در انتخابات ششمین دوره مجلس خبرگان که اسفندماه گذشته برگزار شد، شورای نگهبان از جمله حسن روحانی، رئیس جمهوری پیشین ایران را ردصلاحیت کرد و او نتوانست در این انتخابات کاندیدا شود. پس از آن چند نامه بین او و شورای نگهبان ردوبدل شد. حسن روحانی در آخرین نامه خود که دوشنبه ۲۴ اردیبهشت منتشر شده فاش کرده که شورای نگهبان در «نامه محرمانه» خود به چهار دلیل او را ردصلاحیت کرده است: «اهانت به قوه قضائیه و شورای نگهبان»، «عدم بینش سیاسی»، «عدم التزام به قانون اساسی» و «تعرض به اعتقادات اصیل دینی». روحانی نامه شورای نگهبان را «اقدام خلاف قانون اساسی» و «کیفرخواستی علیه نهاد ریاست‌ جمهوری» خوانده و گفته است این نامه ثابت می‌کند «عالی‌ترین مقام منتخب» (رئیس جمهوری) «حتی در حد یک شهروند هم از حق آزادی بیان برخوردار نیست». او افزوده است: «رؤسای‌ جمهور آینده (اگر چنین مقام و نهادی باقی بماند) باید بدانند که با این کیفرخواست دیگر حتی آن‌ها آزادی سیاسی ندارند و قادر به انجام وظایف قانونی خود نیستند و به‌ جای قانون اساسی باید تابع شورای نگهبان باشند.» در حالی‌که شورای نگهبان منصوب رهبر جمهوری اسلامی است، حسن روحانی خطاب به اعضای این شورا نوشته است: «شما که نامزدها را به عدم شناخت مردم متهم می‌کنید چند بار و در کدام انتخابات رقابتی خود را در معرض رأی ملت قرار داده‌اید؟» حسن روحانی ضمن پاسخ تفصیلی به اتهامات شورای نگهبان و این‌که او به مسئولیت خود عمل کرده و نامه شورای نگهبان «تهی از هرگونه شاهد و مستند و آکنده از ابهام و اتهام» است، دوره‌ ششم مجلس خبرگان را «دوره‌ای مهم و سرنوشت‌ساز» خوانده و افزوده است حضور او و افرادی همچون او در این دوره مجلس خبرگان «از نظر فقهای شورای نگهبان نگران‌کننده است». اشاره تلویحی روحانی به احتمال گزینش رهبر آینده جمهوری اسلامی در این دوره از مجلس خبرگان است. حسن روحانی در همین حال گفته است که به شورای نگهبان و جایگاه آن احترام می‌گذارد اما به عملکرد این شورا «در نحوه اعمال نظارت استصوابی و دیدگاه‌ها و سخنان برخی از اعضای» آن انتقاد داشته و دارد. رئیس جمهوری پیشین ایران کاهش بی‌سابقه مشارکت مردم در انتخابات اخیر را به گردن شورای نگهبان انداخته و از این شورا خواسته است تا سهم خود را در این کاهش مشارکت اعلام کند.