صادق زيباکلام، استاد دانشگاه، با انتشار نامه سرگشاده‌ای خطاب به محمود احمدی‌نژاد، رئيس‌جمهور ايران، نسبت به برکناری فرهاد رهبر و بيژن رنجبر، رؤسای دانشگاه‌های تهران و تربيت مدرس واکنش نشان داد.
زيباکلام نوشت: “آن‌قدر فضای دانشگاه‌ها بعد از ۲۲ خرداد ۸۸ محدود، سنگين و بسته شد که به‌وصف نمی‌آيد. آن‌وقت جناب‌عالی بعد از طی اين سال‌ها، و آن هم بعد از آن‌که هزاران دانشجو در طی اين سال‌ها دچار مشکل شدند و بسياری مع‌الاسف از ادامه تحصيل بازماندند، به‌صرافت افتاده‌ايد که در دانشگاه‌ها چه می‌گذرد.”
محمود احمدی‌نژاد روز دوشنبه ۲۸ اسفندماه با نامه‌ای خطاب به کامران دانشجو، وزیر علوم، خواهان برکناری رؤسای دانشگاه تهران و دانشگاه تربیت مدرس به دلیل “رویکرد سیاست‌زده، غیرعلمی و یا احیانا امنیتی” آن‌ها شده بود.
صادق زيباکلام کارنامه فرهاد رهبر، رئيس دانشگاه تهران را پس از انتخابات بحث‌برانگيز دهمين دوره رياست جمهوری در سال ۸۸ در مقايسه با “بسياری از رؤسای دانشگاه‌ها” به‌مراتب “سفيدتر” دانسته و گفته است فرهاد رهبر “يک‌صدم قلع‌وقمع‌های” حجت‌الاسلام سيدصدرالدين شريعتی، رئيس دانشگاه علامه طباطبايی، و “يک هزارم قلع‌وقمع‌های وزارت علوم” را پس از ۲۲ خرداد ۸۸ نداشته است.
وی با اشاره به اخراج، بازنشسته و ممنوع از تدريس کردن استادان دانشگاه علامه طباطبايی نوشته است: “اگر هدف جناب‌عالی کنارزدن حجاب ترس و سلطه ارعاب فکری حاکم بر دانشگاه‌ها و بازگردانيدن فضای آزادانديشی در محيط‌های علمی باشد، برکناری رياست دانشگاه تهران انصافا می‌بايستی در انتهای ليست‌تان باشد.”
زيباکلام همچنين گفته است پس از ۲۲ خرداد ۸۸ وزارت علوم برای استخدام داوطلبان در دانشگاه‌ها نه استعداد، توان و کارنامه علمی و تحقيقاتی آن‌ها که گرايشات ايدئولوژيک و تمايلات سياسی‌شان را در نظر می‌گرفته است.