محمد موسوی خوئینیها، دبیرکل مجمع روحانیون مبارز، نامه‌ای در تحلیل پایین آمدن نرخ مشارکت در انتخابات نوشته و با اشاره به این موضوع که «گفته می‌شود» یکی از علل عدم مشارکت رفتار ناصواب نهادهای مسئول و غیرمسئول و دخالت‌های ناروای آنان در تمام مراحل انتخابات است، از همگان دعوت کرده به همین علت در انتخابات مشارکت فعال داشته باشند. به گفته او «زمان آن است که تمام احزاب و گروه‌ها و فعالان سیاسی از هر قشر و جناحی در انتخابات حضوری فعال داشته باشند.»
سیدمحمد موسوی خوئینیها، دبیرکل مجمع روحانیون مبارز
در این نامه که سه‌شنبه اول مهر/۲۲ سپتامبر منتشر شده، محمد موسوی خوئینیها دلیل نگارش آن را اینچنین بیان کرده است:
«شنیده می‌شود بعضی از فعالان سیاسی در اصلِ مشارکت فعال در این انتخابات تردید دارند و برخی نیز تصمیم بر عدم مشارکت گرفته‌اند.»
محمد موسوی خوئینیها نوشته باید در انتخابات مشارکت فعال داشت تا هرچه بیشتر رفتارهای به گفته او ناصواب و دخالت‌های ناروا آشکار شود. او نوشته:
«اگر دیگران مرتکب رفتارهای ناصواب و دخالت‌های ناروا شده‌اند، چرا ما صحنه را ترک کنیم؟ آیا عرصه را ترک می‌کنید تا معلوم نشود که آنان چه بر سر انتخابات می‌آورند؟ هرگز چنین گمانی به شما گرامیان نمی‌رود. پس در انتخابات شرکت کنید تا به إِحْدَی الحُسْنَیَیْن دست یابید: یا پیروزی، یا افشای بیشتر چهرهٔ کسانی که انتخابات را به بازی گرفته‌اند.»
موسوی خوئینیها ادامه نامه بلند خود را به پیش‌بینی عده‌ای از دلایل عدم مشارکت در انتخابات اختصاص داده است. او یأس و سرخوردگی از انتخابات و مشکلات ناشی از کاهش شدید درآمدها و افزایش بی‌سابقه هزینه‌ها را از جمله دلایل کاهش مشارکت دانسته و نوشته که:
«عده‌ای می‌گویند که بخش عظیمی از هموطنان به پای صندوق‌های رأی نخواهند آمد، هم به علت یأس و سرخوردگی از انتخابات، هم به عللی که به برخی از آن‌ها اشاره کردم و هم به علت مشکلات ناشی از کاهش شدید درآمدها و افزایش بی‌سابقهٔ هزینه‌ها. می‌گویند مردمی که این اوضاع تاب و توانشان را گرفته است انتخابات و صندوق رأی را بازی بزرگان می‌پندارند و در این بازی مشارکت نمی‌کنند.»
موسوی خوئینیها در بخش پایانی نامه خود نتیجه‌گیری کرده که «زمان آن است که تمام احزاب و گروه‌ها و فعالان سیاسی از هر قشر و جناحی در انتخابات حضوری فعال داشته باشند.» او گفته که اگر انتخابات آزاد برگزار شود، «پیروزی یک جناح و شکست جناح دیگر هیچ خطری برای کشور و ملت و جمهوری اسلامی ندارد.»
موسوی خوئینیها از جمله چهره‌ها و سیاستمداران شاخص جمهوری اسلامی به‌خصوص در دهه اول آن و زمان رهبری روح‌الله خمینی است. او در سال ۱۳۶۸ مرکز تحقیقات استراتژیک مجمع تشخیص مصلحت نظام را تأسیس کرد. در سال ۱۳۶۹ در حالی که نماینده دوره اول مجلس خبرگان رهبری بود، همراه عده زیاد دیگری از اعضای مجمع روحانیون مبارز برای نمایندگی در دوره دوم مجلس خبرگان رهبری رد صلاحیت شد.
نام او اما با روزنامه سلام و نقش او و این روزنامه در پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۷۶ پیوند خورده است.
روزنامه سلام در سال ۱۳۷۸ به دنبال انتشار نامه محرمانه سعید امامی به قربانعلی دری نجف آبادی، وزیر اطلاعات، برای تهدید مطبوعات توقیف شد و موسوی خوئینیها در دادگاه ویژه روحانیت به جرم انتشار اسناد محرمانه کشور به محاکمه کشیده شد.
اعتراض دانشجویان به توقیف روزنامه سلام هم آغازگر حمله به کوی دانشگاه تهران در ۱۸ تیر ۱۳۷۸ و حوادث روزهای پس از آن شد.
در پی استعفای مهدی کروبی در سال ۱۳۸۴ از مجمع روحانیون مبارز، خوئینیها به عنوان دبیر این مجمع برگزیده شد.
محمد موسوی خوئینیها، شنبه هفتم تیرماه ۹۹ هم در نامه‌ای به رهبر جمهوری اسلامی ضمن دعا برای «دوام عمر و سلامتی آن حضرت»، به مشکلات اقتصادی مردم اشاره کرد و نوشت «اوضاع غیرقابل دوام امروز» محصول «شیوه مدیریت در بالاترین سطح» است.
در همین زمینه:
جناب اقای خوئینی ها برای اقناع مردم و ترغیب انان به شرکت در انتخابات تنها چیزی که میتواند اثر گذار باشد . حس اعتماد عمومی است. وقتی مردم در انتخاب فردی که همین سه سال پیش به او برای تغییرات اساسی رای دادند و او مثل نقل و نبات دروغ تحویل مردم میدهد انتظار دارید که مردم باز هم ازمون دیگری را انجام دهند. “آزموده را آزمودن خطاست.”
محسن / 24 September 2020