محمود محمدی عراقی، مسئول دفتر علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی در قم و عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام و مجلس خبرگان در سخنانی درباره محمدتقی مصباح یزدی، روحانی پرنفوذی که در دی‌ماه گذشته درگذشت، گفت: «آیت‌الله مصباح نسبت به ظهور سکولاریسم نو در حوزه هشدار می‌دادند و این خطر همچنان جدی است و در سخنان رهبر انقلاب اسلامی هم این هشدار دیده می‌شود.» محمدی عراقی که داماد مصباح یزدی هم هست با بیان این‌که «یکی از مهم‌ترین نگرانی‌های راهبردی» خامنه‌ای وضعیت شهر قم است، افزود: «دشمن برای قم برنامه دارد ولی ما غافلیم و فرافکنی می‌کنیم و کار را گردن نیروی انتظامی و قوه قضائیه می‌اندازیم.» به‌گفته محمدی عراقی، حکومت دینی در اندلس، «از راه نظامی، اقتصادی و سیاسی ساقط نشد بلکه تنها از دو راه شراب و مسائل جنسی» ساقط شد. علی خامنه‌ای پیش از این بارها درباره خطر سکولاریسم در حوزه‌های علمیه هشدار داده بود. او نخستین بار آذرماه ۱۳۹۱ در خراسان، مسأله سکولاریسم در حوزه‌های دینی را مطرح کرد و گفت: «حوزه‌های علمیه نمی‌توانند سکولار و نسبت به نظام اسلامی بی‌تفاوت باشند.» نگرانی از گسترش سکولاریسم در حوزه‌های علمیه در حالی است که بودجه نهادهای مرتبط با حوزه‌های علمیه هر سال افزایش می‌یابد. بودجه شورای‌عالی حوزه‌های علمیه در سال ۱۳۹۹، ۳۴۵ میلیارد تومان بود که در لایحه بودجه ۱۴۰۰ این مقدار با ۸۸,۶ درصد افزایش به ۶۵۱ میلیارد تومان رسیده است. همچنین در لایحه بودجه ۱۴۰۰، بودجه شورای سیاست‌گذاری حوزه‌های علمیه زنان ۶۹,۲ درصد، بودجه دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علیمه قم ۳۶,۶ درصد و شورای برنامه‌ریزی مدیریت حوزه‌های علمیه خراسان ۷۲,۹ درصد افزایش داشته‌اند.