با نزدیک شدن به انتخابات مجلس خبرگان رهبری، حسن روحانی خطاب به فرمانداران و استانداران تأکید کرد «مبادا در شهرستان‌ها به گوش کسی برسد که دولت، سپاه، ارتش، صدا وسیما، فرماندار و استاندار یا دفتر امام جمعه طرفدار یک کاندیداست.»
حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران طی سخنانی در جمع سراسری فرمانداران گفت: «دولت باید خود را از رقابت کنار بکشد اما این به آن معنا نیست که شبه‌دولتی‌ها در انتخابات بیایند یا جمع‌های قدرتمند دیگر یا قوای دیگر حق داشته باشند در انتخابات دخالت کنند.»
او از مسئولان رده بالای کشور و مقام‌های مسئول که مسئولیت فراجناحی دارند، خواست نباید کاری کنند که این تهمت به آنها زده شود.
روحانی درباره مسئله انتخابات اعلام کرد هیچ جناحی قابل حذف نیست: «خواب این را ببینید که بخواهند جناحی را حذف کنند چرا که این جناح‌ها ریشه‌های علمی و تاریخی دارند.. ممکن است اسم و تابلوی گروه‌ها عوض شود اما احزاب و جناح‌ها از بین نمی‌رود.»
رئیس دولت یازدهم بیان کرد که این کشور شبیه بعضی کشورهای شرق دور نیست که به صورت پادگانی اداره شود. اتفاقا اگر مجلسی داشته باشد که همه از یک جناح باشند اصلا خوب نیست.
او ادامه داد که انتخابات بدون رقابت امکان‌پذیر نیست. انتخاب اجباری بین چند چیز انتخابات نیست و دستور است. او گفت با این تفکر مخالفیم که این فرد باید در این شهر نباشد یا سخنرانی نکند، «این قدر برچسب تولید نکنید». اگر گروهی قانونی نیست که هیچ؛ اما اگر قانونی است باید بگذاریم فعالیت کند.
روحانی معیار رد صلاحیت و عدم صلاحیت نامزدها را در چارچوب قانون و بر اساس و معیارهای قانونی خواند و گفت: «نباید به هیچ وجه در انتخابات به شایعه‌ها و اتهام‌ها توجه کنیم٬ اتهام‌های افراد باید در دادگاه صالحه ثبت شود و فرد متهم از خود دفاع کند. او با تاکید بر اینکه ما صلاحیت‌سنج نداریم٬ گفت: “طبق قانون و معیارهای قانونی باید با مسئله صلاحیت‌ها برخورد شود.»
روحانی اظهار کرد باید صندوق‌های پلاستیکی شفاف در مقابل مردم قرارداده شود تا همه داخل آن را ببینند و کسی نگوید یک سوم صندوق‌ها از پیش پر شده است.