شماری از منابع خبری ایران به نقل از علی مطهری، نماينده مجلس گزارش داده بودند که او در دانشگاه فردوسی مشهد گفته «حمايت رهبری از آقای احمدی‌نژاد ريشه فتنه سال ۸۸ بوده است»، اما مطهری می‌گويد چنين جمله‌ای را در سخنرانی‌اش نگفته است.
به گزارش خبرگزاری خانه ملت، مطهری توضيح داده که در دانشگاه فردوسی گفته است: «اين‌که عده‌ای از مدتی قبل از انتخابات سال ۸۸ راه افتادند و گفتند نظر رهبری به آقای احمدی‌نژاد است، باعث شد قشر متدين و ولايی اصرار داشته باشند که ايشان رأی بياورد و افرادی هم که عناد داشتند تلاش کردند که وی رأی نياورد تا رهبری تضعيف شود. در نتيجه جامعه دوقطبی شد و اين امر يکی از عوامل مؤثر در فتنه سال ۸۸ بود.»
«فتنه» که از سال ۱۳۸۸ وارد ادبيات سياسی ايران شد، توصيفی است که مقامات حکومتی و گروه‌های نزديک به آن‌ها در مورد حوادث پس از انتخابات رياست‌جمهوری سال ۸۸ به‌کار میبرند.
مطهری در دانشگاه فردوسی مشهد گفته است: «بنده با اين مسئله مخالفم که می‌گويند فتنه ۸۸ حادثه‌ای بود که از سال‌ها پيش برنامه‌ريزی شده و با کشورهايی نظير آمريکا و انگليس طراحی اين برنامه در ارتباط بوده است، اين‌ها برای من قابل قبول نبوده مگر اين‌که مدرک و دلايل محکم آورده شود.»
به‌گفته اين نماينده مجلس «مسئله سال ۸۸ اعتراضی معمولی بود که به دليل سوءمديريت‌ها منجر به آن وقايع شد و همين سبب استمرار بيش از حد اعتراضات و حوادث ناگوار شد».
علی مطهری افزود: «کسانی که در حصر هستند هشت سال نخست‌وزير و ديگری رياست مجلس را به عهده داشته و ما بايد به آن‌ها اجازه حرف زدن بدهيم تا ببينيم حرف حساب‌شان چيست و چه می‌خواهند و چه می‌شود.»
ميرحسين موسوی، آخرين نخست‌وزير ايران و مهدی کروبی، رئيس مجلس ششم، دو تن از نامزدهای دهمین انتخابات ریاست جمهوری در سال ۸۸ بودند که به نتيجه آن اعتراض داشتند. موسوی و کروبی از بهمن ۱۳۸۹ در حصر خانگی به‌سر میبرند.
به‌گفته مطهری «اين صحيح نيست که ما بگويم در سال ۸۸ هر فردی که اعتراض کرد، فتنه‌گر است و يا اين‌که هر فردی زير نامه‌ای را در سال ۸۸ امضا کرده فتنه‌گر است، نبايد فضا را طوری نمايش دهيم که بگويند در جمهوری اسلامی حق اظهارنظر وجود ندارد و آزادی بيان نيست.»
«فتنه، ابزاری برای حذف رقبای سیاسی»
فعالان سياسی اصلاح‌طلب در ايران می‌گويند که محافظه‌کاران، از حوادث سال ۸۸ به‌عنوان ابزاری برای حذف رقبای خود در عرصه‌های سياسی استفاده می‌کنند.
از جمله در تازه‌ترين رويداد از اين دست، نمايندگان تندروی مجلس ايران به جعفر ميلی منفرد، محمود نيلی احمدآبادی و فخرالدين احمدی دانش آشتيانی، وزیران پيشنهادی علوم به دليل آن‌که آن‌ها را از «فعالان فتنه ۸۸» می‌دانند، رأی اعتماد ندادند و رضا فرجی دانا، وزير پیشین علوم را نيز با اتهامی مشابه، استيضاح و از وزارت علوم برکنار کردند.
علی مطهری چندی پيش در واکنش به اين تصميم نمايندگان مجلس گفته بود: «مجلس در چند ماه اخير و در جريان استيضاح و رأی اعتماد ناخودآگاه در جهت تقويت جريان فتنه ۸۸ گام برداشته است. ما وقتی (چنين افرادی را) حامی فتنه معرفی می‌کنيم، اين سئوال برای مردم ايجاد می‌شود که اين چه فتنه‌ای است که بخشی از انقلابيون و نخبگان طرفدار آن هستند و نکند اين جريان بهره‌ای از حق داشته باشد.»