فواد حسین، وزیر امور خارجه عراق در دو مصاحبه اخیر خود در مورد جمهوری اسلامی ایران سخنانی ایراد کرد که اعتراض دولت ایران و رسانه‌های حکومتی آن را برانگیخت.
حسین شنبه شب گذشته در گفت‌وگو با شبکه تلویزیونی «دجله» گفت بغداد هیچ مدرکی که ثابت کند اهدافی که ایران در اربیل بمباران کرده مرکز موساد بوده، به‌دست نیاورده است. او گفت:
«ادعای ایران مبنی بر این‌که این کشور پیش از آغاز حمله موشکی، پرونده مربوط به حضور نیروهای اسرائیلی را برای نهاد اطلاعاتی عراق ارسال کرده، ساختگی است و بغداد هیچ پرونده خاصی در این زمینه دریافت نکرده است.»
او همچنین افزود «از این‌که ایران اقلیم کردستان را برای پاسخ به اسرائیل انتخاب کرده است»، تعجب می‌کند.
سعید خطیب‌زاده، سخنگوی وزارت امور خارجه ایران روز یکشنبه در پاسخ به فواد حسین گفت جمهوری اسلامی «بیش از آن‌چه لازم باشد» به عراق در مورد حضور موساد در این کشور اطلاعات داده است. او افزود:
«ما چندین بار و من شخصاً چند بار از همین تریبون هشدار داده‌ام و آن‌چه می‌بینید واکنش به رفتاری بوده که دقیقاً به هدف اصابت کرده است.»
خطیب‌زاده همچنین گفت:
«ما به دوستانمان در عراق توصیه می‌کنیم که مرزها و سرزمین‌هایشان مورد استفاده افراد یاغی علیه کشورهای دوستشان یعنی ایران قرار نگیرد.»
در پی این سخنان، یکشنبه شب ۲۲ خرداد / ۱۲ ژوئن گفت‌وگوی فواد حسین با شبکه تلویزیونی الغد مصر پخش شد و این بار اعتراض رسانه‌های حکومتی ایران را برانگیخت. این رسانه‌ها سخنان دو روز اخیر حسین را «اظهارات غیردوستانه» عنوان کردند.
وزیر امور خارجه عراق در این مصاحبه ضمن اعلام دخالت ایران در امور عراق «چه سیاسی و چه غیرسیاسی»، گفت:
«دخالت در امور عراق، قابل قبول نیست. طرف ایرانی باید این مسئله را درک کند. ما با یکدیگر دوست و همسایه باقی خواهیم ماند و با یکدیگر کار می‌کنیم اما مسئله دخالت‌های ایران، غیرقابل قبول است.»
فواد حسین تأکید کرد که روابط با ایران از «مرحله سکوت» به «مرحله صراحت» رسیده و «روابط با کشورهای حوزه خلیج [فارس] در حال حاضر عالی است و بین عراق و برخی کشورهای حوزه خلیج [فارس] و ایران ارتباط وجود دارد». او افزود:
«تهران حرف‌های جدیدی از بغداد می‌شنود که پیش از این وجود نداشت. به ایرانی‌ها گفتیم که ما نیازمند همکاری مشترک هستیم و به دخالت ایران نیازی نداریم.»
اصلی‌ترین مسئله مورد اختلاف دو کشور حملات توپخانه‌ای سپاه پاسداران به خاک اقلیم کردستان عراق و فعالیت‌های گروه‌های نیابتی ایران در این کشور است.
سپاه پاسداران تاکنون بارها مواضعی در اقلیم کردستان را هدف حملات موشکی خود قرار داده و گفته است که به این نوع حملات ادامه خواهد داد. چهارشنبه گذشته مناطق اطراف کنسولگری جدید آمریکا و امارات متحده عربی در اربیل هدف حمله پهپادی قرار گرفت و رسانه‌های نزدیک به سپاه پاسداران ادعا کردند که «رئیس جوخه‌‌های ترور» موساد در این حمله کشته شده است.
در ۲۲ اسفند / ۱۳ مارس گذشته نیز سپاه پاسداران در یک حمله بی‌سابقه با ۱۲ موشک بالستیک، مناطق اطراف ساختمان کنسولگری آمریکا در اربیل را هدف قرار داد که بر اثر آن دو غیرنظامی مجروح شدند و خسارت‌های مادی زیادی به خانه‌های اطراف وارد شد. به‌دنبال این حمله دولت عراق سفیر ایران در این کشور را احضار کرد و مصطفی الکاظمی، نخست‌وزیر عراق نیز این حمله را «تحولی جدی» و نقض آشکار حاکمیت عراق خواند.
مسرور بارزانی، نخست‌وزیر اقلیم کردستان عراق نیز ۳ خرداد / ۲۴ مه در نشستی در مجمع جهانی اقتصاد داووس گفت حملات ایران به اقلیم کردستان دخالت در امور عراق است.
موضوع بن‌سیاسی در تشکیل دولت جدید عراق نیز به گروه‌های نیابتی ایران در عراق مربوط می‌شود. این گروه‌ها پس از شکست در انتخابات اخیر عراق مدت‌ها به نتایج آن اعتراض کردند و سپس مانع از تشکیل دولت جدید توسط مقتدی صدر، پیروز انتخابات، شدند.
مقتدی صدر در اعتراض به این وضعیت خواهان استعفای دسته‌جمعی نمایندگان جریان خود در پارلمان شد و روز گذشته یکشنبه ۲۲ خرداد / ۱۲ ژوئن محمد الحلبوسی، رئیس پارلمان استعفای این نمایندگان را پذیرفت.
مقتدی صدر همچنین خواستار جدایی حشد الشعبی، گروه شبه‌نظامی مورد حمایت جمهوری اسلامی، از نیروهای مسلح عراق و عدم دخالت این گروه در سیاست، تجارت و اختلاف‌های جناحی شد.
عراق و ایران بر سر بدهی‌های بغداد در واردات گاز ایران نیز اختلاف دارند. وزارت برق عراق پیش از این میزان بدهی این کشور به ایران را یک میلیارد و ۶۴۲ میلیون دلار اعلام کرده بود.
وزارت برق عراق چهارشنبه هفته گذشته با انتشار بیانیه‌ای اعلام کرد که واردات گاز ایران پنج میلیون مترمکعب کاهش داشته است و بر این اساس حجم برق تولیدی نیروگاه‌های عراق نیز کاهش یافته و به‌تبع آن تأمین برق خانه‌ها نیز کم شده است. به همین دلیل شهرهای جنوبی عراق این روزها با مشکل کمبود برق روبه‌رو هستند و در روزهای گذشته اعتراضاتی نیز در خیابان‌های شهرهای جنوبی علیه این وضع برپا شده است.
مدیریت آبی رودخانه‌های مرزی، خشکسالی و بحران ریزگردها نیز از موضوعاتی است که دو کشور بر سر آن‌ها اختلاف نظرهایی دارند.