محمد فرهادی، وزیر پیشنهادی علوم با ۱۹۷ رای موافق در برابر ۲۸ رای مخالف رای اعتماد گرفت. علی مطهری در سخنرانی خود گفته بود، رای به فرهادی، مجلس را به معامله متهم می‌کند.

محمد فرهادی، با ۱۹۷ رای موافق، ۲۸ رای مخالف و ۱۰ رای ممتنع، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری شد. او پس از استیضاح فرجی دانا و ناکامی نیلی احمدآبادی و دانش آشتیانی در جلب رای اعتماد نمایندگان، سومین گزینه پیشنهادی دولت به مجلس بود.

حسن روحانی صبح چهارشنبه ۵ آذر در مجلس گفت این که دکتر فرهادی در هر دو وزارتخانه علوم و بهداشت مسئولیت داشته، نقطه امتیازی است. او فرهادی را فردی معتدل و معتقد به تحول در دانشگاه دانست و افزود: «دانشگاه ما باید از کمیت به کیفیت برسد. دانشگاه ما باید دانشگاه علم، آگاهی، سیاست و نه سکو برای جناح‌های مختلف سیاسی باشد و فرهادی هم به این امر معتقد است که دانشگاه باید آرام باشد.»

روحانی از رسانه‌ها خواست تا رای نیاوردن وزرا را به مسائلی نسبت ندهند که نتیجه‌ آن اهانت به مجلس و نمایندگان باشد.

علی مطهری، نماینده تهران در مقام مخالفت با فرهادی گفته بود اگر مجلس به او رای دهد، معامله‌ای صورت گرفته است. مطهری در توضیح این مخالفت تاکید کرد که مجلس در استیضاح فرجی دانا و رد صلاحیت نیلی و دانش آشتیانی، معیار خود را «همراهی با فتنه» اعلام کرد، اما فرهادی نیز در کارنامه سیاسی خود نامه‌ای را در اعتراض به نحوه برخورد نیروی انتظامی با مردم در سال ۸۸ امضا کرده است.

مطهری نتیجه گرفت که اگر مجلس به فرهادی رای دهد، از موازین اصولگرایی خود عدول کرده است: «دکتر فرهادی سابقه فعالیت در حزب مشارکت را دارد پس این با معیار مجلس جور نیست. رای به فرهادی مجلس را به معامله متهم می‌کند.»

محمد فرهادی، پیش از این در سال‌های ۱۳۶۴ تا ۱۳۶۸ وزیر فرهنگ و آموزش عالی بوده است و در نخستین دولت محمد خاتمی موسوم به «دولت اصلاحات»، تصدی وزارت بهداشت را بر عهده داشت.

محمد فرهادی مدتی نیز به‌عنوان رئیس دانشگاه تهران و قائم مقام جمعیت هلال‌احمر به فعالیت مشغول بوده و هم‌اکنون رئیس جمعیت هلال‌احمر است.

روزنامه اعتماد، روز یکشنبه دوم آذر در گزارشی نوشته بود که اعضای جبهه پایداری، جمعیت ایثارگران انقلاب اسلامی و اعضای فراکسیون اصولگرایان مجلس، در نشستی در باره عملکرد فرهادی در دولت محمد خاتمی و نوع عملکرد او در هلال احمر  با یکدیگر مشورت کرده‌اند.