دیوارِ ضلع جنوبی آرامگاه «یعقوب لیث صفاری» در حین انجام عملیات مرمت و ساماندهی آرامگاه تخریب شده است. مهدی شیربُتی، پیمانکار جدید مرمت و ساماندهی آرامگاه یعقوب لیث صفاری گفته «اتفاق اشتباهی بود که باعث ناظر پروژه تعویض شود» اما مدیر پایگاه میراث فرهنگی و گردشگری جندی شاپور و ایوان کرخه گفته این دیوار الحاقی بود و باید در روند مرمت برداشته می‌شد.

در تصاویر منتشر شده از تخریب دیوار ضلع جنوبی آرامگاه یعقوب لیث، بنر کارفرمایی اداره کل میراث فرهنگی استان نصب است

 اسفند سال ۱۳۹۶ یعقوب زلقی، مدیر پایگاه جندی شاپور خبر از مرمت جدی آرامگاه یعقوب لیث صفاری بعد از سال‌ها بی‌توجهی داد. مهدی شیربُتیکه در طول دو سال گذشته، دو فصل مرمت در این بنای تاریخی انجام داده، در گفت‌وگو با ایسنا، هدف از آغاز این مرمت‌ها را در فصل جدید، «اصلاح وضع موجود و تداوم در اقدامات برنامه ریزی شده از گذشته» دانست و گفت که اتفاق اشتباه در تحریب دیوار ضلع جنوبی به عوض شدن ناظر پروژه انجامیده. این کار نخست توسط پیمانکارِ دیگری درحال انجام بود.

در تصاویر منتشر شده از تخریب دیوار ضلع جنوبی آرامگاه یعقوب لیث، بنر کارفرمایی اداره کل میراث فرهنگی استان خوزستان بالای همان دیوار تخریب شده دیده می‌شود.

اما یعقوب زلقی، مدیر پایگاه میراث فرهنگی و گردشگری جندی شاپور و ایوان کرخه درباره تخریب دیوار ضلع جنوبی آرامگاه یعقوب لیث صفاری، روز یکشنبه ۲۰ مرداد، در گفت و گو با ایرنا گفته این بخش از دیوار آرامگاه یعقوب لیث صفاری دارای الحاقاتی بود که در سال‌های نه چندان دور به بنا اضافه شده بودند و باید در روند مرمت برداشته می شدند.

او گفته آجرهای سنتی متناسب با جایگاه تاریخی بنا جایگزین آنها می‌شود.

مدیر پایگاه میراث فرهنگی و گردشگری جندی شاپور و ایوان کرخه گفته فصل سوم مرمت آرامگاه یعقوب لیث صفاری از ابتدای مرداد ماه آغاز شده و تا ۲ ماه دیگر ادامه دارد.

عملیات حفاظتی و مرمتی در نمای ضلع شمالی (ورودی) این بنای تاریخی را از دیگر اقداماتی است که قرار است در این فصل انجام شود.

گفته شده که مرمت قسمت‌های آسیب دیده پشت بام بنا ناشی از بارندگی‌های اخیر، اصلاح ناودان‌ها برای خروجی بهتر آب و توسعه زیرساخت‌های این محوطه مانند آب، برق و ساماندهی منظر محیطی آن از دیگر برنامه‌های در دست اقدام این پایگاه است.

آرامگاه یعقوب لیث صفاری در شهر جندی شاپور در ۱۰ کیلومتری دزفول به شوشتر قرار دارد. در کنار این آرامگاه بازمانده‌های شهر باستانی گندی شاپور دیده می‌شوند.

این آرامگاه اثری برجا مانده از دوره تیموریان است که هشتم دی‎ماه ۱۳۷۸ با شماره ۲۵۵۰ در ردیف آثار ملی ثبت شد.