دولت جمهوری اسلامی با کسری بودجه‌ای که بالغ بر ۴۰۰ هزار میلیارد تومان برآورد می‌شود، روبه‌رو است. در همین‌راستا دولت و مجلس به دنبال کاهش بودجه خدمات اجتماعی و حذف «یارانه» هستند. روزنامه جمهوری اسلامی اما نوشت «دولت سیزدهم باید شجاعت قطع کردن» بودجه نهادهای خاص و حوزه‌های علمیه را داشته باشد.

نویسنده یا نویسندگان سرمقاله این روزنامه، در تعریف حوزه‌های علمیه و نهادهای فرادولتی گفته‌اند: «با عناوین خدمت به فرهنگ اسلامی، بنیادهایی که برای ترویج اشخاص تأسیس شده‌اند و مؤسساتی که با عناوین و نام‌های گوناگون و بهانه‌های رنگارنگ از بودجه دولتی ارتزاق می‌کنند، پدیده‌هائی هستند که به بودجه دولتی آویزان شده‌اند ولی خاصیتی ندارند.».

در این یادداشت که در صفحه نخست روزنامه منتشر شده، بدون اینکه رقم بودجه حوزه های علمیه و نهادهای فرادولتی فاش شود، تخصیص بودجه به این نهادها، «بار اضافی سنگین بر دوش بودجه و در‌ واقع ملت» توصیف شده که به گفته نویسندگان «عوارض منفی» آن در سال‌های گذشته عیان شده است.

روزنامه جمهوری اسلامی وابستگی به بودجه دولتی را سبب «ضربه وارد کردن به استقلال حوزه های علمیه» و «ایجاد فاصله میان حوزه ها و مردم» دانسته و نوشته است: «باید با قطع کردن بودجه دولتی حوزه علمیه زمینه برای از بین رفتن فاصله ایجاد شده فراهم کرد.»

در بخش دیگری از این سرمقاله اگر چه نامی از هیچ یک از نهادهای فرادولتی برده نشده اما به کنایه پای فرهنگستان زبان فارسی که به گفته نویسنده یا نویسندگان آن « مثلاً مدعی پاسداری از زبان فارسی هستند» به میان کشیده شده است.

به اعتقاد روزنامه جمهوری اسلامی دستگاه‌ها و نهادهایی که با عناوین خدمت به فرهنگ اسلامی تشکل شده‌اند، ««نه‌تنها خدمتی به فرهنگ نمی‌کنند بلکه فقط مقادیری ساختمان و وسیله نقلیه و سایر امکانات را معطل نموده و مبالغی حقوق به افرادی پرداخت می‌کنند که بود و نبودشان تفاوتی ندارد و در مواردی حتی بودجه نظام جمهوری اسلامی را می‌خورند و به خود نظام فحاشی می‌کنند».

در بخش پایانی این سرمقاله نیز، در آستانه زمان تحویل لایحه بودجه سال آینده به مجلس، خطاب به دولت سیزدهم نوشته شده است:

«باید شجاعت قطع کردن بودجه این دستگاه‌ها و حذف ردیف‌های آنها را داشته باشد، از ملامت‌ها نهراسد و در برابر فشارها مقاومت کند.»

این روزنامه خواستار تخصیص بودجه حوزه های علمیه و نهادهای فرادولتی به آموزش و پرورش شد:

«اکنون وقت آنست که دولت بودجه دستگاه‌هائی که دارای ردیف‌های تحمیلی هستند را قطع کند و آن را به وزارت آموزش و پرورش اختصاص بدهد. این اقدام شجاعانه را دولت سیزدهم باید از همین اولین بودجه‌ای که تدوین می‌کند انجام دهد. بودجه کل کشور نیازمند جراحی عمیق است. این جراحی را اگر امروز انجام ندهید، فردا قطعاً دیر است.»

اسفند سال گذشته رسانه‌های داخلی ایران گزارش کرده بودند ۴۳ دستگاه مذهبی بالغ بر ۷۲۵۲ میلیارد تومان از منابع بودجه را به خود اختصاص داده‌اند.

نمایندگان مجلس در زمان بررسی لایحه پیشنهادی دولت، خواستار افزایش سهم نهادهای مذهبی شده بودند.

حوزه های علمیه و بنیادهای حکومتی که سهمشان از بودجه دولتی هر سال افزایش یافته است، به نهادهای نظارتی حکومتی نیز پاسخگو نیستند.

علاوه بر این در قانون بودجه ردیفی نیز برای کمک به اشخاص حقیقی و حقوقی پیش‌بینی شده است که بیشترین سهم از این ردیف را نهادهای مذهبی و بنیادهای حکومتی می‌برند.