روز ۱۱ فروردین ۱۳۶۲ اکبر هاشمی رفسنجانی در روزنوشت‌هایش آورده که مسئول پرونده حزب توده در اطلاعات سپاه به همراه بازجوهای سران حزب توده به ملاقاتش آمده‌اند و گفته‌اند که بر اساس بازجویی‌هایی که کرده‌اند کودتایی قریب‌الوقوع در پیش است:
آقای علی شمخانی و بازجوهای سران حزب توده آمدند و گفتند که سران حزب به حقایق خطرناکی اعتراف کرده و از توطئه مشترک دو ابرقدرت و ارتجاع پرده برداشته‌اند و اسامی فراوانی از عوامل نفوذی و عوامل خود داده‌اند. فکر کردیم لازم است امام را در جریان بگذاریم. به دفتر امام رفتیم … امام توطئه مشترک را بعید دانستند ولی توطئه عوامل روسی را محتمل دانستند … امام نگران هستند که نهادهای انقلاب با تندروی در این مسئله باعث دورتر شدن دولت‌ها و قدرت‌ها از ایران بشوند و در جنگ آسیب ببینیم.
مسئول پرونده حزب توده همان کسی است که در روز اول خرداد ۱۴۰۲ از سمت دبیری شورای عالی امنیت ملی کنار گذاشته شد.
در همان دیدار علی شمخانی خبر درگذشت تقی کی‌منش، عضو هیات سیاسی کمیته مرکزی حزب توده را به رفسنجانی می‌دهد و دلیل آن را «سکته قلبی» اعلام می‌کند؛ هر چند به شهادت دیگر اعضای زندانی حزب توده، کی‌منش بر اثر شدت شکنجه‌ها کشته شد.
کسی که کلید امنیت‌خانه سپاه را در دست خامنه‌ای گذاشت
شمخانی در روز ۱۷ بهمن ۱۳۶۱ که یورش به حزب توده آغاز شد و سران این حزب دستگیر شدند از چهره‌ای کمتر شناخته‌شده در واحد اطلاعاتی نوپای سپاه پاسداران به مرکز قدرت پرتاب شد و مسئولیت یکی از امنیتی‌ترین پرونده‌های سرکوب سیاسی مخالفان و منتقدان جمهوری اسلامی را به دست گرفت. او زمانی که مسئولیت پرونده برخورد جمهوری اسلامی با حزب توده ایران را به دست گرفت تنها ۲۷ سال داشت.
بعد از آنکه شمخانی به رفسنجانی و سران نظام گفت که کودتایی در کار است، ترتیبات گسترده‌ای برای خنثی کردن این کودتا آغاز شد. چندین محل بازرسی شد تا اسلحه و وسایل ارتباطی کودتا کشف شود و افرادی که ظن اجرای این کودتا به آن‌ها می‌رفت دستگیر شدند. طرفه اینکه هیچ خبری از کودتا نبود و این داستان خیالی را شمخانی احتمالاً به نیابت از بخش‌های دیگری از سران حکومت ساخته و پرداخته بود تا تلاش‌ها برای مختومه کردن یا کم‌کردن فشار بر حزب توده خنثی شود.
اما ماجرای دیگری هم‌زمان با مطرح شدن پرونده حزب توده در نظام جمهوری اسلامی رخ داده بود که احتمالاً بر هر دم بزرگ‌تر شدن این پرونده بی‌تأثیر نبود. در نیمه دوم سال ۱۳۶۱، دولت لایحه تأسیس وزارت اطلاعات را تدوین می‌کرد؛ لایحه‌ای که قرار بود سیستم امنیتی جمهوری اسلامی را به صورت رسمی شکل دهد و کنترل امور امنیتی را از دست نهادهای پراکنده و کانون‌های قدرت مانند کمیته‌ها، سپاه، نخست‌وزیری و دیگر بخش‌های قدرت خارج و در یک وزارتخانه تجمیع کند. سپاه پاسداران مخالف نسبتاً قدرتمند واگذاری بخش امنیت داخلی‌اش به وزارتخانه‌ای در دل دولت بود.
