دولت جمهوری اسلامی ایران بالغ بر ۱۵۷ هزار میلیارد تومان به صندوق توسعه ملی بدهکار است اما به گفته مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی، در اسناد خزانه، تنها ۵۹ هزار میلیارد تومان بدهی دولت به صندوق ثبت شده است. گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس در باره بدهی دولت و شرکت‌های دولتی علت اختلاف ۹۸ هزار میلیارد تومانی بر سر بدهی دولت به توسعه ملی را «تفاوت نرخ تسعیر ارز» عنوان کرده است. این گزارش می‌گوید دولت در سال ۱۴۰۰، ۶۴ هزار میلیارد تومان از منابع صندوق توسعه ملی برداشت کرده است. میزان برداشت دولت از صندوق توسعه ملی در سال ۱۴۰۱ هنوز نامشخص است. گزارش مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی بدهی دولت و شرکت‌های دولتی در سال ۱۴۰۰ را ۲۸۳۱ هزار میلیارد تومان اعلام کرد. به گفته کارشناسان این مرکز، مبلغ فوق بخش زیادی از بدهی دولت به صندوق توسعه ملی را شامل می‌شود. دولت موظف است سالانه بخشی از درآمد نفت را به صورت مستقیم به صندوق توسعه ملی بپردازد. دولت اما برای جبران کسری بودجه سالانه، با مجوز رهبر جمهوری اسلامی کسر بزرگی از این تعهد را عملی نمی‌کند.