به گفته ابراهیم رئیسی، رئیس قوه قضاییه، گزارش‌های دریافتی از نمایندگان و بازرسان در مناطق سیل زده به ویژه استان‌های گلستان و خوزستان نشان می‌دهد علت اصلی سیل و تشدید خسارات، انجام نشدن لایروبی رودها بوده است. او وعده داد با عاملان این مساله مطابق قانون رفتار خواهد شد. این اظهارات یک‌شنبه شب و پیش از ترک استان گلستان در فرودگاه گرگان از سوی رئیسی مطرح شده است. او گفته است در زمینه بروز سیل «عوامل اصلی» را شناسایی می‌کنیم: «تا این لحظه اقداماتی هم انجام شده و بر اساس قانون با خاطیان برخورد قاطع، جدی و قانونی خواهیم کرد.» به گفته رئیسی، در قانون مسئولیت هر بخش «به خوبی» تعیین شده و بخش‌هایی مانند وزارت نیرو وظیفه رسوب‌زدایی از رودخانه‌ها را دارند: «در قانون این وظیفه به صراحت آمده و چنانچه کم‌کاری صورت گرفته باشد، اعمال قانون خواهیم کرد.» او از سازمان بازرسی و بخش‌های قضایی خواست که مساله اجرای دقیق قانون در سیل اخیر را بررسی کنند و اجازه ندهند قانون نادیده گرفته شود. سفر رئیسی به استان گلستان اولین سفر استانی او بعد از رسیدن به ریاست قوه قضاییه بود. به گزارش رسانه‌های داخلی او پس از سرکشی به مناطق سیل‌زده و شرکت در شورای قضایی استان، با امام جمعه گرگان نیز دیدار و گفت‌و‌گو کرده است. سیل سراسری در ایران عرصه تازه دعوای سیاسی میان نهادهای نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی از جمله سپاه پاسداران از یک سو و دولت از سوی دیگر شده است. ورود قوه قضاییه به این دعوا با توجه به گفته‌های ابراهیم رئیسی و ذکر نام وزارت نیرو، فشار مضاعفی بر نهادها و سازمان‌های زیر نظر دولت وارد می‌کند. پیش از این علی صالحی، دادستان شیراز نیز خبر از احضار شماری از مقصران احتمالی سیل در این شهر داده و گفته بود جزییات موضوع در آینده اطلاع‌رسانی خواهد شد.