دستگیری سران حزب توده، اعلام کودتا و هر چه بزرگ‌تر شدن این پرونده به واحد اطلاعات سپاه پاسداران این توان را می‌داد تا در چانه‌زنی با سران حکومت، لزوم وجود این نهاد موازی برای برخورد با فعالیت‌های سیاسی داخلی را تثبیت کنند.
زمانی که شمخانی مسئولیت پرونده برخورد جمهوری اسلامی با حزب توده ایران را به دست گرفت تنها ۲۷ سال داشت.
گرچه بعدتر مشخص شد که کودتایی که شمخانی آن را با آب‌وتاب به گوش خمینی و دیگر سران جمهوری اسلامی رسانده، اعتراف اجباری سران حزب توده با فشار بازجوهای و مسئول پرونده بود ولی این پرونده زخم گشوده‌ای بود که نقش سپاه را به عنوان یک بازوی امنیتی در جمهوری اسلامی توجیه می‌کرد.
در همان زمانی که شمخانی هر روز به بهانه بیان نکاتی جدید از «فعالیت‌های مخوف» حزب توده راهی دفتر روح‌الله خمینی، رئیس مجلس و رئیس‌جمهوری می‌شد، ماده پنجم در پیش‌نویس قانون تأسیس وزارت اطلاعات کم‌کم مخالفان جدی‌اش را از دست داد.
نهایتاً در مرداد ۱۳۶۲ وجود نهاد اطلاعاتی موازی در سپاه پاسداران برای جمع‌آوری اطلاعات از فعالیت‌های سیاسی در داخل کشور و دخالت امنیتی در سیاست با تصویب اساسنامه تأسیس وزارت اطلاعات، رسمیت یافت.
بر اساس ماده ۵ این قانون «سپاه پاسداران ضمن تبعیت از خط‌مشی وزارت اطلاعات در مورد مبارزه با ضدانقلاب داخلی و مأموریت‌های محوله در اساسنامه سپاه تا اعلام آمادگی وزارت اطلاعات، اطلاعات داشته و حق کسب و جمع‌آوری اخبار و تولید اطلاعات و تجزیه و تحلیل آن و شناسایی ضدانقلاب را داشته و این وزارتخانه را کمک می‌کند.»
این نهاد قرار بود به صورت مشروط و تا زمانی که وزارت اطلاعات بر امور مسلط می‌شود نقش یاری‌رسان آن نهاد نوپا را ایفا کند ولی بعدتر، نزدیکی واحد اطلاعات سپاه به چهره‌های مؤثر قدرت و از همه مهم‌تر علی خامنه‌ای و مداخله آن‌ها در سیاست به نفع این چهره‌ها آن را به ضرورتی قطعی در نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی بدل کرد.
مرید خامنه‌ای در جنگ و پس از جنگ
علی شمخانی که پیش از انقلاب در دانشگاه جندی‌شاپور اهواز درس کشاورزی خواند و پیش از انقلاب به گروه منصورون پیوست احتمالاً هیچ‌گاه گمان نمی‌کرد که روزی به سمت‌های امنیتی کلیدی در ساختار حکومت دست یابد.
او پس از انقلاب و به لطف نزدیکی گروه منصورون با رهبران روحانی انقلاب، سمت‌های مهمی به دست گرفت. در ابتدا و از ۱۳۵۸ تا دو سال بعدش فرماندهی سپاه خوزستان را داشت و پس از آنکه محسن رضایی به فرماندهی سپاه پاسداران رسید، به جای او به فرماندهی واحد اطلاعات سپاه منصوب شد و هم‌زمان جانشین رضایی هم در آن نهاد بود.
پس از جنگ و در فاصله سال‌های ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۶ فرماندهی نیروی دریایی ارتش و از سال ۱۳۶۹ با حفظ سمت، فرماندهی نیروی دریایی سپاه را نیز برعهده گرفت. او در دولت محمد خاتمی هم وزیر دفاع شد. البته پیش از آن و در یک سال آخر زندگی خمینی، وزیر سپاه در دولت میرحسین موسوی هم بود.
