همزمان با انتصاب علی شمخانی به دبيری شورای امنيت ملی ايران، محمدتقی کروبی از موافقت آيت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ايران برای ارجاع پرونده حصر خانگی ميرحسين موسوی، زهرا رهنورد و مهدی کروبی به شورای عالی امنيت ملی خبر داد.
محمدتقی کروبی در صفحه شخصی‌اش در فيس‌بوک نوشته است: “چند هفته پيش در محافل سياسی خبری از ديدار آقای هاشمی با رهبری بيان شد که در آن موضوع پايان دادن به وضعيت حصر و حبس غير قانونی رهبران جنبش سبز مورد توجه رئيس مجمع تشخيص مصلحت قرار گرفته بود.”
وی افزوده است: “در همين راستا شنيده شد که رهبری موافقت خود را با ارجاع اين پرونده به شورای عالی امنيت ملی اعلام کردند تا اين شورا با دبير جديد به موضوع حبس غيرقانونی ورود ماهوی داشته باشد.”
هر چند حصر ميرحسين موسوی و مهدی کروبی به گفته اسماعيل احمدی مقدم، فرمانده نيروی انتظامی با دستور رهبر ايران صورت گرفته است اما محمدباقر قاليباف در جريان تبليغات انتخاباتی يازدهمين دوره انتخابات رياست‌جمهوری اعلام کرد که “موسوی و کروبی با مصوبه شورای عالی امنيت ملی در حصر خانگی به‌سر می‌برند.”
موسوی، رهنورد و کروبی از بهمن ۱۳۸۹ در حصر خانگی به‌سر می‌برند.