دو مقام پيشين وزارت اطلاعات ايران در دادگاهی در آمريکا گفته‌اند جمهوری اسلامی از حملات ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ اطلاع داشته است.

روزنامه نيويورک‌تايمز، جمعه ۲۰ مه ۲۰۱۱ (۳۰ ارديبهشت ۱۳۹۰) نوشت: «يکی از شاهدان در نامه‌ای به قاضی دادگاه نوشته ايران در سازمان‌دهی حملات ۱۱ سپتامبر مشارکت داشته است.» ايران هنوز به اين اتهام‌ها واکنشی نشان نداده است.

نيويورک‌تايمز افزوده اين دوم مقام امنيتی، چون پيش‌تر در وزارت اطلاعات ايران مشغول به کار بوده‌اند به خاطر موقعيت شغلی‌شان به اسناد محرمانه اين سازمان امنيتی جمهوری اسلامی ايران دسترسی داشته‌اند.

بنا به اين گزارش «در دادخواست ارائه شده به اين دادگاه اعلام شده که ايران و گروه حزب الله لبنان، به القاعده در سازمان‌دهی حملات ۱۱ سپتامبر و آموزش هواپيمارباها کمک کرده‌اند.»

در يکی از مدارک ارائه شده به دادگاه از عماد مغنيه، فرمانده نظامی پيشين حزب‌الله به‌عنوان «عامل تروريستی ايران» نام برده شده که در سال ۲۰۰۰ و برای آماده‌کردن القاعده در خصوص حملات ۱۱ سپتامبر، به عربستان سعودی سفر کرده بود.

يکی از شاهدان در نامه‌ای به قاضی دادگاه نوشته ايران در سازمان‌دهی حملات ۱۱ سپتامبر مشارکت داشته است

عماد مغنيه در فوريه سال ۲۰۰۸ (۲۳ بهمن ۱۳۸۶) در انفجاری در دمشق پايتخت سوريه کشته شد. آمريکا، مغنيه را در فهرست «تروريست‌ها» قرار داده بود.

آمريکا از سال ۲۰۰۱ تاکنون، گروه القاعده به رهبری اسامه بن لادن را به‌عنوان طراح حملات ۱۱ سپتامبر معرفی می‌کرد.

اسامه بن‌لادن، دوشنبه دوم ماه مه ۲۰۱۱ در حمله کماندوهای ويژه آمريکا به محل سکونت وی در ابيت‌‌آباد پاکستان کشته شد.

باراک اوباما ششم فوريه ۲۰۱۱ (۱۶ ارديبهشت ۹۰) در ديدار با کماندوهايی که در حمله به اسامه بن‌لادن، رهبر القاعده حضور داشتند، گفت: «ما سر آنان (القاعده) را جدا کرديم و سرانجام آن‌ها را شکست می دهيم.»

به گفته اوباما، حمله به رهبر القاعده يکی از مهم‌ترين مأموريت‌های نظامی آمريکا بود.

شماری از مقامات حکومت ايران همواره از اسامه بن‌لادن به‌عنوان «دست‌نشانده» آمريکا نام می‌برند و می‌گويند حملات ۱۱ سپتامبر از سوی دولت آمريکا طراحی شده است.

محمود احمدی‌نژاد، رئيس‌جمهوری ايران سال گذشته در سخنانی جنجالی در سازمان ملل، گفت سه نظر درباره حملات ۱۱ سپتامبر وجود دارد.

محمود احمدی‌نژاد درباره نظر اول گفت: «يک گروه تروريستی بسيار قدرتمند و پيچيده که از همه لايه‌های امنيتی و اطلاعاتی آمريکا عبور کرده است، عامل اين حمله‌ها بوده است.»

رئيس‌جمهور ايران درباره نظر دوم گفت: «حملات ۱۱ سپتامبر توسط بخش‌هايی از دولت آمريکا و برای ايجاد تغيير در روند نزول اقتصاد آمريکا و سيطره بر خاورميانه و همچنين نجات رژيم صهيونيستی انجام شده است.»

وی افزود:‌ «نظر سوم اين است که اين حمله‌ها توسط يک گروه تروريستی انجام شده است، ليکن دولت وقت آمريکا از آن پشتيبانی و بهره‌برداری کرده است.»

با اين اظهارات احمدی‌نژاد، هيأت آمريکايی و چند هيأت ار.ژايی به نشانه اعتراض سالن سخنرانی را ترک کردند.

هيأت آمريکايی اين سخنان احمدی‌نژ‌اد را «نفرت‌انگيز و متوهمانه» توصيف کرد.