وزارت کشور و اداره امنیت ملی افغانستان گزارش های منتشر شده در مورد شکنجه زندانیان دراین کشور را به شدت رد کردند. 

بتازگی شماری از رسانه ها در افغانستان به نقل از یک گزارش سازمان ملل متحد که تا هنوز به طور رسمی منتشر نشده است از وجود شکنجه، بد رفتاری و ضرب و جرح سخن گفته اند.
افزون برآن برخی از منابع در سازمان ناتو نیز گفته اند که به دلیل وجود این گونه اتهامات، سپردن زندانیان را به یک تعداد از زندان های افغانستان متوقف کرده اند.

اما بسم اله محمدی،‌ وزیر کشور و رحمت اله نبیل،‌ رئیس امنیت ملی افغانستان روز چهارشنبه 16 شهریرور در یک نشست خبری در کابل ضمن رد این اتهامات، شماری از ناظرین سازمان ملل را به « دو رویی» متهم کردند.

وزیر کشور افغانستان گفت:« ما مدارک کافی از این نهاد های بین المللی در دست داریم که هنگام بازدید از زندان ها از وضع خوب زندان ها و نبود شکنجه صحبت می کنند.»

نمایندگان سازمان عفو بین الملل در اظهاراتی نسبت به «‌ معمولی بودن» شکنجه،‌ بد رفتاری و ضرب و جرح زندانیان در زندانهای افغانستان، ابراز نگرانی کرده اند

وی سپس با نشان دادن نامه ای که در آن سازمان ملل از وزارت کشور افغانستان به خاطر دسترسی نا محدود این سازمان به زندان های افغانستان ابراز سپاس کرده بود افزود که آن چه که به نقل ازاین گزارش گفته می شود برخلاف اظهارات قبلی مقامات سازمان ملل و دیگر سازمان های حقوق بشری است.

به گفته بسم اله محمدی؛« نسپردن زندانیان به زندان های افغانستان به بهانه های غیر واقعی آسیب جدی به روند انتقال مسئولیت های امنیتی به نیروهای امنیتی افغانستان می زند و باید این برنامه غیر قابل برگشت ادامه یابد.»

رحمت اله نبیل، رئیس امنیت ملی افغانستان نیز گفت که در زندان ها و نظارت خانه های زیر پوشش امنیت ملی افغانستان دفترهای یاداشتی وجود دارد که ناظرین ملی و بین المللی از جمله سازمان ملل بعد از بازدید در اظهار نظر می کنند.

رئیس امنیت ملی افغانستان گفت:«دراین یاداشت ها در مورد وضعیت زندانی های و رعایت حقوق بشر ابراز رضایت شده است اکنون این اظهارات دو گانه برای ما سوال برانگیز است اگر چیزی است باید آنها را به ما بگویند تا آن را اصلاح کنیم.»

زندانهای شخصی
مقامات ارشد امنیتی افغانستان در حالی گزارش های شکنجه،‌ بد رفتاری و ضرب و جرح زندانیان را رد می‌کنند که نمایندگان سازمان عفو بین الملل نیز در اظهاراتی نسبت به «‌ معمولی بودن» این گونه اعمال ابراز نگرانی کرده اند.

براین بر پایه اطلاعات عفو بین الملل؛ شماری از جنگ سالاران محلی نیز در مناطق مختلف این کشور زندان های شخصی دارند.
افزون براین، فرار صدها زندانی از زندان های مختلف افغانستان به ویژه زندان قندهار که محل نگهداری شماری زیادی شبه نظامیان طالبان است،‌ شک و گمان ها را در مورد آماده نبودن نیروهای امنیتی افغانستان در پذیریش این گونه مسئولیت ها بیشتر ساخته است.