سه وزارت‌خانه اطلاعات، امور خارجه و نفت همراه با بانک مرکزی ایران در بیانیه‌هایی جداگانه از روند بررسی پرونده بابک زنجانی و اقدامات خود در این زمینه خبر دادند.
جمعه ۱۷ دی‌ماه، پایگاه اطلاع‌رسانی وزارت اطلاعات با انتشار گزارشی به اقدامات «پیشگیرانه و عملیاتی» خود درباره پرونده بابک زنجانی پرداخت. بنابر این گزارش، وزارت اطلاعات در بخش پیشگیری به شناسایی عوامل نفوذی در داخل زندان اشاره کرده‌است که «مداخله‌گر و مخل در روند رسیدگی به پرونده» معرفی شده‌اند. این وزارت‌خانه همچنین موفق به ردیابی ۷۰۰ میلیون دلار از دارایی‌های زنجانی در خارج از کشور شده‌است.
پاسخگویی سه وزارت‌خانه و بانک مرکزی درباره پرونده بابک زنجانی پس از جدال لفظی رئیس‌جمهوری ایران و رئیس قوه قضائیه بر سر این موضوع صورت می‌گیرد. حسن روحانی، هشتم دی‌ماه در نشست تخصصی جامعه نظارت و بازرسی دولت به انتقاد از روند بررسی پرونده بابک زنجانی پرداخت و گفت که از ابتدا و برای شفاف‌سازی پیشنهاد انتقال پرونده او به وزارت اطلاعات را داده اما این مسئله عملی نشده‌است.
دوشنبه هفته گذشته صادق آملی لاریجانی، رئیس قوه قضائیه در پاسخ به روحانی دو وزارت‌خانه «اطلاعات» و «امور خارجه» را به کم‌کاری در پرونده بابک زنجانی متهم کرد و گفت که موانع انتقال پرونده به وزارت اطلاعات «برخی وزارتخانه‌ها و افراد» دولتی بوده‌اند. او در عین حال توضیح داد که در سال‌های ۹۲ و ۹۳ بیش از ۳۰ جلسه مشترک بین دادستانی، معاون وزیر اطلاعات، سازمان اطلاعات سپاه و بانک مرکزی درباره پرونده بابک زنجانی تشکیل شده‌است. البته روحانی از این انتقاد کرده‌بود که بابک زنجانی به عنوان متهم هرگز تحویل وزارت اطلاعات نشده‌است.
آملی لاریجانی همچنین با انتقاد از وزارت امور خارجه گفت که «بررسی و ردیابی پول‌هایی که به صورت ارز به زنجانی داده شده» از وظایف این وزارت بوده‌است و باید این کار از طریق دیپلماسی انجام پذیرد. آملی لاریجانی گفته‌بود وزارت خارجه تمام تمرکزش را بر «برجام» قرار داده و از پیگیری پرونده بابک زنجانی غفلت کرده‌است.
در پاسخ به این سخنان، وزارت امور خارجه پنج‌شنبه پنجم دی‌ماه در بیانیه‌ای توضیح داد که تاکنون با قوه قضائیه در تمام موارد کاملاً همکاری کرده‌است و در عین حال، اقدامات بابک زنجانی را «متقلبانه، غیررسمی، زیرزمینی و مخفیانه» توصیف کرد که دستگاه دیپلماسی یک کشور نمی‌تواند به چنان حوزه‌ای ورود پیدا کند، بلکه وزارت اطلاعات مسئول بررسی آن است.
در ادامه توضیحات دستگاه‌های دولتی در مورد پرونده بابک زنجانی، وزارت نفت نیز در بیانیه‌ای جمعه ۱۷ دی‌ماه اقدامات خود را تشریح کرد. بر اساس این پاسخ، وزارت نفت در بیش از ۱۰ مورد نمایندگان خود را برای شناسایی اموال بابک زنجانی به خارج اعزام کرده که «عموماً نیز بی‌نتیجه بوده‌است». این وزارت‌خانه ادعا کرده که تمام اسناد تحویل داده‌شده از سوی قوه قضائیه را پیگیری کرده‌است.
بانک مرکزی ایران آخرین نهاد دولتی است که در بیانیه‌ای اعلام کرد اقدامات متعددی را برای بازپس‌گیری منابع مالی در پرونده بابک زنجانی انجام داده‌است. بر اساس این اعلامیه، بانک مرکزی به چندین کشور از جمله روسیه و ترکیه هیئت‌های کارشناسی خود را اعزام کرده تا ادعاهای بابک زنجانی درباره دارایی‌های خود در بانک‌های این کشورها را بررسی کند.
عوامل نفوذی
روزنامه شرق در گزارشی عوامل نفوذی اشاره‌شده در بیانیه وزارت اطلاعات را همان افرادی معرفی می‌کند که پیشتر اکبر ترکان، مشاور عالی رئیس‌جمهوری ایران آنها را در تلاش برای «حذف فیزیکی» بابک زنجانی توصیف کرده‌بود.
ترکان شهریورماه سال ۱۳۹۴ در گفت‌وگو با روزنامه شرق گفته بود که بابک زنجانی به «مافیای فساد» وصل است و افرادی وابسته به این مافیا در زندان‌ها نفوذ کرده‌اند و شاید برای محافظت از مافیای فساد، بابک زنجانی را در زندان به قتل برسانند.
او گفته بود که «ما یک نقطه از زنجیره فساد را داریم و اگر آنها این یک نقطه را بزنند، همه زنجیره گم‌و‌گور و پولمان گم‌و‌گور می‌شود.»
بابک زنجانی در دولت محمود احمدی‌نژاد و هنگام تلاش‌ها برای دورزدن تحریم‌های بین‌المللی علیه ایران به ثروتی هنگفت دست یافت. او در آخرین ماه‌های ریاست‌جمهوری احمدی‌نژاد به اتهام فساد مالی دستگیر شد و بعدها به همین اتهام به اعدام محکوم شد. دو هفته پیش حکم اعدام او از سوی دادگاه عالی نیز به تأیید رسید. حسن روحانی نیز به انتقاد از تصمیم به اعدام بابک زنجانی پرداخته‌است. بسیاری گفته‌اند که زنده‌بودن او برای بازگرداندن پول‌های گم‌شده اهمیت دارد و فعالان حقوق بشر نیز از صدور حکم اعدام انتقاد کرده‌اند.