علی باقری کنی، سرپرست وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی که پیش از مرگ حسین امیرعبداللهیان، مذاکره‌کننده ارشد جمهوری اسلامی در پرونده هسته‌ای بود، روز چهارشنبه ۹ خرداد خبرها در مورد مسئولیت علی شمخانی در پرونده هسته‌ای را رد کرد. در روزهای گذشته برخی خبرنگاران داخلی از تغییر مسئول پرونده هسته‌ای از اسفند گذشته خبر داده بودند. علی باقری کنی اما می‌گوید پرونده هسته‌ای و فعالیت‌های ایران در این زمینه «در چارچوب تدابیر نظام زیر نظر شورای عالی امنیت ملی» است. باقری کنی همچنین گفت که مذاکرات غیرمستقیم و تبادل پیام میان ایران و آمریکا «مانند گذشته ادامه دارد و هیچ وقفه‌ای در این مسیر صورت نگرفته است.» سرپرست وزارت خارجه همچنین در پاسخ به این سوال که «آیا در جریان سفر اخیر با وزیر خارجه عمان درخصوص مذاکرات هسته‌ای بحث و رایزنی صورت گرفته، گفت: «ما در موضوعات مختلف منطقه‌ای و بین‌المللی از جمله موضوع غزه و جنایات رژیم صهیونیستی در نسل‌کشی مردم این منطقه به‌طور مفصل صحبت کردیم و در موضوعات دیگر هم رایزنی داشتیم.»