بر اساس اسنادی که از مخفيگاه بن لادن در پاکستان به‌دست آمده، مناسبات ميان القاعده و حکومت ايران، پرتنش و خصمانه بوده است.
به گزارش رويترز، بر اساس اين اسناد که روز پنج‌شنبه، ۱۴ ارديبهشت (سوم ماه مه) منتشر شد، در سال‌های پس از حادثه ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱، ايران برخی از سران رده بالای گروه القاعده، اعضای رده پايين‌تر اين گروه و همچنين برخی اعضای خانواده بن لادن را بازداشت کرد، هر چند که به‌گفته مقام‌های آمريکايی، اطلاعات دقيقی درباره شرايط حبس آن‌ها در دست نيست.
در مقاطعی، مقام‌های ايران قول آزاد کردن سران القاعده و اعضای خانواده بن لادن را به اين گروه دادند و احتمال دارد که واقعأ هم آن‌ها را آزاد کرده باشند. اما اسناد کشف‌شده نشان می‌دهند که در مقاطعی ديگر، ايران و القاعده هر کدام به تلافی، گروگان‌هايی از طرف مقابل می‌گرفته‌اند.
سرهنگ دوم ليام کالينز که مديريت مرکز مبارزه با تروريسم را در آکادمی نظامی وست پوينت آمريکا بر عهده دارد و از تحليلگران اسناد مکشوفه‌ای است که اين مرکز روز پنج‌شنبه منتشر کرده است، در اين‌باره اظهار داشت: “اين اسناد حاکی از آن است که روابطی کاملأ خصمانه ميان القاعده و ايران حکمفرما بوده است و مذاکرات غيرمستقيمی نيز ميان طرفين بر سر آزاد کردن مجاهدين القاعده و اعضای خانواده آن‌ها که در ايران بازداشت شده بودند، صورت می‌گرفته است.”
مرکز وست پوینت دلایل بازداشت طولانی‌مدت اعضای القاعده در ایران را جلوگیری از حمله این گروه تروریستی به ایران و يا نگه داشتن آنان به‌عنوان برگ‌های برنده برای معاملات بعدی با آمریکا دانسته است
اين اسناد در تضاد با سخنان برخی از منتقدان آمريکايی حکومت ايران قرار دارد که روابط ايران و القاعده را کمتر خصمانه می‌دانند و بر اين باورند که اين دو حتی در مقاطعی همکاری‌هايی نيز با يکديگر داشته‌اند.
حکومت ايران هرگونه همکاری با القاعده را تکذيب می‌کند. مقام‌های ايرانی بارها در بيانيه‌های عمومی خود القاعده را گروهی تروريستی ناميده‌اند و نيروهای امنيتی اين کشور نيز هر از گاهی گزارشی از بازداشت اعضای گروه القاعده منتشر می‌کنند.
مطالعات مرکز وست پوينت نشان می‌دهد که پس از حمله آمريکا در اواخر سال ۲۰۰۱ به پناهگاه‌های القاعده در افغانستان، اين گروه تروريستی ايران را به‌عنوان گزينه دوم برای استقرار در نظر داشته است.
تحقيقات اين مرکز همچنين حاکی از آن است که يکی از دستياران ارشد بن لادن به نام سيف‌العدل در نامه‌هايی سرگشاده اعلام کرده که القاعده در اين زمينه تماس‌هايی با برخی حاميان خود در ايران که وابسته به گلبدين حکمتيار، از رهبران مجاهدين اسلام‌گرای افغانستان بوده‌اند، برقرار کرده بود.
عدل زمانی اين نامه‌ها را نوشته است که بسياری بر اين باور بودند که خود او نيز به مانند برخی اعضای خانواده‌های مجاهدين القاعده در ايران بازداشت شده است.
بر اساس تحليلی که مرکز وست پوينت در اين رابطه منتشر کرده، يکی از دلايل بازداشت طولانی‌مدت اعضای القاعده در ايران می‌تواند جلوگيری از حمله اين گروه تروريستی به ايران باشد. دليل دوم اين است که ايران احتمالأ اعضای القاعده را به‌عنوان برگ‌های برنده‌ای برای معاملات بعدی اين کشور با آمريکا نگه داشته است.