حسن خمینی گفته است که چندین ماه است که در جلسات هیأت امنای دانشگاه آزاد شرکت نمی‌کند و هیچ دخالتی در امور این دانشگاه نیز ندارد.
مرتضی اشراقی، نوه دختری آیت‌الله خمینی، رهبر انقلاب ایران در صفحه اینستاگرام خود از دیدارش با حسن خمینی، نوه پسری خمینی خبر داد و نوشت در این دیدار از دانشگاه آزاد و زیاد شدن شهریه آن صحبت شده و حسن خمینی گفته است چندین ماه است که از حضور در جلسات جلسات هیأت امنا و هیأت مؤسس دانشگاه آزاد «معذور» است.
حسن خمینی همچنین گفته است که در امور دانشگاه هیچ دخالتى ندارد و «نگرانى نسبت به آینده دانشگاه آزاد در میان اهل اندیشه و مطلعین از امور فزاینده است.»
علی‌اکبر ولایتی، رئیس هیأت مؤسس دانشگاه آزاد در واکنش به این سخنان گفته است: «حسن خمینی همچنان عضو هیأت امناست و می‌تواند در جلسات شرکت کند، اما با تصمیم شخصی تاکنون در این جلسات حضور پیدا نکرده است.»
پس از مرگ اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس هیأت مؤسس دانشگاه آزاد، علی‌اکبر ولایتی، مشاور رهبر جمهوری اسلامی از سوی او به‌عنوان رئیس هیأت مؤسس منصوب شد. از آن زمان ولایتی دست به تغییرات اساسی در دانشگاه آزاد زد که با مخالفت طرفداران هاشمی رفسنجانی روبه‌رو شد. حسن خمینی نیز از جمله این افراد بود.
او در خردادماه سال جاری در نامه‌ای به حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران، در مورد توجیه قانونی عزل حمید میرزاده از ریاست این دانشگاه ابراز تردید کرده و خواهان دخالت رئیس جمهوری در این موضوع شد. میرزاده از افراد نزدیک به هاشمی رفسنجانی بود که با روی کار آمدن روحانی و تغییر دولت رئیس دانشگاه آزاد شده بود.