شورای عالی امنیت ملی و «لو بلغ ما بلغ»
روز یکشنبه ۳۱ اردیبهشت ۱۴۰۲ وبسایت نورنیوز وابسته به علی شمخانی در توییتر نوشت که او از شورای عالی امنیت ملی کنار گذاشته می‌شود:
در حالی که طی هفته‌های اخیر در محافل مختلف، شایعات زیادی در خصوص قصد دریابان شمخانی برای کناره‌گیری از دبیری شورای عالی امنیت ملی بر سر زبان‌ها بود، انتشار شعری معنادار از محتشم کاشانی در صفحه شخصی او در توییتر، نشان می‌دهد که کناره‌گیری شمخانی از این سمت پس از ده سال، قطعی است.
شمخانی در سال ۱۳۹۲ به دبیری شورای عالی امنیت ملی منصوب شده بود. در زمانی که مذاکرات برجام در آغاز راه بود و توافق هسته‌ای با غرب در مرکز توجه علی خامنه‌ای قرار داشت. سعید جلیلی، دبیر پیشین شورای عالی امنیت ملی در برآورده کردن خواسته خامنه‌ای برای کم‌شدن فشار بر جمهوری اسلامی ناکام بود. حملاتی که علی‌اکبر ولایتی به عنوان نماینده قدرتمند رهبر جمهوری اسلامی در امور سیاست خارجی در مناظره‌های انتخاباتی به سعید جلیلی کرد نشان می‌داد که رهبر نظام ولایی سودای تغییر مسیر در سر دارد.
دستیابی به برجام و بعدتر خروج آمریکا از برجام و به شکست رسیدن این توافق در همین دوران ۱۰ ساله رخ داد. رسانه‌های نزدیک به سپاه پاسداران به عنوان مخالفان توافق با غرب در این یک دهه حملات مختلفی به شمخانی کردند و او را یکی از ستون‌های «قرارداد ننگین برجام» خواندند.
اما او اگرچه در چند سال نخست ماجرای برجام و توافق با غرب به رویکرد روحانی و ظریف نزدیک بود، خیلی زود و با تغییر جایگاه خامنه‌ای از مشوق توافق به مخالف، تغییر مسیر داد. البته حملات به او در این زمینه هیچ‌گاه متوقف نشد.
این سردار سپاه البته در سیاست خارجی منطقه‌ای به دنبال تهدیدزدایی بود و در ماه‌های آخر کارش در شورای عالی امنیت ملی، توافق بهبود روابط با عربستان را با میانجیگری چین نهایی کرد. همین موضوع سبب‌ساز دور جدیدی از حملات حامیان ابراهیم رئیسی به او شد؛ آن هم به این بهانه که او در کار وزارت خارجه مداخله می‌کند.
در سیاست داخلی اما او مرید مطلق و بی‌رحم اوامر خامنه‌ای بود. در سرکوب اعتراضات دی ۹۶ و آبان ۹۸ شمخانی مدیریت سرکوب را برعهده داشت. به روایت محمود صادقی از نمایندگان وقت مجلس شورای اسلامی او به مجلسی‌ها گفته بود که در برخورد و کشتار معترضان هیچ تردیدی به خود راه نخواهد داد و اگر مردم در خیابان بمانند «لو بلغ ما بلغ» فرمان کشتار خواهد داد:
من به آقای شمخانی آن روز گفتم آقا مردم هستند این‌ها دارند مردم را در خیابان‌ها می‌کُشند، چه کار می‌کنید؟ اگر مردم از خیابان نرفتند و ایستادند می‌خواهید همه‌ی مردم را بکشید؟ شمخانی به من گفت: ولو بلغ ما بلغ ما می‌زنیم!
پرونده‌های فساد و تباهی
اما زمانی که خبرهای فساد و جاسوسی آن‌هم در رابطه با نزدیکان بالاترین مهره امنیتی جمهوری اسلامی به رسانه‌های رسمی درز کرد، می‌شد حدس زد که قرار است علی شمخانی هم مانند دیگر مهره‌های در دست خامنه‌ای ابتدا بی‌حیثیت و سپس برکنار شود.
