محمود احمدی‌نژاد به دلیل آنچه که خود تخلفات عدیده دستگاه قضا در مورد پرونده حمید بقایی عنوان کرده، از قوه قضاییه به کمیسیون اصل ۹۰ مجلس شکایت کرد. در این شکواییه «تخلفات عدیده در ارتباط با پرونده حمید بقایی» در ۲۲ بند تنظیم و از کمیسیون اصل ۹۰ خواسته شده تا با استناد به اصول قانون اساسی، به این پرونده و تخلفات احتمالی قوه قضاییه رسیدگی شود. کانال تلگرام خبرآنلاین اما خبر انتشار این شکواییه را با تیتر «رفاقت‌بازی احمدی‌نژاد به کمیسیون اصل ۹۰ کشید» پوشش داده است. در بخشی از نامه محمود احمدی‌نژاد به کمیسیون اصل ۹۰ در شکایت از قوه قضاییه آمده است: «انجام تبلیغات یک سویه و غیر‌مرتبط با پرونده، پخش کلیپ‌هاى نمایشى بدون ربط با محتواى پرونده به منظور انحراف افکار عمومى از حقایق و هتک حیثیت اشخاص بدون امکان دفاع، پاسخ و توضیح از دیگر تخلفات قوه قضاییه و مغایر با اصل ۳۹ قانون اساسی است که مقرر می‌دارد هتک حرمت و حیثیت کسی که دستگیر و بازداشت شده، به هر صورت ممنوع و موجب مجازات است. اگر قوه قضاییه دادگاه علنى را برگزار کند، نیازى به تبلیغات انحرافی و اجرای نمایش‌هاى خلاف قانون نیست.» در ادامه این نامه نیز آمده است: «محدودیت در ملاقات با وکیل و خانواده در چارچوب حقوق محکومین یک تخلف آشکار است.» موارد مورد اشاره احمدی‌نژاد مورد اعتراض بسیاری از زندانیان سیاسی و خانواده‌های آنان در دوران ریاست جمهوری خود او بود اما او هرگز واکنشی به این اعتراض‌ها نشان نداد. همچنین شخص او به دلیل طرح اتهام درباره دیگران در رسانه‌های مختلف بدون دادن فرصت پاسخگویی به این اتهام‌ها، همواره مورد انتقاد مخالفان و منتقدان دولتش قرار داشت.