علی مطهری، نایب رئیس مجلس دهم و کاندیدای ریاست جمهوری در انتخابات دوره سیزدهم که توسط شورای نگهبان رد صلاحیت شد درباره سخنان علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی که گفته بود «به برخی کسانی که صلاحیت‌شان احراز نشد، جفا شد» و «مطالبه من این است که دستگاه‌های مسئول جبران کنند»، گفت: «این اشاره رهبری به جبران، به هیچ وجه حکم حکومتی محسوب نمی‌شد بلکه مقصود ایشان این بود که از خانواده آقای لاریجانی اعاده حیثیت شود و به نوعی از ایشان و خانواده‌شان دلجویی شود.» او افزود: «از نگاه من نظر رهبر انقلاب با شورای نگهبان درباره عدم احراز صلاحیت آقای لاریجانی یکی بود.» به‌گفته مطهری در غیر این صورت با اشاره خامنه‌ای شورای نگهبان علی لاریجانی را تأیید صلاحیت می‌کرد. مطهری گفت: «[خامنه‌ای] در سخنرانی برای نمایندگان مجلس هم گفتند شورای نگهبان همان کاری را که باید می‌کرد انجام داد.» علی لاریجانی، از خرداد ۱۳۸۷ تا خرداد ۱۳۹۹ پنجمین رئیس مجلس شورای اسلامی بود اما شورای نگهبان صلاحیت او را برای انتخابات ریاست جمهوری سیزدهم قبول نکرد. علی مطهری درباره این‌که چرا با وجود آن‌کخ رد صلاحیت شده بود در انتخابات شرکت کرد، گفت: «برای دفاع از اصل نظام رأی دادیم.»