تمرکز فعالیت‌های صنعتی آلاینده و سنگین در سواحل خلیج فارس، به ویژه استان خوزستان، و مجهز نبودن این صنایع به تجهیزات تصفیه فاضلاب، تهدیدی بزرگ برای محیط زیست خلیج فارس است.
به گفته محمد باقر نبوی، کارشناس محیط زیست دریایی و معاون سابق سازمان حفاظت محیط زیست، پایش و کنترل این مناطق نیز اکنون به درستی انجام نمی‌شود و پساب و فاضلاب صنایع مختلف بدون تضفیه شدن به طور مستقیم به خلیج فارس راه می‌یابند.
این کارشناس محیط زیست به خبرگزاری کار ایران، ایلنا، گفت:«پیش از این در منطقه خورموسی هر سه ماه یک بار پایش زیست محیطی آلودگی‌ها انجام می‌شد که در حال حاضر آن‌چنان مورد توجه قرار نمی‌گیرد».
او با انتقاد از عدم وجود سیستم‌های تصفیه فاضلاب در اکثر صنایع سنگین مستقر در این منطقه گفت:«باید توجه داشته باشیم که سیستم‌های تصفیه فاضلاب از همان ابتدای تاسیس صنعت ایجاد و پیش بینی شود نه این‌که یک صنعت کار خود را آغاز کند و بعد از سال‌ها آلوده کردن محیط زیست به فکر احداث تصفیه خانه بیافتیم».
سواحل استان خوزستان عمدتا بسترهای گلی است که این بستر‌ها از «خورموسی» تا «بحرکان» ادامه دارد. این مناطق دارای تنوع زیستی فوق‌العاده زیادی است و زیستگاه آبزیان و جاندران مختلف است.
بسترهای گلی اگرچه تنوع زیستی بالایی دارند ولی به همان اندازه قابلیت جذب بیشترین آلودگی را نیز دارا هستند. بسیاری از آلودگی‌ها مانند جیوه و کادمیوم در بسترهای گلی تجمع کرده و مشکلات عدیده‌ای را هم برای محیط طبیعی خود و حتی برای انسان که از ماهی و میگو این سواحل استفاده می‌کند پدید می‌آورد.
به جز فاضلاب و پساب صنایع، ورود فاضلاب شهری به خلیج فارس نیز از دیگر تهدیدهای مهم این محیط زیست دریایی است.