دادسرای ویژه روحانیت قم ۵ نفر از طلبه‌های معترض را به اتهام تهدید به قتل رئیس جمهوری اسلامی بازداشت کرده بود. وحید یامین‌پور از مجریان صدا و سیما گفته است که با مداخله ابراهیم رئیسی طلبه‌ها آزاد شده‌اند. رئیسی هم‌اکنون دادستان کل دادگاه ویژه روحانیت است. در تجمع ۲۵ مرداد طلبه‌های مدرسه فیضیه قم شعار «آنکه مذاکره شعارت-استخر فرح در انتظارت» بعد از اعتراض ناصر مکارم شیرازی، در رسانه‌های طرفدار دولت پربازتاب شد. مکارم شیرازی که از سخنرانی حسن رحیم‌پور ازغدی درباره «اشرافیت مذهبی» و «سکولاریسم حوزوی» ناخشنود بود، این شعار را به تهدید به قتل «رئیس جمهور محترم» تعبیر کرده بود. حسن روحانی نیز در جلسه پاسخگویی به نمایندگان مجلس شورای اسلامی با استناد به همین شعار اعلام کرد که او را به قتل تهدید کرده‌اند. حمید رسایی نماینده پیشین مجلس شورای اسلامی و از حامیان محمود احمدی‌نژاد از بدرفتاری ضابطان با طلبه‌ها خبر داده بود. دادسرای ویژه روحانیت قم هم بدرفتاری با طلبه‌ها را تکذیب کرده و دولت هم اعلام کرده بود که از طلبه‌ها شکایت نکرده است.