حسن روحانی چهارشنبه ۶ اسفند در جلسه هیأت دولت به اختلاف‌های اخیر دولت و مجلس شورای اسلامی در مورد توافق سازمان انرژی اتمی با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی پرداخت و گفت:
«ما هنرمندانه و هوشمندانه به‌گونه‌ای عمل کردیم که آژانس گفت ایران نمی‌خواهد با من همکاری نکند به نظر من یکی از روزهای بسیار خوب برای دولت تدبیر و امید بود همین هفته یکشنبه، دوشنبه و سه‌شنبه از روزهای ماندنی تاریخ جمهوری اسلامی ایران و دولت تدبیر و امید بود. ما قانون را به احسن وجه اجرا کردیم، قانون اجرا شد آرامش در دنیا برقرار شد مگر ما می‌خواهیم دنیا را علیه خودمان بشورانیم.»
روحانی افزود:
«دولت قانون را اجرا کرد و ذره‌ای از قانون کوتاه نیامد. اگر این قانون صد درصد است ما ۹۹/۹ را اجرایی نکردیم بلکه ۱۰۰ درصد به قانون عمل کردیم و اجرا کردیم.»
توقف موقت اجرای پروتکل الحاقی یکی از مفاد قانون «اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها» است که آذرماه امسال در مجلس شورای اسلامی به تصویب رسید. بر اساس این قانون چنانچه طرف اروپایی برجام تا پنجم اسفند / ۲۳ فوریه گام عملی برای لغو تحریم‌ها برنمی‌داشت، جمهوری اسلامی دسترسی بازرسان آژانس انرژی اتمی را محدود و اجرای پروتکل الحاقی که به بازرسان اجازه بازدید سرزده از تمامی مراکز را می‌داد، محدود می‌کرد. همچنین در این قانون دولت مکلف شده بود تا به تولید اورانیوم غنی‌شده ۲۰ درصد بپردازد، ماهانه ۵۰۰ کیلوگرم اورانیوم غنی‌شده انباشت و نگهداری کند و حداکثر ظرف مدت سه ماه هزار دستگاه ماشین‌های نسل دوم و ۱۶۴ دستگاه ماشین‌های نسل ششم را نصب کند.
رافائل گروسی، مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی شنبه گذشته به ایران سفر کرد و پس از مذاکره با مسئولان جمهوری اسلامی یکشنبه ۳ اسفند گفت دو طرف توافق کردند که میزان دسترسی بازرسان آژانس به تأسیسات هسته‌ای ایران کاهش یابد ولی در مدت سه ماه آینده راستی‌آزمایی لازم و بازرسی‌های نظارتی آژانس ادامه یابد.
نمایندگان مجلس شورای اسلامی، فردای آن روز گزارش کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس در مورد «استنکاف دولت از اجرای قانون اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها» را تصویب کردند و ضمن ارسال آن به قوه قضائیه خواهان لغو این توافق دولت و آژانس شدند.
حسن روحانی در جلسه هیئت دولت گفت:
«نقد می‌کنند اما انتقادشان نمی‌تواند تند و تیز باشد. کار بسیار بزرگی انجام گرفت و اگر کسی بخواهد این توافق بین دولت ایران و آژانس بین المللی را مخدوش کند، بازی در زمین دشمن است و بازی در زمین خودی نیست.»
روحانی با اشاره به تصویب قانون اقدام راهبردی برای لغو تحریم‌ها و موضع دولت درباره این قانون گفت:
«ما همان موقع تصویب قانون، حرف‌هایمان را گفتیم اما وقتی کاری مجلس انجام داد و قانون کشور شد ما طبق قانون اساسی باید اجرا کنیم و اجرا هم کردیم.»
ایران روز گذشته سه‌شنبه ۲۳ فوریه / ۵ اسفند توقف اجرای پروتکل الحاقی را که به بازرسان آژانس اجازه می‌داد سرزده از تأسیسات هسته‌ای ایران بازرسی کنند، متوقف کرد.
روحانی تأکید کرد که دولت از یک طرف می‌خواهد قانون را اجرا کند، از طرف دیگر این قانون «قانونی است که اگر درست و حساب‌شده اجرا نشود، همه ساختمان را تخریب می‌کند».
او تأکید کرد:
«ممکن بود ما فردا بگوییم که آژانس برود بیرون، آژانس می‌رفت بیرون و فعالیت ما غیرصلح‌آمیز می‌شد، ولی قضاوت دنیا این می‌شود که خیلی مهم بود.»
حسن روحانی از مدارا با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی نیز دفاع کرد و افزود:
«من نمی‌گویم آن نهاد اشتباه نمی‌کند اما وقتی آن نهاد گفت که این کشور فعالیتش صلح‌آمیز است، آن حربه کُند شده یا از بین می‌رود. یکی از آثار مهم برجام گرفتن این حربه از دست دشمن بود. (…) وقتی راه همکاری با آژانس تخریب شود، راه و مسیر دیگری باقی نمی‌ماند.»
علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، دوشنبه ۴ اسفند با اشاره به اختلاف‌های میان مجلس و دولت از دو طرف خواست تا «قضیه را با همکاری یکدیگر حل کنند». او گفت:
«نباید اختلاف‌ها رها و یا تشدید شود که نشان‌دهنده دوصدایی باشد. دولت خود را موظف به عمل به قانون می‌داند و باید به این قانون که قانون خوبی است، به دقت عمل شود.»
خامنه‌ای همچنین افزود حد غنی‌سازی ایران ۲۰ درصد نخواهد بود و «تا هرجا که لازم و نیاز کشور باشد غنی‌سازی را به ۶۰ درصد» هم می‌رساند. روز گذشته وزیران امور خارجه بریتانیا، فرانسه و آلمان، سه کشور اروپایی طرف برجام، در بیانیه مشترکی ضمن ابراز نگرانی از تصمیم جمهوری اسلامی درباره توقف پروتکل الحاقی، اقدام‌های اخیر ایران را «خطرناک» دانسته و حمایت خود را از تلاش‌های آژانس بین‌المللی انرژی اتمی برای تداوم نظارت و راستی‌آزمایی برنامه هسته‌ای ایران اعلام کردند.