بسیاری از ساخت و سازهایی که در حریم آثار باستانی ایران صورت می‌گیرد با مجوز مستقیم سازمان میراث فرهنگی است از این رو نمی‌توان از نظر قانونی با آن‌ها مقابله کرد.
به گفته مهدی حجت، بنیان‌گذار سازمان میراث فرهنگی پس از انقلاب و رییس فعلی کمیته ملی بناها و محوطه‌های تاریخی ایران (ایکوموس ایران)، از آن‌جایی که بسیاری از ادارات میراث فرهنگی در استان‌ها از «بضاعت مالی و نیروی انسانی اندکی» برخوردار هستند مجوزهای ساخت و ساز فراوانی در حریم آثار باستانی صادر می‌کنند، و با این کار غیر کارشناسی به این آثار آسیب وارد می‌کنند.
به گزارش خبرگزاری ایلنا، حجت معتقد است به دلیل ضعف سازمان میراث فرهنگی در استان‌هایی مانند فارس و خوزستان مجوز ساخت و ساز کارخانه و واحدهای صنعتی در حریم تپه‌ها و آثار باستانی صادر شده است.
در بسیاری موارد، پرسنل میراث فرهنگی که ممکن است از بضاعت علمی مناسبی نیز برخوردار نباشند به منطقه مورد نظر می‌روند و بعد از انجام بررسی‌های مقدماتی، مجوز را صادر می‌کنند، در حالی که کار کارشناسی و صدور مجوز تنها پس از تحقیقات باستان‌شناسی و کندن زمین میسر است.
او با اشاره به این‌که از ابتدا نباید اجازه این ساخت و ساز‌ها داده شود گفت:«زمانی که به این گونه ساخت و ساز‌ها مجوز داده می شود، آن‌ها در اغلب موارد بیش از آنچه در ابتدا مطرح شده، فعالیت خود را گسترش می‌دهند».
قائم مقام سابق سازمان میراث فرهنگی با ذکر مثالی در مورد احداث یک سیلو در نزدیکی یک اثر تاریخی در خوزستان گفت:« این مجوز از سوی یک کار‌شناس تازه فارغ التحصیل صادر شده بود و علاوه بر آنکه احداث این سیلو با مشکلاتی برای آثار تاریخی همراه بود، دریافت کننده مجوز نیز بیش از آنچه در ابتدا مطرح شده بود، قصد گسترش سیلو را داشت».
براساس قانون هر اقدام عمرانی در کشور قبل از شروع و در زمان مکان یابی باید با هزینه مجری پروژه عمرانی، مورد کارشناسی سازمان میراث فرهنگی قرار گیرد و پیش از گرفتن جواز، انجام هر نوع اقدام عمرانی ممنوع است.
معمای حفاظت از حریم آثار باستانی در ایران
حفاظت از آثار تاریخی و باستانی در ایران با دشواری‌های گوناگونی رو به روست. نه تنها موجودیت خود آثار به دلایل مختلف تهدید می‌شود، بلکه حریم حفاظتی اطراف آن‌ها نیز غالبا مورد دست‌اندازی‌های مختلف قرار می‌گیرد. حریم اطراف یک اثر باستانی یا تاریخی، محدوده‌ای است که برای حفاظت پایدار از آن اثر دارای ضوابط ویژه است و ساخت و ساز در آن با محدودیت‌هایی رو به روست.
با این‌حال وضعیت حریم اکثر آثار باستانی در ایران مشخص نیست و سازمان میراث فرهنگی تا به حال نتوانسته است برای بیشتر بناها و محوطه‌هایی که در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده‌اند، حریم تهیه و تصویب کند.
مطابق آماری که تاپایان سال ۱۳۹۰ خورشیدی ارائه شده است، از میان ۳۰هزار و ۶۷۶ محوطه و اثر تاریخی کشور تنها ۱۸۴۹ اثر، دارای حریم مصوب هستند. به این ترتیب راه برای دست اندازی به حریم حدود ۹۴ درصد از آثار ثبت شده به راحتی هموار است.
این در حالی است که در برخی موارد نیز باستان‌شناسان ایرانی، سازمان میراث فرهنگی را به نادیده گرفتن عمدی میزان اصلی عرصه و حریم آثار باستانی متهم می‌کنند.
در حال حاضر، سازمان میراث فرهنگی ایران قصد دارد پرونده شهر باستانی شوش را برای ثبت به یونسکو ارائه دهد. اما گروه‌های متعددی از باستان‌شناسان و استاید دانشگاه در ایران می‌گویند سازمان میراث فرهنگی میخواهد عرصه ۱۲۰۰ هکتاری شوش را به ۴۰۰ هکتار تقلیل دهد تا راه برای ساخت و ساز در آن باز شود.
گروه‌ها و انجمن‌های غیر دولتی باستان‌شناسی در ایران از دولت و سازمان میراث فرهنگی خواسته‌اند، شوش را با میزان واقعی خود به ثبت جهانی برساند.