پس از آن‌که پلیس آلمان صبح چهارشنبه ۳ مرداد / ۲۴ ژوئیه مرکز اسلامی هامبورگ و نهادهای مرتبط با آن را به اتهام حمایت از فعالیت‌های تروریستی و یهودی‌ستیزی تعطیل کرد، جمهوری اسلامی ایران نیز در تهران هانس اودو موتسل، سفیر آلمان در ایران را به وزارت خارجه احضار کرد. براساس بیانیه وزارت امور خارجه ایران، مدیرکل غرب اروپای این وزارتخانه در پی احضار سفیر آلمان اقدام پلیس این کشور را «خصمانه و مغایر با اصول بنیادین حقوق بشر»، توصیف و مراتب اعتراض شدید جمهوری اسلامی را به او ابلاغ کرد. این مقام وزارت خارجه ایران همچنین گفت مرکز اسلامی‌ هامبورگ «در تبیین آموزه‌های دینی اسلام، ترویج اصل گفت‌وگو و بردباری مذهبی و نیز مقابله با افراطی‌گری»، «خدمات ارزشمند و فراموش‌نشدنی» کرده است و بستن آن «مصداق بارز اسلام‌ستیزی و مقابله با آموزه‌های ادیان ابراهیمی» و روی دیگری از «دیکتاتوری» است. او همچنین مدعی شد که طرفداران خشونت به مرکز اسلامی هامبورگ «اتهامات بی‌پایه» زده‌اند و اقدام پلیس آلمان «مقابله با آزادی فکر و بیان» و «ترویج خشونت و افراط‌گرایی» است. وزارت کشور آلمان فعالیت مرکز اسلامی هامبورگ و پنج نهاد زیرمجموعه آن را به‌دلیل آن‌چه یهودی‌ستیزی و تبلیغ خصومت گسترده علیه اسرائیل و گسترش ایدئولوژی اسلام‌گرایی توتالیتر نامید، ممنوع کرد. دفتر حفاظت از قانون اساسی هامبورگ از سال ۱۹۹۳ بر این مرکز نظارت دارد و آن را به‌عنوان یک مرکز اسلامیست طبقه‌بندی کرده است.