سید یاسر خمینی در گفت‌وگو با جماران، در پاسخ به سوالی درباره احتمال کاندیداتوری سید حسن خمینی در انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰گفت: «در هفته‌ها و بلکه ماه‌های اخیر، اقبال زیادی به اخوی گرامی جناب حاج حسن آقا شد. ایشان با تردید در حال مشورت و بررسی جوانب امر بودند تا اینکه مطابق دیدارهای نوبه خود با رهبری به دیدن ایشان رفتند که طی این ملاقات، رهبر انقلاب کاندیداتوری ایشان در انتخابات را به صلاح ندانستند و با بیان اینکه حاج حسن آقا را مانند فرزند خود می‌دانند، از ایشان خواستند که در شرایط فعلی به این عرصه ورود نکنند.» یاسر خمینی در ادامه گفت: «با توجه به این توصیه، طبیعی است که تصمیم ایشان روشن است و اخوی یقینا تصمیمی برای کاندیداتوری ندارند.»