اسرائیل رسماً اعلام کرد با کمیسیون ویژه‌ای که توسط شورای عالی حقوق بشر سازمان ملل برای تحقیق در مورد بدرفتاری و اعمال تبعیض علیه فلسطینی‌ها تشکیل شده همکاری نخواهد کرد. اسرائیل شورای عالی حقوق بشر سازمان ملل و رئیس کمیسیون ویژه را به تعصبات ضد اسرائیلی متهم کرد.
این تصمیم که در نامه‌ای شدیدالحن به ناوی پیلای، کمیسر عالی حقوق بشر سازمان ملل متحد ارسال شد، روابط پرتنش بین اسرائیل و شورای عالی حقوق بشر سازمان ملل در ژنو را بیش از پیش تیره کرد.
به گزارش خبرگزاری آسوشیتدپرس، میراو ایلون شهر، نماینده اسرائیل در سازمان ملل متحد در نامه‌ای به ناوی پیلای نوشت:
«برای کشور من مانند هر ناظر منصفی بدیهی است که دلیلی وجود ندارد باور کنیم شورای عالی حقوق بشر سازمان ملل و کمیسیون ویژه‌ای که تشکیل داده، رفتار معقول، عادلانه و بدون تبعیضی نسبت به اسرائیل در پیش بگیرد.»
شورای عالی حقوق بشر سازمان ملل متحد مه / اردیبهشت سال گذشته، چند روز پس از جنگ ۱۱ روزه بین اسرائیل و شبه‌نظامیان حماس در نوار غزه، یک کمیته تحقیق متشکل از سه نفر برای بررسی رویدادهای این جنگ تشکیل داد. در این درگیری‌ها بیش از ۲۶۰ فلسطینی از جمله ده‌ها زن و کودک کشته شدند. ۱۴ نفر از شهروندان اسرائیلی هم در اثر راکت‌های حماس جان باختند.
در آن زمان، میشل باشله، کمیسر عالی حقوق بشر سازمان ملل اعلام کرد که اقدامات اسرائیل، از جمله حملات هوایی به مناطق غیرنظامی، ممکن است مصداق جنایت جنگی باشد.
شماری از نهادهای بین المللی حقوق‌بشر، از جمله دیده‌بان حقوق بشر نیز اعلام کردند به نظر می‌رسد حملات اسرائیل به غیرنظامیان در غزه جنایت جنگی است. هم باشله و هم دیده‌بان حقوق بشر یادآور شده‌اند که شلیک بی‌رویه موشک‌های حماس به شهرهای اسرائیل نیز ناقض قوانین بین‌المللی جنگ است.
اسرائیل حماس را مسئول تلفات غیرنظامیان می‌داند و می‌گوید این گروه در حین انجام فعالیت‌های نظامی از مناطق مسکونی به عنوان سپر انسانی استفاده می‌کند و از درون خانه‌ها و برج‌ها راکت‌هایی را به طرف مناطق یهودی‌نشین شلیک کرده است.
«کمیسیون تحقیق» قوی‌ترین ابزار شورای عالی حقوق بشر برای بررسی احتمال وقوع جنایت جنگی و نقض حقوق بشر در غزه و کرانه باختری‌ست و اولین کمیسیونی است که در این زمینه یک مأموریت ثابت و مداوم دارد.
اسرائیل تنها کشوری در جهان است که پرونده‌اش در هر جلسه شورای عالی حقوق بشر سازمان ملل مطرح می‌شود. اسرائیل همچنین درباره ترکیب این شورا ابراز نگرانی کرده و گفته است کشورهایی که خود ناقض حقوق بشرند و یا با اسرائیل آشکارا خصومت دارند، عضو شورا هستند. شورای عالی حقوق بشر سازمان ملل ۴۷ عضو دارد، از جمله چین، کوبا، اریتره، پاکستان، ونزوئلا و تعدادی از کشورهای عربی.
در همان حال دادگاه کیفری بین‌المللی در لاهه تحقیقاتی را درباره احتمال ارتکاب به جنایات جنگی توسط اسرائیل آغاز کرده است. اسرائیل اما ادعا می‌کند که انگیزه همه این تحقیقات یهودی‌ستیزی و بخشی از یک کارزار بین المللی برای «مشروعیت‌زدایی» از اسرائیل است.
آسوشیتدپرس می‌نویسد ناوی پیلای ۲۹ دسامبر ۲۰۲۱ در نامه‌ای به نماینده اسرائیل در سازمان ملل درخواست کرده بود که دولت اسرائیل در رویکرد خود تجدید نظر کند و به هیأت بازرسان سازمان ملل متشکل از شش تا هشت نفر اجازه بازدید از مناطق فلسطین اشغالی در ماه مارس / فروردین را بدهد. نماینده اسرائیل در سازمان ملل اما در پاسخ خاطرنشان کرده است که اسرائیل چنین مجوزی را صادر نخواهد کرد.
پیلای پیش از این اسرائیل را با نظام آپارتاید در آفریقای جنوبی مقایسه کرده بود. اسرائیل با تکیه بر این اظهارات او را به دشمنی با آن کشور متهم کرده است.
نهادهای حقوق بشری، از جمله دیده‌بان حقوق بشر، عفو بین‌الملل و گروه‌های محلی اسرائیلی گفته‌اند که رفتار اسرائیل با فلسطینی‌ها، از جمله با اقلیت عرب خود به تنهایی به معنای آپارتاید است. اسرائیل به شدت این اتهامات را رد می‌کند.