نورنیوز، رسانه‌ی وابسته به شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی، در توئیتی از قطعی‌شدن کناره‌گیری علی شمخانی خبر داد.
نورنیوز در این توئیت نوشت:
در حالی که طی هفته‌های اخیر در محافل مختلف، شایعات زیادی در خصوص قصد دریابان شمخانی برای کناره‌گیری از دبیری شورای عالی امنیت ملی بر سر زبان‌ها بود، انتشار شعری معنادار از محتشم کاشانی در صفحه شخصی او در توییتر، نشان می‌دهد که کناره‌گیری شمخانی از این سمت پس از ده سال، قطعی است.
پس از آغاز اعتراض‌ها در پی قتل حکومتی ژینا (مهسا) امینی، بسیاری از اصول‌گرایان خواهان برکناری شمخانی بودند؛ کسی که از دوران دولت حسن روحانی، رئیس جمهوری پیشین، در سمت دبیر شورای عالی امنیت ملی قرار داشت.
علیرضا اکبری، معاون سابق او در وزارت دفاع و مشاورش در شورای عالی امنیت ملی را نیز ۲۴ دی گذشته به اتهام جاسوسی اعدام کردند؛ البته با همکاری خود شمخانی.
با وجود این، تحرکات دیپلماتیک شمخانی برای نزدیک‌کردن ایران به کشورهای عربی از جمله عربستان سعودی گمانه‌زنی درباره برکناری او را تا حدی کمرنگ کرد.
اما شمخانی یکشنبه ۳۱ اردیبهشت توئیت زیر را منتشر کرد که احتمالاً به این گمانه‌زنی بازمی‌گشت.
این وزیر دفاع دولت اصلاحات و فرمانده سابق نیروی دریایی ارتش، نقشی تأثیرگذار در مداخله جمهوری اسلامی در سوریه به نفع بشار اسد، دیکتاتور آن کشور، و نیز حمله به عراق برای عقب راندن گروه «دولت اسلامی» (داعش) و دیگر شبه‌نظامیان سنی در کنار قاسم سلیمانی، فرمانده‌ی ترورشده سپاه قدس، داشت.
او همچنین زمانی دبیری شورای عالی امنیت ملی را برعهده داشت که توافق جامع اقدام مشترک (برجام) بین جمهوری اسلامی و گروه ۱+۵ امضا شد. منتقدان اصولگرای برجام به ویژه حامیان سعید جلیلی به همین خاطر از شمخانی هم انتقاد می‌کنند. شمخانی ۱۹ شهریور ۱۳۹۲ جایگزین سعید جلیلی در این سمت شده بود.
شورای عالی امنیت ملی در دوران محمود احمدی‌نژاد همچنین مسئول حصر میرحسین موسوی، زهرا رهنورد، و مهدی کروبی ــ به دستور علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ــ معرفی شد اما شمخانی در دوران دبیری خود، علی‌رغم وعده‌های عنوان‌شده از سوی دولت روحانی، از پس رفع حصر برنیامد.