علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی سرانجام پس از سه ماه که از مسموم‌سازی و حملات شیمیایی به مدارس دخترانه در شهرهای مختلف می‌گذرد به آن واکنش نشان داد. خامنه‌ای روز دوشنبه ۱۵ اسفند در حاشیه مراسم درختکاری در محل زندگی‌اش گفت که از نظر او افرادی در این حملات دست دارند و نهادهای امنیتی باید آن‌ها را دستگیر کنند و به اشد مجازات برسانند: «اگر واقعاً دست‌هایی در کار باشد و افرادی، گروه‌هایی، در این زمینه دخالت داشته باشند، این جنایتِ بزرگ و غیرقابل اغماضی است. بلاشک کسانی دست دارند؛ به یک نحوی حتماً کسانی دست دارند ــ بایستی دستگاه‌های مسئول، دستگاه‌های اطلاعاتی، دستگاه‌های انتظامی دنبال کنند و سررشته‌ی این جنایت را پیدا کنند، هم عاملین را، هم مسببین را و این‌ها بایستی به اشد مجازات محکوم بشوند و درباره‌ی این‌ها اشد مجازات بایستی اجرا بشود؛ چون این یک جنایت کوچکی نیست.» خامنه‌ای در ادامه گفت هیچ‌گونه عفوی برای افرادی که در این ماجرا دست دارند در کار نخواهد بود. تاکنون شواهدی در مورد رابطه گروه‌های مذهبی نزدیک به حکومت و نقش آن‌ها در حمله شیمیایی به مدارس دخترانه منتشر شده است. از جمله گروهی در قم به اسم «فداییان ولایت» که در اطلاعیه‌ای مسئولیت حملات را برعهده گرفت. با این حال وزیر آموزش و پرورش و وزیر کشور دولت ابراهیم رئیسی در هفته‌های گذشته بارها تأکید کرده‌اند که شواهدی مبنی بر دست‌داشتن فرد یا گروهی در این حملات در دست ندارند. وزیر آموزش و پرورش هم تأکید دارد که این رویداد نتیجه وحشت و استرس دانش‌آموزان است و عامل خارجی در آن نقش ندارد. اما اظهارنظر خامنه‌ای تنها واکنش دیرهنگام مقام‌های ارشد جمهوری اسلامی در روز دوشنبه نبود. ساعتی پس از سخنان خامنه‌ای، غلامحسین محسنی اژه‌ای، رئیس قوه قضائیه جمهوری اسلامی هم گفت حمله به مدارس دخترانه و مسموم کردن دانش‌آموزان «از مصادیق روشن افساد فی‌الارض است؛ چنانچه عوامل این اقدام، مشخص، شناسایی و دستگیر شوند، بدون تردید مفسد فی الارض هستند و دستگاه قضایی به پرونده آن‌ها به‌صورت خارج از نوبت و ویژه رسیدگی خواهد کرد». این اظهارات اژه‌ای در حالی است که او روز یکشنبه از دادگستری‌های سراسر کشور خواسته بود که افراد معترض به مسموم‌سازی دختران دانش‌آموز را به‌عنوان «التهاب‌آفرین و دروغ‌پراکن» دستگیر و محاکمه کنند.