارتقای کیفیت ویزیت و کاهش پرداختی مردم در بیمارستان‌ها، توجه به استان های ایران و افزایش تحرکات میدانی در استان‌های محروم، توجه به بیماران خاص، بار مالی زیادی بر دوش دولت و سازمان‌های بیمه‌گر گذاشته است.
در راستای اجرای این طرح، وزارت بهداشت تعرفه‌های درمانی را بدون افزودن به هزینه مردم تا سه برابر افزایش داد تا هزینه‌های تمام شده درمانی را واقعی‌تر کند و دریافت زیرمیزی را از بین ببرد، اما سازمان‌های بیمه‌گر با فشار بی‌سابقه‌ای مواجه شدند. وزارت بهداشت برای محافظت از سازمان‌های بیمه و جلوگیری از اعتراضات آنها می‌خواست از عواید حاصل از هدفمندی یارانه‌ها استفاده کند اما این فکر عملی نشد.
راه‌حل وزارت بهداشت برای کسری بودجه وزارت بهداشت برای رهایی از این مشکل تجمیع بیمه‌ها در برنامه ششم توسعه بود.
برخی از منابع مالی وزارت بهداشت، در اختیار صندوق‌های بیمه‌گر عمومی مانند سازمان تامین اجتماعی است. وزارت تعاون، کار و رفاه اجتماعی که حوزه نظارت عمومی بر این صندوق‌ها را بر عهده دارد با تجمیع بیمه‌ها مخالف است. آنها می‌گویند که دادن اموال سازمان تامین اجتماعی که حاصل دسترنج کارگران و کارفرمایان است به سازمان‌های دیگر مانند سازمان بیمه سلامت، تبعات اجتماعی و بحران‌های زیادی به دنبال خواهد داشت.
وزارت بهداشت می‌گوید که سازمان تامین اجتماعی ۳۴۵۶ میلیارد تومان به این وزارتخانه بدهکار است.
در مجلس ایران تلاش شد که شورای عالی بیمه سلامت به وزارت بهداشت منتقل شود اما این موضوع با اختلاف تنها یک رای مورد تصویب نمایندگان قرار نگرفت؛ اما انتقال سازمان بیمه سلامت به وزارت بهداشت تصویب شد.
سازمان بیمه سلامت ایران در لایحه بودجه ۱۳۹۶ توانسته ۱۰ هزار میلیارد تومان اعتبار به خود اختصاص دهد که این رقم در لایحه بودجه سال ۱۳۹۵ برابر پنج هزار و ۴۶۰ میلیارد تومان بوده است.
وزارت بهداشت ایران با انتقال سازمان بیمه سلامت می‌تواند در سال ۱۳۹۶ با افزایش ۸۳ درصدی بودجه سازمان بیمه سلامت، بدهی خود از این سازمان بگیرد. سازمان بیمه سلامت ۴۰۲۳ میلیارد به وزارت بهداشت بدهکار است.