شبکه شرق روز یکشنبه سوم تیر/۲۳ ژوئن به نقل از حسین تاج، وکیل دادگستری از تشکیل پرونده جدید علیه مریم اکبری منفرد خبر داد. بر مبنای این خبر «ستاد اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی» (ستاد اجرای فرمان امام) علیه مریم اکبری منفرد که در ۱۴ سال گذشته حتی یک روز مرخصی نداشته، در دادگاه انقلاب علیه این زندانی و به قصد توقیف اموال او و بستگانش پرونده تشکیل داده است.
ستاد اجرای فرمان امام به صورت مستقیم زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی اداره می‌شود و یکی از بزرگ‌ترین هلدینگ‌های ایران و بازوی اقتصادی و اجرایی ولایت فقیه محسوب می‌شود.
حسین تاج در مصاحبه با شرق گفت:
مهر ماه سال جاری، ۱۵ سال حبس خانم اکبری منفرد در پرونده اول به پایان می‌رسد. او در این مدت حتی یک روز هم به مرخصی اعزام نشده است. خانم اکبری منفرد همچنین به دو سال حبس بابت پرونده دیگری محکوم شده است. اخیراً هم پرونده جدیدی علیه او تشکیل شده که مبنای آن، درخواست ستاد پیگیری و نظارت پرونده‌های موضوع اصل ۴۹ قانون اساسی است.
او افزود:
در ادعای مطروحه از سوی این ستاد، مطالبی به خانواده خانم اکبری منفرد و بستگان او نسبت داده شده است. و این ستاد درخواست توقیف و تملک اموال خانواده اکبری منفرد و بستگان او به سود «ستاد اجرای فرمان امام» را داده است. این پرونده به شعبه ۶ دادگاه انقلاب ارجاع شده، این شعبه مخصوص رسیدگی به موارد مربوط به اصل ۴۹ قانون اساسی است. هنوز زمان رسیدگی به این پرونده مشخص نشده و صرفاً برای مردادماه، وقت نظارت تعیین شده است.
این وکیل دادگستری در با اشاره به اصل فقهی و حقوقی «شخصی‌بودن جرائم و مجازات‌ها» ابراز امیدواری کرد که حکومت جمهوری اسلامی اموال بستگان مریم اکبری منفرد را تصرف نکند. حسین تاج گفت: «اصل شخصی بودن جرائم و مجازات‌ها که هم در فقه و شرع به رسمیت شناخته شده و هم در حقوق بین‌الملل و قانون مجازات ایران، تأکید دارد که مجازات صرفا باید به فرد وارد شود و نزدیکان او را شامل نشود. به همین دلیل، امیدواریم شعبه محترم، موارد مطروحه از سوی ستاد پیگیری و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی را نپذیرد و حتی وارد رسیدگی به پرونده نشود.»
مریم اکبری منفرد، زندانی سیاسی ۹ دی ۱۳۸۸ در جریان تظاهرات مردمی دی ماه ۱۳۸۸ که با عنوان «عاشورای ۸۸» هم شناخته می‌شود، توسط مأموران امنیتی بازداشت شد. پنج ماه شعبه ۱۵ دادگاه انقلاب تهران به ریاست ابوالقاسم صلواتی، او را بابت اتهام «محاربه از طریق عضویت در سازمان مجاهدین خلق ایران» به ۱۵ سال حبس تعزیری محکوم کرد. این زندانی سیاسی همواره اتهام مذکور را رد کرده است.
دستگاه قضایی و امنیتی جمهوری اسلامی در یک روال غیرقانونی و غیرانسانی اجازه حتی یک روز مرخصی را در بیش از ۱۴ سال گذشته به او نداده و او نزدیک به ۱۵ سال است که در حبس مدوام به‌سر می‌برد.
بر اساس گزارش‌های منتشر شده از سوی منابع حقوق بشری، اکبری منفرد ۹ ماه از دوران حبس خود را در سلول‌های انفرادی بازداشتگاه وزارت اطلاعات در زندان اوین موسوم به «بند ۲۰۹» گذرانده است. این زندانی سیاسی پنج سال پیش با انتشار نامه‌ای سرگشاده از زندان، خانواده‌های قربانیان اعدام‌های دهه ۶۰ را برای دادخواهی فراخواند و خودش هم شکواییه‌ای را تسلیم دستگاه قضایی جمهوری اسلامی کرد و در آن خواهان «تحقیق پیرامون موضوع اعدام غیرقانونی خواهر و برادر خود» شد. یک خواهر و سه برادر مریم اکبری منفرد در سال ۱۳۶۷ در جریان اعدام دسته‌جمعی اعضای سازمان مجاهدین خلق و دیگر زندانیان سیاسی چپ‌گرا، اعدام یا زیر شکنجه کشته شده‌اند.
او از اسفند ۱۳۹۹ به زندان سمنان، دور از محل زندگی خانواده‌اش تبعید شده است.
دوشنبه ۲۸ اسفند ۱۴۰۲، ۶۴ تن از زندانیان سیاسی فعلی و سابق و فعالان زن در نامه‌ای سرگشاده خواستار آزادی فوری مریم اکبری منفرد شدند. مریم اکبری منفرد بیش از ۱۴ است که بدون مرخصی در حبس است. نویسندگان نامه از اکبری منفرد به عنوان «یکی از قدیمی‌ترین زنان زندانی سیاسی ایران» و بازمانده خانواده‌ای «که به‌عنوان کوچک‌ترین عضو آن از سنین کودکی شاهد زندان، شکنجه و اعدام اعضای خانواده خود بوده است» یاد کرده‌اند.