شمخانی در سیاست داخلی مرید مطلق و بی‌رحم اوامر خامنه‌ای بود. در سرکوب اعتراضات دی ۹۶ و آبان ۹۸ شمخانی مدیریت سرکوب را برعهده داشت.
مهم‌ترین خبر در این زمینه به اعدام علیرضا اکبری باز می‌گشت. معاون شمخانی در دوران وزارت دفاع، بنا بر ادعای حکومت، جاسوس بریتانیا از آب درآمد و اعدام شد. در این پرونده و اعترافاتی که از او در رسانه‌های جمهوری اسلامی پخش شد نام یک فرد پررنگ بود: علی شمخانی. ارتباط نزدیک اکبری با شمخانی و ادعای جمهوری اسلامی مبنی بر اینکه او اطلاعات حساس هسته‌ای را به غربی‌ها داده، موقعیت شمخانی را متزلزل کرد.
بعدتر در یک فایل صوتی که از علیرضا اکبری منتشر شد او تلویحاً گفت که پرونده‌سازی برای او هدفش برخورد با دبیر شورای عالی امنیت ملی بوده و چون «برای علی شمخانی عطر و پیراهن کادو برده است» نهادهای امنیتی گفته‌اند او می‌خواسته به ازای آن اطلاعات دریافت کند تا به انگلیسی‌ها بدهد.
اما این تنها حاشیه شمخانی در این سال‌ها نبود. پیش از این نام پسران و داماد او هم در پرونده‌های فساد بارها مطرح شده بود.
انتشار تصویر دیدار شمخانی با حاکم دوبی که در آن پسر او با لباس غیررسمی حضور داشت بار دیگر پرونده فساد پسران شمخانی را به رسانه‌ها کشاند.
حمید رسایی در یادداشتی تلگرامی با عنوان «آقای شمخانی! حالا چرا با پسر؟» نوشت:
اینکه فرزندان آقای شمخانی فعالیت‌های اقتصادی گسترده‌ای در حمل‌ونقل دریایی دارند، شاید به ما ربط نداشته باشد، اما اینکه پدر با عنوان پیگیری مسائل کشور به امارات سفر کند و با امیر و ولیعهد آن دیدار داشته باشد و فرزند در جلسه رسمی حاضر باشد، به ما ربط دارد! برای همین حق داریم از آقای شمخانی بپرسیم که دلیل حضور فرزند تاجر شما در یک جلسه رسمی چیست؟ آیا این فرصت و رانت برای بقیه تجار هم فراهم است؟ چرا این شاهین اقبال که قطعاً در لابی‌های تجاری بعدی کارگشا و راهگشاست، فقط روی شانه آقازاده محترم می‌نشیند؟ آقازاده آیا فقط در این دیدار حاضر بوده یا در دیدار‌های دیگر این ایام (که تصاویر آن منتشر نشده) هم توانسته از فرصت همراهی با شما بهره ببرد؟ آیا روی آن مبل معاونین وزیر خارجه مثل آقای صفری (معاون اقتصادی) نمی‌توانستند، بنشینند تا خیرشان به تمام جمعیت کشور برسد؟
احمد امیرآبادی فراهانی، نماینده‌ی قم در مجلس هم در توییتی نوشت: «آقای شمخانی بفرمایند که آیا خبر حضور پسر ایشان که گفته می‌شود تاجر در امور حمل‌ونقل دریایی است در معیت پدر در دیدار با مقامات امارات صحت دارد یا خیر؟ پ. ن: به نظر می‌رسد رئیس‌جمهور محترم باید دستور بررسی این خبر را صادر، تا ابعاد آن برای مردم و نمایندگان ملت روشن شود».
شمخانی پنج فرزند دارد که نام آن‌ها در پرونده‌های مختلف فساد مطرح شده است. برادرزاده‌ها، برادر، داماد، قوم‌وخویش و حتی معاون او هم به فساد مالی و رانت‌خواری متهم شده‌اند.
