شورای حاکمیتی سودان اعلام کرد عمر البشیر، رئیس جمهوری مخلوع را برای پاسخگویی در برابر جنایات جنگی در دارفور به دیوان کیفری بین‌المللی لاهه تحویل می‌دهد. دادگاه بین‌المللی لاهه ۴ فوریه ۲۰۰۹ حکم بازداشت عمر البشیر را به اتهام ارتکاب «جنایات جنگی و جنایت علیه بشریت» در جنگ دارفور صادر کرد. توافق بر سر استرداد عمر البشر به دادگاه لاهه در مذاکرات بین شورای حاکمیتی سودان با ائتلاف «الجبهة الثوریه السودانیه» که به مذاکرات «جوبا» مشهور است حاصل شد. مقر اصلی الجبهه الثوریه در دارفور است. در سال ۲۰۰۳ نیروهای تحت امر عمر البشیر برای سرکوب اعتراضات به رهبری الجبهه الثوریه وارد دارفور شدند و نزدیک به ۳۰۰ هزار نفر را به قتل رساندند و دو میلیون و ۷۰۰ هزار نفر را نیز آواره کردند. محمد حسین التعایشی، رئیس شورای حاکمیتی سودان گفت «جز با پرداختن به ریشه‌های بحران، صلح در سودان برقرار نمی‌شود و باید با تحقق عدالت، خسارات و زیان قربانیان جبران شود.» سودان بر اساس قطعنامه ۱۵۹۳ ملزم به همکاری با دادگاه شورای امنیت است. بر اساس قطعنامه ۱۵۹۳ متهمان به جنایات جنگی در دارفور سودان باید در دادگاه کیفری بین‌المللی در لاهه محاکمه شوند. یکی دیگر از موضوعاتی که در مذاکرات جوبا به بحث گذاشته می‌شود حقوق قبایل در تملک اراضی است. در این زمینه هنوز توافق به دست نیامده است.