محمدحسین شمخانی که پسر دبیر سابق شورای عالی امنیت ملی است همان فردی است که در آن دیدار حضور داشت. او مدیرعامل شرکت کشتیرانی آدمیرال است که در سال ۱۳۹۰ با شراکت حسن شمخانی دیگر فرزند خانواده تأسیس شد. اسفند ماه ۱۴۰۰ خبرگزاری ایلنا در گزارشی به نقل از رسانه‌های هندی از توقیف یک کشتی به نام «کابل» متعلق به شرکت آدمیرال خبر داد و اعلام کرد که مالکیت این کشتی برای پسران علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران است.
بر اساس گزارشی که وبسایت رویداد ۲۴ منتشر کرده است، آذرمیدخت طباطبایی هم همسر شمخانی است. نام او در پرونده املاک الهیه تهران رسانه‌ای شد. سال ۱۴۰۰ مهدی صدرالساداتی با انتشار یک ویدیو اعلام کرده بود که یک مجموعه آپارتمانی به ارزش هزار میلیارد تومان در خیابان فرشته تهران متعلق به «آذرمیدخت طباطبایی»، همسر علی شمخانی است.
همچنین در این گزارش آمده است که «حسن میرمحمد علی» داماد شمخانی و همسر زینب شمخانی چهره معروف پرونده ساخت و ساز لواسان است. «سیدحسن میرمحمدعلی» مدیرعامل شرکت خط سفید دریای ایرانیان، برادر هادی و سید حسین میرمحمدعلی و برادر هانی میرمحمدعلی، همسر فاطمه حسینی و داماد سید صفدر حسینی رئیس سابق صندوق توسعه ملی است که پرونده او با افشاگری‌های میلاد گودرزی ــ خبرنگاری که برخی پرونده‌های فساد را تعقیب می‌کرد ــ در افکار عمومی مطرح شد. البته آن ماجرا به تخریب طبقات اضافی در یکی از واحد‌های ساخته‌شده منتهی شد.
گزینه سپاه قدس می‌آید
دقیق‌ترین خبرها در مورد برکناری شمخانی و جانشین او را کانال تلگرامی صابرین نیوز نزدیک به سپاه قدس منتشر کرد. این رسانه غیررسمی سپاه قدس روز یکشنبه نوشت که شمخانی رفتنی است و سردار علی‌اکبر احمدیان به عنوان دبیر جدید شورای عالی امنیت ملی منسوب می‌شود.
شمخانی پنج فرزند دارد که نام آن‌ها در پرونده‌های مختلف فساد مطرح شده است. برادرزاده‌ها، برادر، داماد، قوم‌وخویش و حتی معاون او هم به فساد مالی و رانت‌خواری متهم شده‌اند.
دبیر شورای عالی امنیت ملی در ایران را به صورت عرفی علی خامنه‌ای انتخاب می‌کند و حکمش را رئیس‌جمهوری صادر می‌کند.
علی‌اکبر احمدیان، دبیر جدید شورای عالی امنیت ملی متولد سال ۱۳۴۰ در استان کرمان است. او را از چهره‌های نزدیک به قاسم سلیمانی، فرمانده کشته شده سپاه قدس معرفی کرده‌اند.
رسانه‌های جمهوری اسلامی نوشته‌اند که احمدیان معمار ساختار تهاجمی نیروی دریایی سپاه در آب‌های جنوبی ایران است:
در دوران حضور احمدیان به عنوان جانشین و فرماندهی در نیروی دریایی سپاه ایده دفاع نامتقارن در نیروی دریایی کاملاً عملیاتی شد. حضور مستمر ۱۵ ساله در نیروی دریایی سپاه سبب شده که وی به عنوان یک چهره صاحب‌نظر در حوزه شناوری و موشکی نیز شناخته شود.
فارغ از اینکه احمدیان گزینه چه بخشی از قدرت در رأس شورای عالی امنیت ملی است، به هر ترتیب علی شمخانی از شورای عالی امنیت ملی رفت و حال این سؤال مطرح می‌شود که آیا او برای همیشه بازنشسته خواهد شد یا قرار است در قالب رئیس‌جمهوری و ریاست مجلس جامه نو بپوشد؟